庄源
- 作品数：22 被引量：87H指数：4
- 供职机构：上海市疾病预防控制中心更多>>
- 发文基金：国家科技重大专项上海市公共卫生重点学科建设项目上海市卫生局科研基金更多>>
- 相关领域：医药卫生农业科学更多>>
- 上海市医护人员手部分离鲍氏不动杆菌株耐药性和毒力基因
- 2024年
- 目的分析上海市医疗机构工作人员手分离鲍氏不动杆菌的耐药基因与毒力基因.方法选取2018-2021年上海市16所不同级别医院工作人员为研究对象,对医疗机构重点科室工作人员的手进行采样、分离、鉴定,对鲍氏不动杆菌进行药敏试验、利用BioNumerics软件对全基因组测序数据组装,对组装基因组开展多位点序列分型(MLST)、核心基因组多位点序列分型(cgMLST)、毒力基因、耐药基因、耐药性与毒力基因相关性分析.结果45株菌株除对替米卡星敏感,对其他21种抗菌药物呈现不同程度耐药,45株菌株携带多种耐药基因与毒力基因,24.44%菌株携带耐消毒剂基因,鲍氏不动杆菌的耐药性与毒力基因csuA/B、abaI、hemO、KatA密切相关,cgMLST分型显示在医院中有可能存在以手作为传播载体的鲍氏不动杆菌的克隆传播.结论本市医护人员手部分离鲍氏不动杆菌携带多种耐药基因与毒力基因的特征,实施有效措施加强医护人员手卫生依从性与执行率,为阻止耐药菌株的传播有着十分重要的意义.
- 葛忆琳丰俊罗嘉远庄源田靓张幸王臻陈敏
- 关键词：鲍氏不动杆菌耐药基因毒力基因医护人员
- 基于副溶血性弧菌的TDH的双重PCR检测试剂盒
- 本发明公开了一种基于副溶血性弧菌的TDH的双重PCR检测试剂盒；所述检测试剂盒包括序列如SEQ ID NO.1、SEQ ID NO.2所示的直接溶血素基因检测用引物对，以及序列如SEQ ID NO.3、SEQ ID NO...
- 陈敏陈洪友张曦宋元君屠丽红庄源
- 文献传递
- 上海地区分离的大肠埃希菌O157的分子分型研究被引量：4
- 2016年
- 目的对2006年-2014年在上海地区分离的大肠埃希菌O157进行分子分型研究。方法通过脉冲场凝胶电泳（PFGE）和多位点序列分型（MLST）技术的联合应用,对来自中国上海地区的16株大肠埃希菌O157分离株和4株标准株进行分子分型研究。结果 PFGE方法可将20株菌株分为12种型别,分辨力为0.921 1。其中14株O157：H7菌株处于同一聚类,其与6株O157：H？菌株为不相关菌株。MLST方法可将20株菌株分为6种ST型,分辨力为0.726 3。7个管家基因的核苷酸多态性范围为0.000 784-0.009 449。其中14株O157：H7菌株分为ST2966型和ST11型,属于同一克隆群。6株O157：H？分离株分为4种ST型,包括3种新的ST型,且与本研究中的O157：H7菌株间的管家基因型别相差至少6个。结论上海地区从动物和患者粪便中分离的大肠埃希菌O157：H7分离株间的遗传谱系接近,与本实验研究中的大肠埃希菌O157：H？菌株间亲缘关系较远。需加强对上海地区大肠埃希菌O157的病原学监测,并进一步比较2种分型技术对大肠埃希菌O157的分型效果。
- 盛跃颖庄源陈洪友陈敏
- 关键词：脉冲场凝胶电泳
- 上海市2016-2022年腹泻病例致泻性大肠埃希菌感染的流行特征与耐药分析
- 2024年
- 目的掌握上海市腹泻病例致泻性大肠埃希菌(DEC)的感染情况、流行病学特征及耐药情况,为后续监测和防控提供数据支撑。方法基于上海市腹泻病综合监测系统收集2016-2022年肠道腹泻门诊病例的流行病学资料,采集粪便标本,开展DEC检测。基于国家致病菌识别网系统收集2016-2022年药敏监测数据。统计学分析采用χ^(2)检验或Fisher确切概率法。结果在24883例感染性腹泻患者中,DEC阳性率为9.13%(2271/24883),其中单一致病型DEC阳性率为8.83%(2197/24883),混合致病型DEC阳性率为0.30%(74/24883)。DEC阳性主要型别为肠产毒性大肠埃希菌[4.33%(1077/24883)],以≤5岁组人群的DEC阳性率最高[18.48%(22/119)]。2016-2022年DEC阳性率最高月份为7-9月[5.91%(1470/24883)]。2016-2022年市区和郊区的DEC阳性率分别为9.47%(554/5847)和9.02%(1717/19036),市区和郊区的DEC主要型别分别为肠黏附性大肠埃希菌[3.98%(233/5847)]和肠产毒性大肠埃希菌[4.56%(868/19036)]。2016-2019和2020-2022年DEC阳性率分别为9.42%(1821/19330)和8.10%(450/5553),主要型别分别为肠产毒性大肠埃希菌(4.87%,941/19330)和肠黏附性大肠埃希菌(4.70%,261/5553)。耐药菌株的多重耐药率为40.21%(618/1537)。耐药率较高的前三位药物依次为氨苄西林[64.74%(995/1537)]、萘啶酸[58.49%(899/1537)]和四环素[45.09%(693/1537)]。结论相比于2016-2019年,2020-2022年DEC阳性率下降,主要型别由肠产毒性大肠埃希菌转变为肠黏附性大肠埃希菌。多重耐药现象较严重,建议应加强DEC的耐药性持续监测,同时规范临床抗生素的使用。
- 丰俊夏佳慧庄源徐桢罗嘉远陈涌费加艺吴艺童吴寰宇陈昕张静陈敏
- 关键词：腹泻致泻性大肠埃希菌肠产毒性大肠埃希菌
- 基于RPA检测mcr-1基因的组合物、试剂盒和应用
- 本发明提供了一种基于RPA检测mcr‑1基因的组合物、试剂盒和应用，涉及生物学检测的技术领域。该组合物包含上游引物、下游引物和探针，上游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示，下游引物的核苷酸序列如SEQ ID N...
- 丰俊陈敏庄源陈洪友张曦袁政安吴寰宇罗嘉远
- 沙门氏菌的检测方法和试剂盒
- 本发明提供了一种沙门氏菌的检测方法和试剂盒，涉及生物技术领域。该检测方法包括(A)RPA扩增：利用RPA扩增沙门氏菌的目标DNA，且上游引物和/或下游引物的5’端连接有RNA聚合酶启动子序列；(B)转录：使用RNA聚合酶...
- 庄源陈敏丰俊陈洪友张曦袁政安吴寰宇罗嘉远陈涌高芬
- 上海地区2015—2018年产毒性大肠埃希菌毒力基因及定植因子携带特征分析被引量：1
- 2019年
- 【目的】分析上海地区2015—2018年产毒性大肠埃希菌(ETEC)毒力基因及定植因子(CF)的携带特征,为相关腹泻疾病防控及研究提供依据。【方法】采用多重荧光PCR的方法,对上海地区2015—2018年分离到的300株ETEC所携带的毒力基因(est,elt)及部分主要定植因子(CFA/I,CS1/PCFO71,CS2-8,CS12,CS14,CS17-19,CS21)进行检测,统计分析其在人群中的分布特征等。【结果】目标菌株中,57.00%(171/300)携带est基因,30.33%(91/300)携带elt基因,12.67%(38/300)同时携带est与elt基因;68.33%(205/300)的菌株根据所检测的14组定植因子可分为18种型别,其中最常出现的3种型别为13型(CS6,85/300),18型(CS21,65/300)和7型(CS2+CS3+CS21,17/300);出现频次最多的定植因子为CS21与CS6,其携带者在年龄分布上的差异有统计学意义,CS21携带者多为40岁及以下患者,而CS6多见于40岁以上的患者。【结论】上海地区2015—2018年检出的ETEC中est毒力基因比例较大;虽然不同年份间ETEC菌株携带的毒力基因和定植因子在构成上存在较大差异,但大多菌株携带的定植因子种类相对集中;其主要携带的定植因子为CS6(以elt为主)与CS21(均为est),并呈现出一定的年龄分布特征。
- 庄源罗嘉远陈涌高芬张曦陈敏
- 关键词：腹泻毒力基因
- 89株蜡样芽孢杆菌食品分离株携带毒力基因情况及PFGE分型研究被引量：3
- 2023年
- 目的了解上海市青浦区食品中蜡样芽孢杆菌污染情况、蜡样芽孢杆菌毒力基因的携带情况及脉冲场凝胶电泳(PFGE)分型。方法参照GB4789.14-2014对729份食品样品(包含熟制米面制品、熟肉制品、学生午餐、酱料、蔬菜)进行蜡样芽孢杆菌的分离鉴定、生化分型;应用PCR对检出的蜡样芽孢杆菌进行9种腹泻毒素毒力基因和1种呕吐毒素毒力基因检测;使用PFGE分型方法及BioNumerics5.10软件进行聚类分析。结果该研究729份食品样品中检出89株蜡样芽孢杆菌,检出率为12.21%,其中熟制米面制品中蜡样芽孢杆菌检出数最多、检出率最高(35株,16.83%),生化分型以2型为主。9株菌株携带所有腹泻毒素毒力基因,14株携带呕吐毒素基因ces。PFGE结果显示,89株菌株可分为85个带型,NotⅠ酶切可得5~12条DNA片段,存在带型完全一致菌株。结论上海市青浦区熟制米面制品、熟肉制品、学生午餐等食品中均能检出蜡样芽孢杆菌且毒力基因携带率较高,存在同地点采样不同样品受相同菌株污染的情况,需加强食品的常规监测,预防食品受污染后引起的食源性疾病,保障公众食品安全,排除潜在食源性风险。
- 卢晓芸施怡茹吴丽珠高红梅郁晞庄源张红芝徐秋芳
- 关键词：蜡样芽孢杆菌脉冲场凝胶电泳
- 多黏菌素耐药检测技术研究进展
- 2023年
- 多黏菌素是由芽孢杆菌产生的针对革兰阴性菌尤其是多重耐药菌(Multi-drug resistance,MDR)以及耐碳青霉烯类肠杆菌科细菌(Carbapenem-resistant Enterobacteriaceae,CRE)的最后一道防线。我国目前已有3种注射用多黏菌素类药物用于临床,由于药物筛选压力,革兰阴性菌对多黏菌素耐药的风险增加。本文综述了目前多黏菌素耐药的检测技术,并分析了不同技术的应用场景、优势及其存在的挑战,为多黏菌素耐药的快速检测提供科学依据。
- 丰俊徐桢庄源刘明香陈涌罗嘉远吴艺童费加艺陈敏
- 关键词：耐药
- 上海地区碳青霉烯耐药肠杆菌科细菌的分子生物学特性研究被引量：2
- 2021年
- 【目的】分析上海市腹泻患者肠道碳青霉烯耐药肠杆菌科细菌(CRE)的耐药特征和分子分型,为该耐药菌的监测及防控提供依据。【方法】收集上海市腹泻病监测系统23家哨点医院2018年1月—2019年12月肠道门诊患者的粪便或肛拭子样本800份,采用含1μg/μL美罗培南的麦康凯琼脂培养基分离CRE菌株。使用VITEK-2 Compact全自动细菌鉴定系统和VITEK MS质谱系统进行菌种鉴定。采用微量肉汤稀释法检测菌株的最小抑菌浓度(MIC)。采用多位点序列分型(MLST)及脉冲场凝胶电泳(PFGE)对耐药菌株进行同源性分析。通过接合实验研究耐药基因的可转移性。采用全基因组测序进行耐药分子特征研究。【结果】从800份粪便或肛拭子标本中分离出7株CRE菌株,皆为产新德里金属β-内酰胺酶(NDM)的多重耐药大肠埃希菌,对多种临床常用的抗生素均耐药。分子分型结果显示,CRE菌株序列型别均不相同,PFGE呈现多样性。bla_(NDM)基因均为阳性,包括bla_(NDM-5)和bla_(NDM-13),主要型别为blaNDM-5,并可通过接合转移至大肠埃希菌EC600。【结论】肠道分离碳青霉烯耐药菌株均为多重耐药大肠埃希菌,其耐药机制均为产NDM,同时携带bla_(NDM)及其他多种耐药基因。MLST显示菌株属于不同的克隆型。耐药基因可通过接合转移实现耐药基因的水平转移。
- 高芬陈涌庄源陈洪友罗嘉远张曦陈敏
- 关键词：碳青霉烯酶肠杆菌科
