亓合媛
- 作品数：7 被引量：30H指数：4
- 供职机构：中国科学院微生物研究所更多>>
- 发文基金：国家高技术研究发展计划国家自然科学基金国家科技基础条件平台建设计划更多>>
- 相关领域：生物学医药卫生自动化与计算机技术更多>>
- 基于16S rRNA序列物种鉴定的改进向量空间模型算法被引量：1
- 2018年
- 在物种鉴定领域中,权威方法是基于BLAST的序列比对算法,然而该算法出现计算量过于庞大,运算效率低以及资源消耗较高等问题.为解决以上问题,本文借鉴经典文献中的K-String组份向量方法,对向量空间模型作出改进,将其应用于基于16S rRNA序列的物种鉴定领域,并在巴拿赫空间的理论体系下,对改进向量空间模型算法中的遗传距离公式进行等价替换,给出不同范数背景下对应的遗传距离公式,供科研人员参考.本文从计算效率和物种鉴定效果两个方面来判断改进算法的性能,最终得到如下结论:欧几里得空间下的内积范数从计算效率上较经典的blast算法具有显著优势,而其分类效果在检出率这一方面,达到了比对结果的一致性.
- 祝斌亓合媛马俊才
- 关键词：RRNA基因序列物种鉴定
- 北京地区肉类中沙门氏菌全基因组分型及耐药分析被引量：8
- 2020年
- 目的对我国北京地区肉类产品中沙门氏菌进行分离鉴定,基于全基因组测序结果,分析其耐药基因分布情况及亲缘关系。方法以38株沙门氏菌为研究对象,对不同来源的沙门氏菌进行全基因组分析,然后通过测定菌株对15种抗生素的最小抑菌浓度,结合全基因组测序结果分析不同来源的沙门氏菌的耐药特性及多重耐药状况。结果对38株沙门氏菌进行15种抗生素耐药性检测,其中34.2%为多重耐药株,68.4%的沙门氏菌对喹诺酮萘啶酸耐药,42.1%分离株对氨苄西林耐药。基于全基因组测序结果,对38株沙门氏菌进行分型为12种型别,其中88.2%的肠炎沙门氏菌与标准菌株ATCC9184亲缘关系较近。结论全基因组耐药基因和毒力基因与耐药表型有一定的关联,为监控北京地区的沙门氏菌耐药基因和毒力基因的传播方式提供理论基础。
- 畅晓晖张捷亓合媛石嵩杨向莹杨磊赵琢李小林史文聿孙清岚马俊才陈广全
- 关键词：沙门氏菌全基因组测序耐药基因耐药表型
- 食源性致病菌基因组数据平台建设与展望被引量：1
- 2021年
- 在信息科学飞速发展、测序技术不断完善的今天,食源性致病菌溯源研究有了全新的基于全基因组测序的技术方法和分析手段,从食源性致病菌基因组序列中可以获得更多的遗传信息来支持科研人员做研究,进而辅助管理人员做决策。在食品安全管控方面,系统性地整合基因组数据、元数据和配套模型,搭建食源性致病菌基因组数据平台是十分有必要的。以食源性致病菌基因组数据平台建设的需求与发展方向出发,细致梳理数据集成和关联模型中可能存在的问题与部署方向,能够为平台建设提供详细的实施蓝图。
- 刘冬梅亓合媛刘杨肖革新
- 关键词：食源性致病菌
- CTCF通过ALAS2调控K562细胞红系分化被引量：2
- 2017年
- 目的研究CTCF对红系分化的影响及相应调控机制。方法敲低K562细胞中的CTCF,通过Hemin诱导和荧光实时定量聚合酶链反应(quantitative real-time polymerase chain reaction,qRT-PCR)技术,分析Hemin诱导0到4天的对照和CTCF敲低细胞的珠蛋白基因表达水平,研究CTCF敲低对红系分化的影响。利用基因表达芯片全基因组范围分析CTCF敲低造成的影响。根据公共数据分析推测CTCF调控红系分化的潜在机制,通过染色质免疫共沉淀(chromatin immunoprecipitation,ChIP)验证。结果随着诱导的进行,对照和敲低细胞中的珠蛋白基因HBE和HBG表达均逐渐升高,但CTCF敲低细胞中HBE和HBG基因水平均低于对照细胞,提示CTCF敲低能够抑制K562细胞分化过程中珠蛋白基因的表达。通过检测全基因组范围的基因表达水平,共筛选到1 128个差异表达基因,其中616个基因在CTCF敲低样本中表达上调,512个基因表达下调。利用IPA软件进行功能富集分析,显示主要相关的生理系统发育与功能包括血液系统的发育与功能。公共数据显示存在CTCF-GATA1-ALAS2作用关系,ALAS2基因上存在GATA1结合;对照和CTCF敲低细胞的ChIP-qPCR结果表明,敲低CTCF能够降低GATA1在ALAS2基因区的结合。结论 CTCF可能通过影响GATA1在ALAS2基因区的结合来调控K562细胞红系分化。
- 亓合媛李艳明熊倩谢兵兵张昭军方向东
- 关键词：CTCF红系分化
- 国家微生物科学数据中心数据资源服务与应用被引量：7
- 2021年
- 作为解决生命领域复杂科学问题的关键要素以及驱动科学发现与决策的基础资源,微生物科学数据资源已成为国家的重要战略资源。国家微生物科学数据中心(https://nmdc.cn/)的建设使得海量微生物数据资源可以得到有效的整理整合和开放共享,这对于微生物资源的研究、利用和可持续发展都起着至关重要的作用。本文从核心资源、服务内容、功能特色等多方面总结了国家微生物科学数据中心平台的建设进展,并提出了面向微生物领域科研及产业用户的应用实践。
- 范国梅孙清岚史文聿亓合媛孙定中李芳慧庞慧芳马俊才吴林寰
- 关键词：微生物数据中心数据共享数据库
- 染色质构象调控真核基因的表达被引量：4
- 2011年
- 真核基因的表达受到各种顺式调控元件、反式作用因子、染色质DNA以及组蛋白表观遗传修饰等多因素、多层次的调控。染色质三维空间结构的变化在调控真核基因表达方面也发挥了至关重要的作用。染色质构象的变化一方面可以使增强子等调控元件与靶基因相互靠近,从而促进基因表达;同时也可能通过形成空间位阻结构阻碍调控元件作用于靶基因,抑制基因表达。虽然染色质结构变化调控真核基因表达的机制仍缺乏较为精确的分子模型,但在组蛋白修饰、核小体定位、染色体领域以及染色质间相互作用等表观遗传学研究中,已经发现有诸多证据支持染色质构象在真核基因表达调控中的重要地位。文章主要综述了染色质结构及其构象的变化等对真核基因表达调控的影响。
- 亓合媛张昭军李雅娟方向东
- 关键词：转录调控表观遗传学
- 微生物组大数据管理与分析被引量：7
- 2017年
- 高通量技术的迅猛发展促使微生物生态学研究获得了重大突破,掀起了元基因组学(Metagenomics)研究的热潮。元基因组学通常被定义为对未培养的环境样本中微生物群体的DNA序列分析。随着微生物组学数据的日益剧增,微生物大数据的高效管理与分析越来越受到研究者的关注。如何从海量的微生物组数据中挖掘出具有科研价值的数据信息并应用于实际问题成为当前的研究热点。目前已有很多计算生物学程序工具及数据库用于元基因组数据的分析与管理。本文主要综述了随着高通量测序技术的进步,国际上主要的微生物组计划及微生物组数据平台,如人类微生物组项目(human microbiome project,HMP)、地球微生物组项目(earth microbiome project,EMP)、欧盟的肠道微生物组计划(metagenomics of human intestinal tract,MetaHIT)、MG-RAST、i Microbe、整合微生物组(integration microbial genomes,IMG)以及EBI Metagenomics等;介绍了微生物数据分析的主要流程与工具;提出了建设多源异构的微生物生态数据管理与分析系统的必要性。
- 亓合媛孙清岚马俊才
- 关键词：数据分析高通量测序
