陈彬彬
- 作品数：2 被引量：1H指数：1
- 供职机构：哈尔滨医科大学生物信息科学与技术学院更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金黑龙江省自然科学基金国家大学生创新性实验计划更多>>
- 相关领域：医药卫生更多>>
- 基于SNP互作识别潜在冠心病致病基因被引量：1
- 2016年
- 目的:基于全基因组关联分析(Genomewideassociationstudy,GWAS)数据与生物信息学方法,识别冠心病潜在致病基因。方法:利用生物信息学方法和GWAS数据,对单核苷酸多态性(SingleNucleotidePolymorphisms,SNP)进行疾病风险打分,依据特定距离阈值内的SNP-SNP互作关系,筛选出疾病相关SNP显著风险模块,识别潜在致病基因。结果:设定阈值20kb,经筛选获得279个SNP显著风险模块,映射到79个基因,文献验证率为71.01%。结论:基于SNP互作识别的潜在致病基因,能更加准确的分析冠心病的发生发展过程。
- 黄昊张一骅赵锡磊李怡然谢瑞强姜晶陈彬彬李琬吕俊杰何月涵陈丽娜
- 关键词：SNP冠心病
- 整合冠心病风险SNPs功能及分子网络特征筛选疾病易感基因
- 2016年
- 目的:冠心病(Coronary Heart Disease,CHD)是一种由多因素(遗传因素、环境因素以及它们之间的相互作用)引起的复杂疾病。本文从遗传因素和分子互作模式识别新的冠心病易感基因。方法:结合冠心病群体遗传SNPs数据和PPI数据,通过群体遗传数据的风险评估、功能SNPs的判定和PPI网络基因的分类,以功能SNPs属性、网络拓扑属性和基因功能属性为特征,利用两步分类的方法筛选新的冠心病易感基因。结果:获得了69个新的冠心病易感基因,其中43个被文献证实与冠心病的发生发展密切相关,且识别的新的易感基因注释的KEGG通路中有很多是已知的易感基因所没有注释到的,如MAPK signaling pathway,Calcium signaling pathway,Focal adhesion和Chemokine signaling pathway等,其中Chemokine signaling pathway被证实是CHD发展的关键通路。结论:应用本文提出的整合筛选策略,能识别与冠心病相关的新的易感基因,可为冠心病的预防、诊断和治疗提供新的研究方向。
- 周艳艳朱莉娜谢瑞强姜晶陈彬彬史宇晨李琬何月涵黄昊李怡然陈丽娜
- 关键词：PPI网络易感基因
