王晓丹
- 作品数：19 被引量：7H指数：1
- 供职机构：中国医学科学院北京协和医学院医学生物学研究所更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金云南省自然科学基金云南省社会发展科技计划更多>>
- 相关领域：医药卫生生物学环境科学与工程更多>>
- 登革病毒1型Ⅰ～Ⅴ基因亚型的基因组差异分析被引量：2
- 2019年
- 目的分析登革病毒1型(Dengue virus type 1,DENV-1)Ⅰ～Ⅴ基因亚型基因组全长核苷酸及氨基酸序列差异。方法通过GenBank搜索DENV-1 5个不同基因亚型的全长基因组序列,获得其相应的氨基酸序列。采用BIOEDIT软件,统计基因亚型间核苷酸突变和氨基酸替代位点,分析其相似度,通过RNA二级结构在线预测网站预测DENV-1不同亚型间3′UTR的二级结构差异,蛋白结构在线预测网站预测主要流行于中国的Ⅰ及ⅤDENV-1基因亚型结构蛋白的二级结构,对其氨基酸组成及编码序列中可能存在的蛋白结合区域等进行差异分析。结果DENV-1 5个基因亚型核苷酸相似性为91. 40%～94. 50%,氨基酸序列相似性为97. 11%～98. 38%,5个基因亚型各自编码3 392个氨基酸,其中共有195个位点有氨基酸的变化。DENV-1不同亚型的3′UTR的二级结构各不相同。DENV-1基因型为Ⅰ、Ⅴ的775个氨基酸中占组成比例最多的均是苏氨酸(T),Ⅰ型可能的蛋白结合位点有26个,多聚核苷酸结合位点有9个。Ⅴ型可能的蛋白结合位点有24个,多聚核苷酸结合位点有7个。他们均有相同数量的螺旋和跨膜螺旋。结论通过对DENV-1 5个不同的基因亚型的全长核苷酸和氨基酸序列的比较分析,及Ⅰ、Ⅴ基因亚型结构蛋白二级结构的预测,为研究DENV-1不同基因型之间的生物学和致病性差异提供参考。
- 文送娇陈曦洪珊席珏敏王晓丹陈俊英潘玥叶超管娇琼林垚孙强明
- 关键词：基因亚型基因组结构蛋白
- 一种I‑IV型串联登革病毒EDⅢ重组蛋白的构建方法及其应用
- 本发明涉及一种I‑IV型串联登革病毒EDⅢ重组蛋白的构建方法及其应用，通过合成酵母表达密码子优化及特殊设计间隔串联序列的四型登革病毒基因，使用PichiaPink™ Expression System表达系统表达、Ni亲...
- 孙强明邱丽娟赵玉娇席珏敏王晓丹陈俊英潘玥叶超
- 文献传递
- 云南省人乳头瘤病毒分子分型及致癌基因核酸定量检测技术建立应用
- 孙强明席珏敏陈俊英潘玥杨丽娟岳耀斐王晓丹
- 项目技术内容：人乳头状瘤病毒（HPV）感染是导致宫颈癌的一个主要因素。HPV感染率及型别分布有很强的地域性。该项目对7146份云南省门诊、正常体检妇女及宫颈癌患者宫颈细胞标本进行HPV 130余种型别感染情况的全谱筛查，...
- 关键词：
- 关键词：乳头瘤病毒生物信息学
- 2017年云南省登革病毒Ⅰ型分离株NS1基因的鉴定及分析
- 2018年
- 目的鉴定并分析2017年云南省登革病毒Ⅰ型(dengue virusⅠ,DENVⅠ)分离株的NS1基因。方法采用病毒RNA提取试剂盒提取登革热(dengue fever,DF)患者血清RNA,RT-PCR法鉴定病毒类型,并扩增DENVⅠ的NS1基因,进行测序。应用BIOEDIT软件比对NS1及DENVⅠ标准株(DQ672562.1)的核苷酸及氨基酸序列,并进行突变分析。应用MEGA 5.1软件中的NJ法(1000 Boot strap replicate)构建NS1基因的系统进化树。结果共分离获得16株DENVⅠ的NS1基因,经比对发现,201703、201704、201708、201709、201713分离株NS1基因第21位碱基由C变为T(无义突变);201705、201706、201712分离株NS1基因第289位碱基由T变为A(有义突变),氨基酸曲L变为M。16株分离株NS1基因其他突变位点均相同,共85处发生碱基突变,其中5个为有义突变。16株分离株与2011-China Donggua(JQ048541.1)、2008-Singapore(GU370049.2)、2014-Taiwan(KU365900.1)、2005-China Fujian(DQ193572.1)、2016-Malaysia(KX452065.1)、2007-Indonesia(KC762646.1)、2015-South Korea(KP406802.1)、2006-Japan(AB178040.1)、2007-Thailand(HM469966.1)、2013-singapore(KJ806945.2)有较近的亲缘关系。结论 2017年云南省16株分离毒株均为DENVⅠ,可能属于东南亚国家的输入性毒株。
- 文送娇林垚席珏敏王晓丹陈俊英潘玥叶超管娇琼洪姗孙强明
- 关键词：登革病毒NS1基因基因突变系统进化分析
- 一种I‑IV型登革病毒的NS1重组蛋白构建方法及其应用
- 本发明公开一种I‑IV型登革病毒的NS1重组蛋白构建方法，将登革病毒标准株进行RT‑PCR扩增，分别得到I‑IV型登革病毒的NS1全基因，再与pMD19T载体连接，然后进一步得到pET30a‑NS1质粒，将所得pET30...
- 孙强明王晓丹席珏敏陈俊英潘玥姜黎明罗佳杨佳佳
- 文献传递
- 寨卡病毒亚洲型与非洲型基因同源性及重组分析被引量：1
- 2018年
- 目的分析寨卡病毒(Zika virus,ZIKV)亚洲型与非洲型基因组核苷酸序列同源性及结构蛋白C、前膜蛋白(pre-membrane,pr M)核苷酸和氨基酸序列差异,并探讨了ZIKV亚洲型和非洲型位点突变可能产生的后果。方法在GenBank中登录的ZIKV亚洲型和非洲型序列中,分别选择5个不同的全长基因组序列,并获得其相应的氨基酸序列,采用BIOEDIT软件进行比对,分析相似度,统计不同型别间结构蛋白C、prM的核苷酸突变和氨基酸替代位点,并采用SimPlot软件分析两个型别间的同源重组。结果 ZIKV亚洲型与非洲型的核苷酸相似性在88. 00%~89. 00%之间;不同型别的结构蛋白C和prM碱基的突变比较显示,C基因共有19个碱基突变,prM基因共有48个碱基突变;氨基酸翻译比对显示,这67个碱基突变均为有效突变。两个型别结构蛋白C和prM编码的289个氨基酸中,占组成比例最多的均为亮氨酸(L),同源重组分析亚洲型与非洲型一致性较高,无重组信号。结论通过对ZIKV亚洲型与非洲型的结构蛋白C、pr M核苷酸序列、氨基酸的比较分析及同源重组分析,为研究ZIKV不同基因型间的生物学和致病性差异提供参考。
- 林垚文送娇洪珊王晓丹席珏敏席珏敏潘玥陈俊英孙强明
- 关键词：C蛋白氨基酸序列
- Ⅲ型登革病毒在C6/36及Vero细胞中复制对其毒力的影响
- 2019年
- 目的探讨Ⅲ型登革病毒(dengue virus,DENV)在C6/36和Vero细胞中复制对其毒力的影响。方法将DV3-1及DV3-2两株Ⅲ型DENV在C6/36细胞上接种传代培养,待其毒力稳定再接种至Vero细胞连续传代培养。用Ⅲ型DENV标准质粒检测不同代次病毒拷贝数,PCR扩增获得传代毒种全长基因序列,并与原代病毒基因序列进行比对。结果DV3-1在C6/36细胞上传代至第17代次(P17-C6/36)时毒力保持稳定,DV3-2在盲传过程中均未见明显的细胞病变;将DV3-1和DV3-2第17代次病毒在Vero细胞上继续传代,DV3-1传至第10代次(P10-Vero)CPE为40%,DV3-2传至第4代次CPE达30%。DV3-1在P17-C6/36时具有较高的病毒拷贝数,在P0(原代病毒)及P10-Vero时病毒拷贝数偏低。与P0比较,P17-C6/36及P10-Vero全长碱基共16处发生突变,导致12个氨基酸的非同义突变,其中P0和P10-Vero在第5826、6251、7907位点碱基相同,P17-C6/36相应的氨基酸位点(第1942、2084、2636位点)均发生非同义突变。结论传代细胞更换可对Ⅲ型DENV的毒力造成影响,多次传代及更换细胞传代后仍可能发生回复突变。本研究为后续DENV减毒策略的研究提供了实验依据。
- 林垚洪珊王晓丹陈俊英潘玥孙强明
- 关键词：C6/36细胞VERO细胞毒力
- CpG ODN佐剂序列IMB-AC5的体外免疫刺激活性分析被引量：1
- 2017年
- 目的对CpG ODN候选佐剂IMB-AC5进行体外免疫刺激活性分析。方法以目前国外进入临床研究的两种CpG ODN佐剂序列(Coley 7909和Dynavax ISS1018)为对照,采用~3H-TDR法检测IMB-AC5刺激人外周血淋巴细胞(peripheral blood lymphocytes,PBLs)的增殖活性;流式细胞术分析CD19+B活化细胞表面CD69表达水平;ELISA法检测刺激后GEN细胞产生的IL-6和IFNα水平。结果 3种CpG ODN佐剂均能明显刺激人PBLs的增生,IMB-AC5刺激增生能力优于Dynavax ISS1018,略低于Coley 7909;IMB-AC5活化CD19+B细胞表面CD69表达水平与Coley7909相似,Dynavax ISS1018活化效果略低于前二者;3种CpG ODN佐剂体外活化树突状细胞水平差异较大,且呈明显的剂量依赖,IMB-AC5的最佳活化浓度范围为0.15~1.5μmol/L,Coley 7909的最佳活化浓度范围为<0.25μmol/L,活化效果均优于Dynavax ISS1018。结论 IMB-AC5可作为有效的疫苗候选佐剂,且不低于国外同类佐剂的体外免疫刺激活性。
- 赵玉娇蔡路奎王晓丹席珏敏陈俊英潘玥邱丽娟姜黎明孙强明
- 关键词：CPGODN佐剂
- CpG ODN佐剂序列IMB-AC5联合乙型肝炎疫苗的免疫原性分析
- 2016年
- 目的评价Cp G ODN佐剂序列IMB-AC5联合乙型肝炎疫苗的免疫原性,以评估IMB-AC5佐剂的应用前景。方法利用市售的单铝佐剂乙型肝炎疫苗,根据相同配比加入3种Cp G ODN（IMB-AC5及Coley 7909和Dynavax 1018）,作为实验组（V-AC5、V-7909和V-1018）,并以乙型肝炎疫苗为对照组,分别免疫BALB/c小鼠,于免疫后2、4、6、8周,经尾静脉采血,第10周处死小鼠采集全血,分离血清,采用乙肝表面抗体试剂盒检测anti-HBs抗体水平,ELISA法检测Ig G1/2a亚型抗体比例;ELISPOT法检测小鼠脾细胞IFNγ表达水平。结果免疫后0~4周内,各组小鼠血清抗体水平均无明显变化,第6周开始呈明显上升趋势,至第8周后趋于平缓;各实验组抗体水平均明显高于对照组（P〈0.05）,V-AC5显示出与V-7909同样良好的体液免疫效果,略优于V-1018。免疫后各实验组小鼠血清中Ig G2a/Ig G1比例明显高于对照组。各实验组小鼠脾细胞斑点数明显高于对照组（P〈0.05）;V-AC5斑点数介于其他两个实验组之间。结论 IMB-AC5佐剂能显著活化B细胞产生抗体并具有刺激细胞免疫的效果,可增强疫苗的免疫原性。
- 赵玉娇蔡路奎王晓丹席珏敏陈俊英潘玥邱丽娟姜黎明孙强明
- 关键词：CPGODN佐剂乙型肝炎疫苗免疫原性
- 一种I-IV型登革热病毒的通用检测试剂盒
- 本发明涉及一种I-IV型登革热病毒的通用检测试剂盒，属于病毒检测技术领域。该试剂盒包括酶标记板、阴性对照血清、阳性对照NS1重组蛋白、检测抗体、显色底物和终止液。所述酶标记板上的包被抗体为DV14抗体，检测抗体为连接了生...
- 孙强明李多王晓丹潘玥陈俊英席珏敏黄新伟赵玉娇邱丽娟姜黎明
- 文献传递
