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张益: 作品数：17 被引量：49H指数：4; 供职机构：中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所更多>>; 发文基金：国家科技重大专项艾滋病和病毒性肝炎等重大传染病防治专项国家自然科学基金更多>>; 相关领域：医药卫生自动化与计算机技术更多>>

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新型多重PCR检测技术平台的建立及其应用: 马学军王佶毛乃颖申辛欣张益王雷崔爱利张勇逯鹏王春花史伟张蕾张红向星宇于德山; 该项目围绕中国重要传染病发热呼吸道、腹泻、发热伴出疹和脑炎脑膜炎症候群的主要病原体监测及病原谱构成分析和突发疫情病原快速应急筛查中所面临的技术问题，为满足我国省、市不同层次疾控机构对多病原快速检测和筛查技术的迫切需求，建...; 关键词：; 关键词：传染病软件系统

3型腺病毒免提取核酸重组酶介导的等温扩增实时荧光检测方法的建立及应用被引量：5: 2019年; 目的建立3型腺病毒(human adenovirus 3,HAdV-3)免提取核酸的重组酶介导的等温扩增(recmbinase acid amplification,RAA)实时荧光检测方法。方法根据HAdV-3基因保守序列分别设计1对引物和1条探针,通过对免提核酸的条件摸索和优化,建立1种免提取核酸,重组酶介导的等温扩增实时荧光检测方法;通过对培养的毒株进行系列稀释,免提取核酸分析该方法的灵敏度;通过检测其他呼吸道病毒的原始样本,评价该方法的特异性;并检测HAdV-3临床样本,与传统的提核酸实时荧光定量PCR方法进行比较。结果本研究建立的免提取核酸实时荧光RAA方法对10倍系列稀释的HAdV-3毒株进行检测,和实时荧光定量PCR方法相比,灵敏度相当,对应的最低浓度稀释样本的Ct值为36.87,对常见其他型别的呼吸道病毒检测无交叉反应。两种方法对56例HAdV-3阳性临床样本同时检测,结果完全一致。结论本文首次报道了免提取核酸的实时荧光RAA检测HAdV-3的方法,该方法具有较高的灵敏度和特异性,适合应用于临床实验室及基层单位快速检测HAdV-3。; 王瑞欢王瑞欢张益向星宇湛志飞李鑫娜申辛欣张瑞卿白雪丁段青霞凡国豪张红马学军; 关键词：腺病毒3型

应用高通量测序技术鉴别中国输入性黄热病毒野毒株与疫苗株被引量：3: 2017年; 目的鉴别2016年3月我国3例输入性黄热病例为2016年安哥拉流行的黄热病毒野毒株感染,还是黄热病毒疫苗相关疾病,亦或是二者的混合感染.方法应用IonTorrent PGM测序平台,对3例黄热病病例血液或尿液标本进行高通量测序,对所获得的3株黄热病毒序列进行基因组特征分析.分析黄热病毒野毒株与疫苗株核酸序列差异,以同源性较低区域序列作为参考序列将高通量测序获得的短序列做回贴和比对.结果从3份黄热患者标本中获得了部分黄热病毒基因组,其中从第二例患者标本中获得了全长蛋白编码区序列.3株病毒与2016年从中国第一例输入性黄热病例中分离的病毒株CNYF01 R/2016株和来自安哥拉的1971年毒株Angola71株具有极高的相似性,都属于安哥拉型黄热病毒.分析得到5段黄热病毒野毒株与疫苗株核酸序列差异较大的区域,在这5段区域中,3份标本测序获得短序列与野毒株均有多个匹配,而与疫苗株则没有匹配.结论 3例黄热患者的血液或尿液标本中未检测到黄热病毒疫苗株17D株基因组序列,高通量测序证实3人均为2016年安哥拉流行的黄热病毒野毒株感染.; 刘林张益李阿茜张硕张全福李川严延生马学军梁米芳李德新; 关键词：黄热病毒高通量测序

一株GⅠ.3[P13]型诺如病毒的全基因组序列分析被引量：2: 2022年; 诺如病毒(Norovirus,NoV)是人类非菌性急性肠胃炎的主要病原,GⅠ和GⅡ基因群在人类中流行较广,但对GⅠ群少有研究。为分析西安市2018年一株GⅠ型诺如病毒CHN/Xian/18N239的全基因组基因特征,本研究对某幼儿园急性肠胃炎病例肛拭子检出的一株GⅠ型诺如病毒,使用下一代测序方法对其全基因组测序,用Blastn比对和诺如病毒在线定型工具分析CHN/Xian/18N239的基因型,用MEGA-X对其进化分析,用Bioedit对其同源性、氨基酸变异和熵值进行计算,并用SWⅠSS-MODEL和PyMOL2.3.2预测和可视化三维结构。CHN/Xian/18N239株全长7684 nt,开放阅读框(ORF)1~3分别长5316 nt(84~5399 nt)、1635 nt(5383~7017 nt)和648 nt(7017~7664nt),ORF1和ORF2的重叠区长17 nt。Blastn比对显示其与GⅠ.3[P13]型2019年中国台湾株(MN922738)核苷酸同源性最高(98.91%)。系统进化分析表明其为GⅠ.3[P13]型,与韩国2017-2018年、中国台湾2018-2019年流行株核苷酸同源性为98.7%~99.3%。与参考序列U04469比,变异位点共75个,主要在P2区,其中在人外周血抗原结合位点Ⅱ有1个,且在A-Loop、T-loop、U-loop和S-loop区的三维结构改变较大。VP2区熵值为0的位点最少,VP1区易突变位点最多。应加强对本地区诺如病毒分子型别监测,提高防控能力。; 李焱张益吴瑞余鹏博喻勇新张辉马超锋; 关键词：诺如病毒全基因组

改进的四引物扩增受阻突变体系PCR方法同时检测叶酸代谢过程相关的四个单核苷酸多态性位点的研究被引量：1: 2017年; 目的建立改进的四引物扩增受阻突变体系PCR（T－ARMS－PCR）检测方法，实现单管一次性检测叶酸代谢过程相关的4个单核苷酸多态性（SNP）位点：rs1801133，rs1801131，rs1805087和rs1801394。方法方法学建立。于2017年1至4月在河北省儿童医院检验科收集150名体检儿童抗凝全血标本以待验证。利用T－ARMS－PCR原理及多重嵌合引物策略设计rs1801133、rs1801131、rs1805087及rs1801394的特异性内外嵌合引物。通过优化引物浓度和反应条件，经单管PCR反应，结合QIAxcel毛细管电泳分析扩增产物长度，判读150份标本的SNP基因型，同时所有标本经测序法进一步验证。利用SPSS 17.0统计软件卡方检验对150份标本的4个SNP位点分别进行哈迪－温伯格遗传平衡（HWE）检测。结果改进的T－ARMS－PCR结合毛细管电泳分析的方法可在3 h内一次性识别本研究中叶酸代谢过程相关的4个SNP位点的8个不同等位基因，可对150份全血标本的SNP位点准确分型，其分型结果与测序法完全相符。4个SNP位点基因型的分布均符合HWE平衡定律（χ^2rs1801133＝0.69, Prs1801133＝0.40; χ^2rs1801131＝0.21, Prs1801131＝0.64; χ^2rs1805087＝3.32, Prs1805087＝0.07; χ^2rs1801394＝1.91, Prs1801394＝0.17）。结论本研究建立的改进的T－ARMS－PCR结合毛细管电泳分析方法，可准确地同时检测叶酸代谢过程相关的4个SNP位点，为指导人群特异性地补充叶酸提供了一种可能的技术手段。; 段素霞李贵霞赵梦川王乐冯志山张益马学军; 关键词：叶酸代谢 DNA突变分析 DNA引物

基于探针导向的重组酶介导的等温扩增法检测SNP位点用探针和试剂盒: 本发明提供了一种基于探针导向的重组酶介导的等温扩增法检测SNP位点用探针和试剂盒，属于SNP位点检测技术领域。所述基于探针导向的重组酶介导的等温扩增法检测SNP位点用探针，所述探针在重组酶介导的等温扩增法用探针的基础上，...; 马学军段素霞王佶张益申辛欣何小周

基于一步巢式qPCR法或一步巢式PCR法检测病毒用锁核酸引物及检测试剂盒: 本发明提供了基于一步巢式qPCR法或一步巢式PCR法检测病毒用锁核酸引物及检测试剂盒，属于肠道病毒检测技术领域。所述锁核酸引物包括上游外引物和下游外引物，所述上游外引物和下游外引物中分别标记有2～6个LNA单体。所述锁核...; 马学军王佶张益申辛欣何小周; 文献传递

基于探针导向的重组酶介导的等温扩增法检测SNP位点用探针和试剂盒: 本发明提供了一种基于探针导向的重组酶介导的等温扩增法检测SNP位点用探针和试剂盒，属于SNP位点检测技术领域。所述基于探针导向的重组酶介导的等温扩增法检测SNP位点用探针，所述探针在重组酶介导的等温扩增法用探针的基础上，...; 马学军段素霞王佶张益申辛欣何小周; 文献传递

一种基于新型再测序芯片的不明原因呼吸道感染样品检测方法的建立被引量：1: 2013年; 再测序芯片(Resequencing Pathogen Microarray,RPM)是一种新的基于微阵列DNA芯片的病原体检测与鉴定技术。为了将RPM应用于不明原因呼吸道感染的检测,提高应对传染病暴发的能力,本研究建立了基于一种新型RPM的呼吸道多病原检测方法。该方法可以同时检测19种常见呼吸道病毒、9种甲型流感(Flu A)和11种鼻病毒(HRV)、28种肠病毒、18种少见呼吸道病毒。选取已验证的16种常见呼吸道病毒感染阳性的样本评价RPM的特异性,用克隆质粒或体外转录的RNA梯度稀释液来检验RPM的灵敏度,在10～103拷贝/反应水平时RPM仍能检测和分辨出相近的病毒亚型。将8份不明原因的咽拭子样品提取的核酸合并,用新建立的方法进行检测,根据RPM结果再以普通PCR加测序作为验证,同时和Abbott公司的质谱测序(PLEX-ID)结果进行比较,除RPM检出假阳性PIV1外,三者的其余检测结果一致。结果表明,这种基于新型RPM的方法具有高灵敏度、高通量的优点,对应对新发和突发传染病具有重要意义。; 申红卫李瑾王淼张晨王佶聂凯杨梦婕张益谭文杰马学军; 关键词：呼吸道病毒

应用中断时间序列分析评价高通量测序技术对临床病毒学的影响被引量：1: 2020年; 目的评估全球范围内大规模高通量测序技术的应用对临床病毒学的定量影响。方法分别收集美国国立生物技术信息中心(National Center for Biotechnology Information)2000-2018年如下记录:每年新增全基因组病毒记录数量;每年新增病毒发现文章数量;每年新增病毒准种文章数量;每年新增病毒感染基因标志物文章数量。然后应用中断时间序列法分析上述记录的变化趋势。结果自2008年全球测序中心开始从Sanger法转向使用高通量测序技术以来,各记录每年新增数量分别是使用之前的3.755倍,2.760倍,6.195倍以及3.885倍。各记录长期变化趋势如下:全基因组病毒记录数量每年新增1639.991条(P<0.001);病毒发现文章数量每年新增83.091篇(P<0.001);病毒准种文章数量每年新增2.509篇(P<0.001);病毒感染基因标志物基因感染签名文章每年新增30.836篇(P<0.001)。结论2008年全球测序中心开始应用高通量测序技术,测序成本不断降低,使得高通量测序技术在临床病毒学的应用中日益丰富,对临床病毒学的发展产生了积极深远的影响。; 李洋张益于石成何小周杨梦婕王佶金承刚马学军王琦琦; 关键词：高通量测序临床病毒学

张益

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