林昊
- 作品数：45 被引量：67H指数：4
- 供职机构：电子科技大学更多>>
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- 相关领域：生物学自动化与计算机技术医药卫生文化科学更多>>
- λ噬菌体溶源/裂解转换调控与定态熵
- 2012年
- 被λ噬菌体感染的大肠杆菌是研究生物基因调控网络的重要模板之一.根据该调控系统操纵子与调控蛋白相互作用特点,利用热力学配分函数描述调控蛋白与操纵子的结合概率,在给出该调控系统的动力学分岔的基础上,计算系统各定态的热力学熵.结果显示,溶源态和裂解态较鞍点和分岔点具有更低的熵值,且溶源态的熵最低,说明处于溶源态的系统具有更高的生物序.
- 冯维丁辉林昊罗辽复
- 关键词：Λ噬菌体分岔
- 神经网络模型训练方法、装置、电子设备及存储介质
- 本公开提供了一种神经网络模型训练方法、装置、电子设备及存储介质，涉及生物信息技术领域。具体为：获取数据集，该数据集中的数据为包含Kcr位点的蛋白质序列数据；根据数据集基于初始模型，得到具有识别蛋白质序列中的Kcr位点的功...
- 邓科君林昊张洪旗吕昊丁辉
- 基于二次判别的果蝇启动子识别被引量：14
- 2006年
- 通过对果蝇polⅡ启动子和非启动子的序列特征分析,计算了序列每个位点单碱基保守性M1(l)值和六联体保守性M6(l)值。从而分别选取两个区域的六联体频数作为离散源参数,利用离散增量结合二次判别函数(IDQD)对启动子进行了预测。对于从编码区和内含子中选取的非启动子数据集,启动子的预测成功率分别达到93%和89%。比较结果显示IDQD模型能够有效地提高启动子预测成功率。
- 林昊李前忠
- 关键词：POL
- 模式生物的外显子、内含子和基因间序列的识别(英文)
- 2005年
- 基于核酸序列在剪切位点上保守性、组分的不同和编码序列阅读框架的3周期性,模式生物全基因组序列分为外显子、内含子和基因间序列三类.三个标准离散源分别由64个三联体在整条序列上的概率和4个碱基序列首尾(剪切位点附近)共30个位点上的概率共同构成.某条序列的类型就由该序列的离散量同相应区间上三个标准离散量的离散增量确定.结果表明:具有184个信号参数的离散量预测比只有64个三联体参数的结果要高出5%,总体预测成功率:线虫为87.37%,拟南芥为91.08%,果蝇为92.28%,原核生物大肠杆菌的二种序列预测率为92.88%,酵母菌为94.88%.
- 陈翠霞李前忠林昊
- 关键词：外显子内含子基因间序列剪切位点
- 基于疾病演变分子轨迹发现中药作用靶标及先导化合物思路探讨
- 2024年
- 探索中药作用靶标(群)是推动中药创新发展的重要命题,但囿于“是否与疗效相关、与疾病相关”而备受关注。项目组前期通过临床研究发现,糖尿病发生发展中的代谢组特征分子,与玉泉丸疗效应答显著相关。以此为线索,拟拓展糖尿病发生发展的多组学特征信息,发现玉泉丸降糖关键作用靶标(群)及其先导化合物。包括:(1)从临床切入,运用融入生成式人工智能的组学技术,挖掘蛋白质组、微生物组特征信息,连同代谢组特征分子整合形成驱动因素,刻画糖尿病演变分子轨迹及其经玉泉丸治疗后的转归;(2)以演变分子轨迹为纽带与指针,运用拟人源化模型和化学蛋白质组等分子生物学技术,发现玉泉丸降糖关键作用靶标(群),配以前瞻性临床样本验证;(3)利用图神经网络技术建立关键作用靶标(群)整体评判方法,探寻临床病证明确、作用机制清晰的药源性/内源性先导化合物,为关联临床疗效的中药复杂活性成分作用靶标(群)与创新药物的发现提供新范式、新技术。
- 张瑜龙江兰王爱婷吕昊邓科君林昊鄢丹
- 关键词：先导化合物玉泉丸
- 酵母转录因子结合位点的理论预测
- 通过对五种实验验证的酵母转录因子结合位点序列的单碱基保守性的统计分析,以单碱基位点保守性为参数(图1),提出了预测转录因子结合位点的位置权重矩阵打分函数算法。为了尽可能的减少预测出来的假阳性(FP)结合位点序列,将已知的...
- 杨科利李前忠林昊
- 关键词：结合位点位置权重矩阵
- 大肠杆菌sigma70启动子预测
- 通过对683条大肠杆菌sigma70启动子的位点六联体保守性分析(图1),以12个位点的六联体频数作为离散源参数,利用离散增量对启动子进行了预测。为衡量离散增量算法的预测能力,将683条启动子序列随机分成两个集合:训练集...
- 林昊李前忠
- 关键词：启动子序列启动子预测大肠杆菌
- 新洋葱伯克霍尔德氏菌AU-1054菌株的三条染色体上必需基因的异常分布
- 绝大部分细菌基因组只包含一条染色体，极少数细菌包含两条甚至三条染色体。Burkholderia是一类格蓝氏阴性的，无孢予的beta变形菌，包括40多个菌种。在Burkholderia菌属中，Bcc由至少9种遗传差异很大但...
- 郭锋彪宁绿文黄健林昊张会雄
- 关键词：染色体必需基因基因异常
- 大肠杆菌E．coli K-12转录因子结合位点的理论预测
- 2007年
- 基于实验验证的22种大肠杆菌K12的转录因子结合位点序列,分析了转录因子结合位点每一位置的碱基保守性,提出了预测转录因子结合位点的位置权重矩阵打分函数算法(PWMSA)。利用self-consistency和cross-validation两种检验方法对此算法进行检验,self-consistency检验总的预测成功率达到87.59%,cross-validation检验成功率达到85.48%。对基因间序列进行搜索,获得了多个可能的转录因子结合位点。
- 杨科利李前忠林昊
- 基于多样性指标的分枝杆菌蛋白质亚细胞定位预测
- 2009年
- 由于蛋白质亚细胞位置与其一级序列存在很强的相关性,利用多样性增量来描述蛋白质之间氨基酸组分和二肽组分的相似程度,采用修正的马氏判别式(这里称为IDQD方法)对分枝杆菌蛋白质的亚细胞位置进行了预测。利用Jackknife检验对不同序列相似度下的蛋白质数据集进行了预测研究,结果显示,当数据集的序列相似度小于等于70%时,算法的预测精度稳定在75%左右。在对整体852条蛋白质的预测成功率达到87.7%,这一结果优于已有算法的预测精度,说明IDQD是一种有效的分枝杆菌蛋白质亚细胞预测方法。
- 林昊
- 关键词：分枝杆菌氨基酸二肽
