朱晶
- 作品数：17 被引量：17H指数：3
- 供职机构：电子科技大学更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金黑龙江省自然科学基金国家重点基础研究发展计划更多>>
- 相关领域：医药卫生生物学自动化与计算机技术文化科学更多>>
- 利用癌功能类从癌基因组突变谱中识别癌基因
- 2008年
- 从大规模癌样本基因突变扫查数据中识别癌基因具有重要的意义.一些重要功能的改变对于癌的发生发展是必需的,因此将它们定义为癌功能类,并从GO(Gene Ontology)中选择一组显著富集已知癌基因的细致功能类来代表它们.为了评价以癌相关功能类作为特征识别癌基因的效果,将已知的蛋白激酶癌基因定义为阳性金标准,而将其他的蛋白激酶基因定义为阴性金标准.结果表明,与利用选择压力作为特征的方法比较,利用癌相关功能类作为特征的方法可以更有效地识别癌基因.进一步结合癌相关功能类与基因非同义突变个数可以产生更可靠的预测结果.最后,将46个注释到癌相关功能类并且其非同义突变个数至少为3的蛋白激酶基因预测为癌基因,预测精确率达到0.42.
- 李彦辉郭政彭春芳刘庆马文财王靖姚晨张敏朱晶
- 关键词：突变谱癌基因GENEONTOLOGY蛋白质功能
- 基于基因功能模块解析癌基因及其功能协同
- 在生物系统中,基因编码的蛋白质通过相互作用以模块化的方式执行功能。基于基因功能模块研究癌基因以及癌机制,使我们能够从一个更全局、系统的角度解析癌基因及其功能协同关系,进而探索癌症发生与发展的复杂机制。
本文主要...
- 朱晶
- 关键词：癌基因保守性基因表达
- 文献传递网络资源链接
- 基于共进化基因功能模块发现候选癌基因被引量：1
- 2010年
- 癌基因组的体细胞突变扫查数据为研究人员发现新的癌基因提供了大量的信息。已有的通过基因突变频率寻找候选癌基因的方法倾向于发现突变频率较高的癌基因,但是部分低频率突变的基因也可能在癌症发生过程中发挥重要作用。具有相似系统发生谱并且具有蛋白互作关系的基因可能具有相似的功能,它们的损伤可能会导致相同或相似的疾病表型。基于这一假设,文章提出了一种发现候选癌基因的新方法。首先,寻找具有相似系统发生谱的蛋白质互作子网,定义为共进化基因模块;然后,在癌基因组中发生至少一次非同义体细胞突变的基因中,筛选出与已知癌基因在同一共进化模块并具有直接相互作用的基因,预测为候选癌基因。据此,文章共预测了15个候选癌基因,其中只有2个基因在以往的工作中通过基于高突变频率的方法被识别为癌基因。因此,该方法可以有效地发现突变频率低的候选癌基因。
- 朱晶沈晓沛肖会张杨王靖郭政
- 关键词：功能模块
- 利用亚细胞位置特异的基因功能模块与表达调控网络识别疾病特征基因被引量：3
- 2006年
- 利用GeneOntology中的生物过程(biologicalprocess)及细胞组分(cellularcomponent)两种分类体系,选择显著聚集差异表达基因的复合功能模块,识别其中能够有效分类疾病样本的特征功能模块,以特征功能模块中的差异表达基因作为特征并分析它们与疾病的相关性.对前列腺癌、胃癌和白血病数据的分析结果表明,基于特征功能模块的特征基因选择方法可以识别与疾病高度相关的功能一致的特征基因.进一步的分析显示,根据特征功能模块和基因表达调控信息构建基因表达调控网络,可以从中挖掘可能的疾病关键特征基因,并提示对复杂疾病同时应答的多功能模块间协同作用关系机理研究的重要线索.同时,本研究结合基因功能分类的疾病特征基因选择方法提示了一种高准确度的疾病分类方法,分类结果有明确的生物学意义,对复杂疾病的分子病理学研究亦有重要的意义.
- 张敏朱晶郭政李霞杨达王磊饶绍奇
- 关键词：基因表达谱特征基因基因调控网络
- 可识别多种癌症的基因功能模块被引量：2
- 2009年
- 在应用基因芯片技术研究包括癌症在内的多因素疾病时,筛选差异表达基因是最重要的问题之一.然而,目前基因芯片研究的样本量较小,不能完全反映在癌症中广泛的基因表达改变的特点,导致基于统计学方法筛选的差异表达基因在不同的研究中的重复性很低.本文通过分析7套癌症数据,发现每种癌症中都有大范围的功能模块发生了基因表达的改变,因此这些模块有很强的疾病识别能力.其中7个功能模块能够有效识别多种癌症的疾病样本,提示在不同癌症的发生与发展过程中存在着共同的基因表达改变机制.因此,功能模块可以作为疾病的功能性的标记来取代在基因芯片应用中难以重复发现的单个基因,用于研究癌症的核心机制和建立更稳定的诊断分类器.
- 姚晨张敏邹金凤李红东王栋朱晶郭政
- 关键词：差异表达基因功能模块癌症
- 根据在癌突变谱中的共突变基因对识别癌基因
- 2011年
- 癌是一种涉及多基因变异的遗传异质性疾病,涉及多种生物学功能通路中不同基因的遗传变异。因此,识别癌基因是一项富有挑战性的工作。提出通过寻找在癌样本中突变显著共发生的基因筛选候选癌基因的方法。应用该方法,通过分析蛋白激酶基因在癌组织中的突变谱数据,发现了167个显著共发生突变的基因对,包含85个基因。分析这167个基因对发现:(1)发生共突变的基因富集已知的癌基因;(2)共突变基因对倾向于共扰动与癌症相关的通路对。以上结果提示,在癌样本中显著共发生突变的基因倾向于候选癌基因;在癌发生过程中起重要作用的基因倾向于协同扰动不同的癌相关细胞生物学过程。
- 张杨沈晓沛王靖朱晶郭政
- 关键词：癌基因突变谱基因功能
- 基于基因功能模块挖掘前列腺癌相关的基因表达调控网络
- 从模块角度分析前列腺癌基因表达谱数据,将模块信息用于疾病样本分类可以得到高准确度的分类结果.本文提出了基于基因功能模块挖掘基因表达调控网络的方法,按Gene Ontology(GO)基因功能分类体系,将基因模块化地组织到...
- 张敏朱晶郭政王磊杨达
- 关键词：基因表达谱特征基因前列腺癌
- 文献传递
- Oligo基因芯片的异常值处理对有监督疾病分类的影响
- 2008年
- 基因芯片实验产生的表达谱数据中存在大量不合格的检测点,对异常值的不同处理,对于有监督疾病分类结果的影响很大。针对此问题,在Oligo芯片数据中,在表达水平层面,通常对检测值做最大值和最小值的预处理后,进行后续分析。本研究选取了四套Oligo芯片数据集,采用不同限定芯片数据中最大值和最小值的方法,考察支持向量机、K近邻、决策树三种分类器对分类疾病样本效能的影响程度。结果显示:Dudoit等限定最大值和最小值分别为16000和100是一种合理的策略,可以达到很好的分类效果。同时发现对于小于100的检测值较多的数据集,采用限定最小值为10的策略同样能得到很好的分类效果,并可以为后续分析保留更多的原始数据。因此,合理限制Oligo芯片中的异常值,对于提高疾病分型是一种较好的策略。进一步采用功能表达谱方法,构造反映功能结点中全部注释基因的总体表达状态的均值或中值指标,利用构建的功能表达谱进行分类分析。发现不同异常值的限定方法对基于功能表达谱进行分类得到的准确率的影响较小,可以获得较稳定的分类结果。
- 吕莹丽王栋郭政于梁梁李彦辉朱晶王晨光
- 关键词：基因表达谱
- 癌相关通路在肺腺癌中的共扰动机制
- 2010年
- 肺腺癌的发生涉及多个生物学功能通路的扰动,其遗传改变频繁地发生于MAPK信号、p53信号、Wnt信号、细胞周期和mTOR等通路的基因中。解析癌相关通路间的共扰动机制对我们理解癌机制以及寻找诊断标记具有重要意义。因此,本文基于肺腺癌突变谱数据,研究上述癌相关通路在肺腺癌中的共扰动机制。结果发现:在肺腺癌发生的过程中,MAPK信号、p53信号、Wnt信号、细胞周期和mTOR等通路同时被扰动。在不同的癌样本中,一对通路可能通过以下三种方式被共同扰动:(1)在两条通路中的不同基因间的共突变;(2)两条通路相互交叠基因的突变;(3)与两条通路同时具有频繁的互作关系的蛋白质的编码基因的突变。该结果提示,癌相关通路对在不同的样本中可能通过不同的方式被共扰动,这也可能是造成癌症异质性的重要原因之一。
- 朱晶沈晓沛肖会张杨王靖郭政
- 关键词：肺腺癌基因突变信号通路
- 采用基于Gene Ontology的聚类方法研究白血病的遗传异质性被引量：3
- 2008年
- 采用基因表达谱可以研究基因功能模块与疾病异质性之间的关系。根据两套白血病基因表达谱数据,将富集高变异基因的Gene Ontology基因功能模块作为特征功能模块,将疾病样本聚为两类。通过对比原始多类标签,采用聚类评估指标来分析两类化聚类结果的效果,并探讨特征功能模块与疾病异质性之间的关系。实验结果显示:在两套不同的白血病基因表达谱数据中得到的特征功能模块类似,它们对白血病亚型有较强的分型能力。
- 肖国华李永进郭政彭春方王栋朱晶杨达姚晨王靖
- 关键词：基因表达谱GENEONTOLOGY遗传异质性
