张昆林
- 作品数：4 被引量：37H指数：3
- 供职机构：昆明理工大学生命科学与技术学院更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金国家重点基础研究发展计划更多>>
- 相关领域：生物学轻工技术与工程农业科学更多>>
- 酵母基因上游与内含子可能存在的转录协同作用被引量：12
- 2005年
- 前期研究表明,酵母高转录基因内含子与低转录基因内含子的序列结构有较大差异,高转录基因内含子中存在一些潜在的正调控位点,而且这些内含子非常靠近基因上游区,有的内含子甚至位于5'-UTR区. 这些结果提示,高转录基因内含子可能参与转录调控,并可能与上游转录调控有协同作用. 为探索内含子与上游区的协同作用,将基因上游序列(翻译起始点上游800 bp或两个相邻基因之间部分)取出,仍使用寡核苷酸频率比较方法,抽提出高转录基因上游区可能的转录正调控元件,这些元件与实验所得结果吻合得较好. 然后定义“寡核苷酸对”,其中一个位于上游区,另一个位于内含子,对“最近距离”在一定范围内(84 bp)的寡核苷酸对进行分析,抽提出匹配基因数显著高于随机匹配数的寡核苷酸对(主要是四核苷酸对和五核苷酸对),分析这些寡核苷酸对的相互作用模式(位置分布及可能的作用因子,如RAP1,ABF1和TAF等),获得了酵母基因上游与内含子之间可能存在的一些转录协同作用模式. 这些结果有助于对基因转录调控机制的认识.
- 张昆林张静罗静初
- 关键词：基因上游内含子酵母基因
- 香蕉MADS-Box基因家族的生物信息学分析被引量：10
- 2013年
- MADS-box基因家族是具有多种生物功能的转录因子,广泛参与植物的生长发育过程以及逆境应答。为了探索MADS-box基因家族在香蕉果实发育到后熟衰老过程中的功能,本文对71个香蕉MADS-box基因家族基因结构、蛋白的基本理化性质、二级结构预测、亚细胞定位、保守基序等方面进行初步生物信息学分析,结果显示:13个香蕉MADS-box基因没有内含子,5个有较长的上游序列;71个香蕉MADS-box蛋白中有52个偏碱性或者强碱性,8个显中性,11个偏酸性;除5个以无规则卷曲为主要构成元件外,香蕉MADS-box蛋白主要以α-螺旋为主要构成元件;大多数MADS-box蛋白定位于细胞核和线粒体基质,少许分布在其他细胞器;基序1(MADS domain)是该家族的保守基序;此外,进化分析发现,香蕉MADS-box基因家族基因主要是II型,I型仅有6个。另外,现有香蕉MADS-box基因家族中,只有37个可查EST序列。
- 张远森秦晓萌严金平张昆林杨恩
- 关键词：香蕉生物信息学
- 乳酸菌胞外多糖生理功能及合成途径的研究进展被引量：15
- 2015年
- 乳酸菌(Lactic acid bacteria,LAB)是一类重要的益生微生物,同时也是一类重要的工业发酵菌,在食品发酵生产上应用广泛,它的代谢产物也受到极大关注。本文总结了乳酸菌代谢合成的胞外多糖(Exopolysaccharide,EPS)的主要生理生化功能以及胞外多糖合成的四个主要过程,以期为乳酸菌EPS的应用、产量提高及结构改造提供指导。
- 秦晓萌张远森柳陈坚张昆林杨恩
- 关键词：乳酸菌胞外多糖生理功能代谢途径
- 拟南芥基因组转录因子结合模体搜索的新方法
- 众所周知，基因转录调控在真核细胞中起着至关重要的作用。通过调节基因的表达，丰富多彩的生物学功能得以实现。转录调控功能的实现，主要依赖于转录因子(TranscriptionFactors，TFs)和转录因子结合位点(Tra...
- 张昆林
- 关键词：转录因子结合位点拟南芥全基因组
