刘楚云 作品数:22 被引量:59 H指数:5 供职机构: 深圳市南山区疾病预防控制中心 更多>> 发文基金: 深圳市科技计划项目 深圳市南山区科技计划项目 广东省医学科学技术研究基金 更多>> 相关领域: 医药卫生 天文地球 轻工技术与工程 更多>>
2009—2019年深圳市南山区食源性单核细胞增多性李斯特菌基因组特征分析 被引量:3 2021年 目的分析深圳市南山区食源性单核细胞增多性李斯特菌(Lm)基因组遗传家系、耐药基因、毒力基因和进化关系的特征性基线信息。方法对2009—2019年南山区食品中分离的46株Lm进行全基因组提取和二代测序(PE-150,100×),运用CLC Genomics Workbench 12.0软件组装、比对基因组及分析其管家基因、耐药基因、毒力基因和k-mer系统进化关系等特征。结果46个Lm基因组组装后均满足分析条件(contigs N50>20 kb),平均GC含量为38.3%、预测基因数为5960个、基因组大小为2952608 bp;南山区Lm全基因组k-mer系统发生树可见14簇,总体遗传距离较大,其遗传家系包括21株Lineage 1、23株Lineage 2和2株Lineage 3,Lineage 1以ST87为主,其余为ST3、ST59、ST224和ST429,Lineage 2以ST8和ST9为主,其余为ST121、ST155、ST199、ST204和ST321,Lineage 3只见ST299;发现本地区Lm携带fosX(17株)、tetM(6株)、dfrG(4株)、catB3(1株)和mefA(1株)5种耐药基因,均携带flaA、iap、actA、hly、mpl、prfA、plcA、plcB和inlB九种毒力基因,同时有6株inlA与3株inlJ发生变异和2株inlC缺失。结论深圳市南山区分离的食源性Lm呈现遗传进化多样性,携带耐药基因情况较为严重,特别是来源于生禽肉和金针菇的分离株,且功能明确的毒力基因丰富齐全。 胡鹏威 刘楚云 王银秋 何娇明 袁月明 袁梦 段永翔关键词:李斯特菌 抗药性 多位点序列分型 毒力基因 遗传进化 深圳市健康人群肺炎链球菌带菌调查、耐药性及分子分型研究 2012年 目的了解深圳市健康人群肺炎链球茵(Sp)的带茵状况、耐药性及分子流行病学特点。方法将健康人群分为0~,5~,15~,25~和60岁以上5个年龄组,采集鼻咽拭子进行分离和鉴定Sp,用全自动生化及药敏鉴定分析仪测定Sp的耐药性;采用多位点序列分型(MLST)对菌株进行分子分型。结果深圳市健康人群Sp带茵率为7.7%(40/521);所有菌株对盖替沙星、莫西沙星、力奈唑烷、万古霉素和利福平敏感;对青霉素G、复方新诺明、红霉素和四环素耐药性高;从40株Sp茵中挑选出37株进行MLST得到15个不同的ST型,以ST27l,ST320和ST876为主。结论深圳市健康人群鼻咽部sp携带率为7.7%,基因高度多态性,无优势菌株,sp茵株对大环内酯类、磺胺类和青霉素类药物耐药情况严重。 陈辉 黄锐敏 袁梦 袁月明 鞠长燕 刘楚云关键词:肺炎链球菌 带菌调查 抗生素敏感性 多位点序列分型 基于全基因组测序的弯曲菌食物中毒事件的病原学研究 2023年 目的对深圳地区一起疑似弯曲菌引起的食物中毒事件进行病原菌全基因组测序分析,了解本地区引起食物中毒的弯曲菌的病原特征。方法采集食物中毒病例肛拭子样本和可疑食品样本,用双孔增强过滤法进行弯曲菌分离,用微生物质谱系统进行鉴定,对分离到的弯曲菌用琼脂稀释法进行抗生素敏感性分析。用illumina二代测序方法进行菌株的全基因组测序,将菌株序列与Resfinder、CARD、MLST和VFDB数据库比对,分别获得耐药基因、ST型和毒力因子。用K-mer tree方法绘制系统发育树。结果共分离到17株弯曲菌,其中12株空肠弯曲菌,5株结肠弯曲菌,均来源于病人。17株菌均携带flaA、cadF、cdtA、cdtB、cdtC等毒力基因。药敏结果显示空肠弯曲菌耐药率最高的是四环素(100%),其次是萘啶酸(91.67%)、环丙沙星(83.34%)和庆大霉素(58.33%)。58.33%(7/12)的空肠弯曲菌中具有多重耐药。80%(4/5)的结肠弯曲菌对除了氯霉素类、林克酰胺类外的其它抗生素均耐药,100%的结肠弯曲菌存在多重耐药。100%的弯曲菌携带四环素类、β-内酰胺类耐药基因和gyrA基因点突变,76.47%(13/17)的弯曲菌携带氨基糖苷类耐药基因。MLST结果显示空肠弯曲菌分为6个ST型,ST-12294(6/12)、ST-12295(1/12)、ST-12296(1/12)是新发现的ST型,其中ST-12294与2021年克罗地亚地区的人源分离株、2018年深圳地区的鸡源分离株高度相关。结肠弯曲菌均为ST-828型,归属ST-828 complex,与2018年深圳蛇口市场鸡源分离株高度相关。结论本次是一起ST-12294型空肠弯曲菌和ST-828型结肠弯曲菌混合感染引起的食物中毒事件。弯曲菌多重耐药率高,需要引起重视。 何娇明 马艳萍 刘楚云 陈辉 俞慕华 鞠长燕关键词:弯曲菌 全基因组测序 耐药基因 毒力基因 食物中毒 深圳成年居民饮用水健康风险暴露参数的调查 被引量:5 2016年 目的探讨深圳市成年居民饮水摄入状况,为开展相关饮用水污染物的暴露研究提供基础数据。方法采取多阶段随机抽样的方法,在深圳市抽取360名调查对象,进行问卷调查。结果该地区居民饮水总量中位数为2 250 ml/d。居民主要饮水来源为自来水、桶装水和瓶装水,饮用量中位数分别为2 025 ml/d、850 ml/d和550 ml/d。结论在进行本地区居民饮用水健康风险评价时,应结合实际情况,综合考虑水源种类、文化程度、居民性别、空调环境及身体活动强度等多因素,避免产生误差。 严燕 罗文亮 牟敬锋 黄蔷 刘楚云关键词:饮水量 卫生调查 一株抗腮腺炎病毒Fab抗体克隆的筛选 2007年 [目的]获得抗腮腺炎病毒Fab段基因工程抗体。[方法]将腮腺炎病毒抗原(MUV-Ag)包被在固相ELISA板中,采用"吸附-洗脱-扩增"的方法,对已构建的抗腮腺炎病毒噬菌体抗体库进行富集。从富集后的抗体库中筛选抗腮腺炎病毒阳性克隆,并交叉筛选鉴定其特异性。[结果]在对176个克隆筛选后,再用麻疹病毒抗原(MEV-Ag)、混合副流感病毒抗原(mPIV-Ag)和呼吸道合胞病毒抗原(RSV-Ag)进行交叉筛选,最终获得特异性抗MUV-Ag阳性克隆2个(B206和D210)。对其中1株B206序列分析表明它的κ轻链V基因属于VκⅠ(O12)亚群,J基因属于Jκ1;γ链V基因属于VH1-69亚群,D基因来自D3-10,J基因则来自JH6。[结论]用腮腺炎病毒抗原成功地从抗体库中筛选到特异性阳性克隆,构建的噬菌体抗体库是有效的。 俞慕华 曾忠铭 段永翔 袁梦 刘楚云 Fang SY关键词:FAB抗体 噬菌体 可变区基因 腮腺炎病毒 实时荧光PCR法检测b型流感嗜血杆菌 2009年 目的利用荧光定量PCR技术,建立b型流感嗜血杆菌的快速敏感特异的检测方法。方法以b型流感嗜血杆菌荚膜基因作为靶序列,设计一对引物和探针,以b型流感嗜血杆菌菌株,提取核酸DNA作为模板,优化引物和探针的浓度比和退火温度。以b型流感嗜血杆菌和8种相关细菌考核检测体系的灵敏性、稳定性和特异性。结果本研究建立的反应体系在引物和探针的浓度为800 nM、200 nM,退火温度为56℃时,具有良好的特异性和敏感性。在8株相关菌株的检测中,除b型流感嗜血杆菌出现很好的阳性外,其余菌株均为阴性。在纯菌条件下,定量检测低限100 cfu/mL。稳定性分析表明:同一样品重复检测4次C t值的最大变异系数为5.46%。与常规方法比较,符合率达100%。结论该方法特异性强,稳定性高,操作简便快速,具有较大的推广及应用价值。 陈辉 俞慕华 黄锐敏 刘楚云 鞠长燕 袁梦 袁月明关键词:B型流感嗜血杆菌 实时荧光PCR 深圳市南山区口腔诊疗器械消毒卫生专项监测结果分析 被引量:1 2007年 目的:通过开展南山区口腔诊疗器械消毒卫生专项监测,了解南山区口腔诊疗器械消毒的卫生状况,为提高南山区医疗机构口腔诊疗器械消毒工作质量,保障医疗安全提供依据。方法:按照《消毒技术规范》2002版及GB15982-1995,GB15979-2002中检验方法进行样品检验。结果:61所医疗机构共抽查786份样品,总合格率为91.2%,其中医院合格率95.5%,社康中心合格率90.1%,社会医疗机构合格率86.4%;医护人员手及物体表面合格率分别为78.3%及88.1%。结论:南山区口腔诊疗器械消毒监测合格率有待进一步提高,医院消毒质量优于社康中心和社会医疗机构,医护人员手及物体表面应加强清洁及消毒。建议卫生监督部门对各医疗机构消毒工作加强监督、指导,督促他们在日常工作中要严格执行《医疗机构口腔诊疗器械消毒技术操作规范》[1]。 袁月明 刘楚云 李保云关键词:口腔诊疗器械 消毒质量 合格率 2012-2013年深圳市南山区手足口病原学及初发临床症状分析 被引量:8 2014年 目的分析2012年和2013年1月至11月期间引起深圳市南山区手足口病的病原组成情况以及不同病原引起的临床症状的差异,及早了解手足口病病原最新的流行情况,科学预防病原变异,并通过比较手足口病初发时临床症状,预测疾病的发展趋势,以期预防手足口病重症的发生。方法分析2012年和2013年1月至11月本区采集的手足口病集中爆发疫情中的病原检测资料和流行病学调查资料,总结疫情暴发情况与季节的关系和由不同病原引起的临床症状。结果不同病原在不同季节的流行情况不同,EV71和CoxA16主要在1~6月流行,除这两病毒外的其它肠道病毒主要在4~12月流行,其中4~6月感染的病例数最多。而不同病原引起的临床症状差异,最主要表现为由EV71和CoxA16引起的症状轻微的手足口病很少出现发热和咽炎,而除这两种病毒外的肠道病毒引起的手足口病表现为发热、咽炎和咳嗽。结论由非EV71非CoxA16的肠道病毒感染的87.0%的病例出现咽炎,本区非EV71非CoxA16的肠道病毒阳性病例很可能感染的是CoxA 6,相关证实及研究正在进行中。 李博 张东晓 刘楚云关键词:手足口病 肠道病毒 临床症状 流感嗜血杆菌基因分型研究 被引量:1 2015年 目的应用生物学分型、血清学分型和脉冲场凝胶电泳(Pulsed-field gel electrophoresis,PFGE)分析从健康人群分离的流感嗜血杆菌(Haemophilus influenzae,Hi)的分子流行病学规律以及与Hi生物学分型、血清学分型、青酶素酶之间的关系。方法对深圳市1月龄以上380名健康人群采集咽拭子,共分离培养175株流感嗜血杆菌,参照Pitt-man方法对菌株进行血清学分型,应用PCR方法进行流感嗜血杆菌属及荚膜鉴定,参照Kilian方法对其中的141株菌株进行生物学分型,从不同年龄组选出共59株流感嗜血杆菌株,应用PFGE技术进行分子分型研究。结果 141株流感嗜血杆菌分为8个生物型,Ⅰ~Ⅷ型分别为8.51%、36.88%、34.04%、4.96%、7.80%、0.71%、6.38%、0.71%。分离的菌株以无荚膜的不可分型Hi为主(97.14%),5株为有荚膜型,其中2株为b型,3株为e型,Hi产青霉素酶的阳性率为14.18%,59株Hi菌株分为52个PFGE基因型。结论深圳市健康人群Hi携带菌株多为无荚膜的不可分型流感嗜血杆菌,生物学分型以Ⅱ、Ⅲ型为主。PGFE基因分型呈明显的多态性。 温群文 刘楚云 鞠长燕 俞慕华 田国忠 段永翔关键词:流感嗜血杆菌 生物学分型 血清学分型 脉冲场凝胶电泳 分子分型 海鲜产品中空肠弯曲菌2种检测标准的比较 2023年 目的 利用GB 4789.9—2014《食品安全国家标准食品微生物学检验空肠弯曲菌检验》(以下简称GB4789.9法)与T/CPMA 006—2019《空肠弯曲菌、结肠弯曲菌检验方法》(以下简称T/CPMA 006法)2种标准方法检测贝类样品中空肠弯曲菌的阳性率,并用模拟样本以2种检测标准对空肠弯曲菌的最低检出浓度及检出率差别开展讨论。方法 2020年11—12月采集深圳市某市场39份贝类海鲜样品,分别用GB4789.9和T/CPMA 006的2种标准方法进行空肠弯曲菌检测,对于检测阴性的标本,实验室掺入终浓度分别为100、101、102、103、104、105CFU/g的活菌进行模拟实验,每个浓度模拟3个样品,分析比较2种标准方法的最低检出浓度。根据最低检出浓度,实验室掺入终浓度分别为103和104CFU/g的空肠弯曲菌活菌,每个浓度各10份样品,比较2种标准方法的检出率差异。利用基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(matrix-assisted laser desorption ionization-time of flight mass spectrometry,MALDI-TOF)和荧光聚合酶链反应(polymerase chain reaction,PCR)作为菌落验证和辅助检测。结果 39份原始样品中T/CPMA 006检测标准的空肠弯曲菌阳性率为2.6%(1/39),而GB 4789.9标准方法均未检出。模拟样本的结果显示,GB 4789.9和T/CPMA 006的最低检出浓度分别是103和101CFU/g,T/CPMA 006比GB 4789.9的最低检出浓度低2个数量级。当样品中空肠弯曲菌终浓度为103和104CFU/g时,GB 4789.9的检出率分别为10%(1/10)和20%(2/10),过滤培养法的检出率皆为100%(10/10)。结论 海鲜中也存在空肠弯曲菌的污染,此前国内未见报道。与GB 4789.9标准方法相比,T/CPMA 006标准可显著提高海鲜样品中空肠弯曲菌的检出率,并将最低检出浓度降低2个数量级。 刘楚云 马艳萍 段永翔 张茂俊 何娇明 鞠长燕关键词:空肠弯曲菌 海鲜 基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱 荧光聚合酶链反应