王俊
- 作品数：7 被引量：79H指数：3
- 供职机构：中国科学院北京基因组研究所更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金国家高技术研究发展计划国家科技部专项基金更多>>
- 相关领域：医药卫生生物学农业科学自动化与计算机技术更多>>
- SARS相关病毒(BJ01株)的全序列及其比较分析被引量：23
- 2003年
- 严重急性呼吸综合征(SARS)是一种新发现的急性传染病。对一株已确认为SARS病原体的冠状病毒(BJ01)进行了全基因组序列测定,并与其他已知病毒进行了比较分析。该病毒基因组全长为29.725kb,含11个可读框(ORFs),由1个稳定区和1个可变区组成,其中稳定区编码RNA依赖性RNA聚合酶,包括两个ORFs;可变区含有4个蛋白质编码序列(CDSs),分别编码病毒的4个结构蛋白(S,E,M,N蛋白)。此外,可变区还包括5个非典型的预测蛋白(PUPs)。此病毒基因的排列顺序与其他已知的冠状病毒一致。通过与已知RNA病毒的序列比对,可以确认该病毒属于冠状病毒科(Coronaviridae)。与GenBank中已知的5个SARS相关病毒全基因组序列的比较分析显示,已在30个核苷酸位置上检出序列差异,总体突变率为0.1％,其中15个变异位点在编码区,可能会导致蛋白质的氨基酸改变(异义突变)。S蛋白中已发现3处可能引起该蛋白质物化特征变化的变异,而该蛋白质可能参与病毒与宿主间的免疫反应.与病毒包膜形成相关的M蛋白中则已发现两处氨基酸变化。进化分析表明,SARS病毒可能不是来源于人类,但没有证据证明是人为制造的。为了阐明SARS相关病毒的病因学以及排除其他可能的SARS病原体的存在,仍需进行更深入的研究。
- 秦鄂德祝庆余于曼范宝昌常国辉司炳银杨保安彭文明姜涛刘伯华邓永强刘洪张雨王翠娥李豫川甘永华李晓萸吕富双谭刚曹务春杨瑞馥汪建李蔚徐祖元李彦吴清发林伟陈维军唐琳邓亚军韩玉军李昌峰雷蒙李国庆
- 关键词：冠状病毒基因组系统发生学
- 鼠疫耶尔森菌菌株91001全基因组序列测定及初步分析被引量：47
- 2004年
- 目的 测定对人不致病的鼠疫耶尔森菌布氏田鼠疫源地菌株 910 0 1的全基因组序列 ,并通过比较基因组学研究 ,探索鼠疫耶尔森菌致病性的遗传学机制和进化路线。方法 采用全基因组鸟枪法测定 910 0 1菌株的全基因组序列 ,利用比较基因组方法对 910 0 1与另外 2株鼠疫耶尔森菌(CO92和KIM)的全基因组进行比较研究。结果 910 0 1菌株的基因组包括 1条染色体和 4个质粒 (pPCP1、pCD1、pMT1和pCRY)。pPCP1质粒长度为 96 0 9bp,与参考菌株基本一致 ;pCD1质粒是编码Ⅲ型分泌系统的质粒 ,长度为70 15 9bp,编码情况与参考菌株基本相同 ,但重排导致了质粒的结构与参考菌株存在差异 ;pMT1质粒长度为10 6 6 4 2bp,保留了较多的原始质粒片段 ,毒力相关基因与参考菌株没有差异 ;pCRY质粒是本研究中新发现的质粒 ,在国内外研究中未曾报道 ,这一质粒长度为2 174 2bp ,具有独立复制能力 ,有一群编码Ⅳ型分泌系统的基因。 910 0 1菌株的染色体长度为4 5 95 0 6 5bp,有 4 0 37个编码序列 (CDS) ,其中 14 1个是假基因 ;染色体中存在着非常丰富的插入序列 ,由于存在IS序列介导的基因组重排 ,910 0 1菌株染色体的结构与参考菌株存在较大差异。通过比较基因组学分析 ,初步确定了910 0 1菌株甘油降解阳性、硝酸盐还原阴性、阿拉?
- 宋亚军童宗中王津郭兆彪汪莉韩延平张建国裴德翠周冬生秦海鸥庞昕韩玉军翟俊辉李敏祁芝珍金丽霞戴瑞霞崔百忠陈峰李胜霆叶辰杜宗敏王效义王俊于军杨焕明汪建黄培堂杨瑞馥
- 关键词：耶尔森氏菌鼠疫基因组进化
- 1％人类基因组数据库系统
- 1％人类基因组数据库系统,以一种系统化、图形化和全面性的方式展示了我国承担的1％人类基因组计划的序列数据和相关注释信息.该数据库系统包括数据可视化模块、搜索引擎模块、数据分析模块和输入输出模块等,主要运用了oracle8...
- 黄小兵董伟王俊杨焕明陈峰胡光强康宁段举洪星李涛肖宇翔秦海鸥
- 关键词：基因组数据库人类基因组计划生物信息学
- 文献传递
- TilingArray技术与应用研究进展
- 2008年
- Tiling Array实验技术是从传统的微阵列(microarray)基因芯片技术发展而来,在Tiling Array新技术产生发展的5年间,它已经成为了全基因组生物信息挖掘的主要工具,其高密度、高通量的特性使人们可以从全基因组水平考察生命过程和探索生命奥秘.对Tiling Array技术和应用研究最新进展进行了较为详尽的描述,其中包括Tiling Array技术概述、Tiling Array应用研究、Tiling Array重要的实验和发现以及对这些发现做出所有可能性的预测和解释.除此之外,对Tiling Array表达信号识别算法进行了简明的概述,并对其中3种具有典型意义的算法给出了评价和比较.
- 郎显宇王俊迟学斌
- 关键词：TILINGARRAY生物信息学高通量信号识别
- 基于全基因组序列的水稻基因组系统研究被引量：7
- 2003年
- “水稻基因组计划”是继人类基因组计划之后的,第一个大型农作物基因组计划。中国在激烈的国际竞争中,领先、独立完成了中国水稻基因组的序列框架图和精细图的绘制,成功研制了世界上第一套全基因组水稻基因芯片。开展了基因组学的系统研究:从籼、粳稻基因组的比较到序列多态性研究;从基因表达到蛋白质图谱,全方位的对水稻从胚芽到成熟的生长发育过程,进行了基本信息的采集和研究。揭示了水稻在家养化进化过程中基因变异和演化的基本规律,及人工选育过程中产生的性状与野生稻性状的关系和分子机理,为全面探讨水稻的一般遗传规律及高产、优质、抗逆的性状的选择奠定了坚实的基础,也为生态和生物多样性保护及选种育种提供了理论依据。 “中国杂交水稻基因组计划”的阶段性成果,不仅在大科学工程研究上创造了低投入高产出的世界性范例,也开创了对一个重要农业物种进行原创性的,结构与功能,基础与应用相结合的系统研究先例。是中国在生命科学的系统研究领域中标志性的一大步。其成果无疑会对未来世界和中国的农业科学发展产生巨大而深远的影响。中国在高通量生物技术和高性能海量生物信息处理分析方面已经跻身于世界强国之列。
- 王俊于军汪建杨焕明
- 关键词：水稻基因组基因芯片全基因组序列精细图
- 脊椎动物基因注释中的大基因问题被引量：1
- 2003年
- 为了找出编码蛋白质的基因,注释流程结合了“从头开始的基因预测方法”和“与已知基因相似性比较”这两种方法。“从头开始的基因预测方法”虽然有很高的假阳性但是假阴性却很低;相形之下,结合了相似性比对的方法之后虽然能够降低假阳性,但是却大大提高了假阴性。我们发现,在这当中与基因预测正确率相关的最重要因素就是基因大小(包括内含子在内)——大基因尤其容易产生预测错误。
- 王俊李胜霆张勇郑洪坤徐昭叶葭于军黄家树
- 关键词：脊椎动物基因注释编码蛋白质假阳性假阴性基因预测
- 应用抑制消减杂交技术研究鼠疫菌与假结核菌基因组之间的差异被引量：1
- 2005年
- 目的:研究古典型鼠疫菌与假结核菌ATCC29833基因组间的差异,为进一步认识鼠疫菌的起源与进化奠定基础。方法:通过抑制消减杂交技术比较两种细菌基因组间的差异。结果:与已测序的 3株鼠疫菌基因组进行同源性比较,发现了 259个假结核菌基因组中存在的特异序列,与基因库进行同源性比较发现了 10个假结核菌ATCC29833基因组中存在的新序列。结论:抑制消减杂交技术是一个简单而有效的比较近源微生物基因组之间差异的方法,鼠疫菌在进化过程中失去了大量的基因,假结核菌基因组之间也存在着一定的差别。
- 王效义秦珑戴二黑童宗中韩延平张建国郭兆彪宋亚军周冬生王津王俊杨瑞馥
- 关键词：鼠疫耶尔森氏菌基因组抑制消减杂交技术
