汤海旭
- 作品数：16 被引量：24H指数：3
- 供职机构：加利福尼亚大学更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金国家高技术研究发展计划中国科学院知识创新工程更多>>
- 相关领域：生物学医药卫生更多>>
- 用于蛋白质分子设计的三维模体搜索被引量：3
- 1997年
- 三维结构模体，常是蛋白质中离散残基片断组成的功能性子结构，传统的序列依赖结构比较方法无法对其搜索。本文采用序列无关的结构比较算法，实现了搜索程序。经多例测试，证明本程序是快速和良好的识别三维结构模式的工具。
- 陈洁汤海旭丁达夫
- 关键词：蛋白分子设计
- 蛋白质柔性复合物的结构预测
- 1998年
- 将自洽系综最优化方法（ＳＣＥＯ）推广到主链可变的分子体系，并以此来实现蛋白质复合物结合界面的柔性优化。据此，提出了一种模拟蛋白质“诱导契合”过程的计算方法，来实现蛋白质柔性复合物的结构预测。经过三个蛋白质柔性复合物结构预测的检验，表明这种方法是可行的。
- 汤海旭陈洁丁达夫
- 关键词：蛋白质复合物
- 一种快速和优质的蛋白质结构刚体叠加方法被引量：1
- 1995年
- 统计了１１０族同源蛋白质的多重结构联配结果，得到了局部环境依赖的氨基酸相似分数表。按此表可实施快速和优质的蛋白质结构刚性叠加，用于蛋白质工程。跟目前最好的遗传算法比较，此法可达到相同的品质（尽可能多的拓扑等价残基对和尽可能小的均方根距离），但ＣＰＵ时间降了１个到２个数量级，对大蛋白更为明显。
- 张保红丁达夫汤海旭
- 关键词：蛋白
- 蛋白质折叠的物理基础:热力学的还是动力学的
- 1995年
- 生物组织具有数千种蛋白。它们负责催化和调节生化反应,输运分子,加工视觉信息,利用光合作用的光能,充当激素的受体和免疫系统的抗体;它们又是皮肤、头发和腱的结构基础。蛋白质仅有20种 L 型的氨基酸组成,怎么会具有如此繁多的功能呢?现在知道,这是由它们的多肽链折叠成特定三维结构来实现的。
- 丁达夫汤海旭张保红
- 关键词：蛋白质折叠分子伴侣热力学动力学
- 基于结构比较的蛋白质模建系统及其评估被引量：6
- 1995年
- 对蛋白质三维结构的同源模建的所有关键模块作了详细研究后，现已整合成蛋白质结构模建的软件系统ＰＭＯＤＥＬＬＩＮＧ。它分主链模建和侧链安装两部分，共七个模块组成。经１１族同源蛋白的模建实验的回顾性检表明，与目前流行的商品软件相比，具有操作自动化，模建精度高和运行时间少的优点。文中还对蝮蛇蛇毒磷酯酶，细胞因子受体ＣＤ４０的配体ｇｐ３９，小鼠巨细胞蛋白酶和人白介素１３等至今未知结构的蛋白作了预测性模建。
- 丁达夫汤海旭张保红
- 关键词：蛋白
- 用自洽系综最优法预测溶剂化蛋白质突变体的结构被引量：3
- 1998年
- ＣｈｒｉｓｔｏｐｈｅＬｅｅ等发展的自洽系综最优化方法（ｓｅｌｆ－ｃｏｎｓｉｓｔｅｎｔｅｎｓｅｍｂｌｅｏｐｔｉｍｉｚａｔｉｏｎ，ＳＣＥＯ），在预测核内残基突变体的结构中取得了很好的效果。我们在Ｌｅｅ的基础上发展了该方法，且在自洽最优化过程中，引入水的溶剂化效应，使自洽最优化方法能更好用于表面残基突变体结构的预测。９个表面残基突变体的结构预测表明这个新方法是有效的。
- 叶玉珍汤海旭丁达夫
- 关键词：突变体
- 蛋白质序列与EST序列的反翻译联配
- 2000年
- 随着大规模测序技术的进步 ,收录到数据库中的序列增长很快 ,其中大多是未知功能的ESTs(表达序列标签 ,ExpressedSequenceTags)。一般通过蛋白质 -EST序列联配来实现EST的功能提示。由于EST含有5 %左右的测序误差 ,特别严重的是其中的移框误差 ,用通常的方法将EST按6个阅框翻译为蛋白质序列再进行联配难以处理移框误差问题。通过考虑EST序列各种可能的测序误差 ,将氨基酸序列反翻译为核苷酸序列 ,在核酸水平直接进行序列联配 ,用以实现蛋白质与EST序列的精确匹配 ,并对EST序列的移框误差进行识别与校正。
- 张文张少洁汤海旭丁达夫
- 基于结构比较的蛋白质同源模建系统及其评估Ⅱ侧链的安装被引量：2
- 1996年
- 至今，有关蛋白质侧链的同源模建，除了在本体模板上安装侧链和少数限制条件下在同源模板上安装侧链的报道外，系统的研究和实施似乎还未见报道。本软件系统ＰＭＯＤＥＬＩＮＧ采用同源移植和“死端排除“相结合的侧链安装策略，对与模板蛋白相应践基具有相似大小和形状的目标残基采用直接移植的方法。其余铡链则用广义“死端排除定则”安装。经众多蛋白的测试，达到了较好的模建品质。
- 汤海旭丁达夫
- 关键词：蛋白同源模建
- 用于蛋白质同源模建及三维结构预测的结构比较方法被引量：5
- 1995年
- 继前面的工作把测试蛋白从三族扩大到十一族，寻求联配参数的普适“缺省值”；比较不同的主链曲率和挠率的计算方法，进一步确认主链的折线线分几何刻划方法的有效性；寻找有效的可变缺失突变惩罚函数的形式。结果表明，编制的蛋白质多重联配软件系统是满意的，可用于蛋白质三维结构预测。
- 汤海旭丁达夫
- 关键词：同源模建蛋白
- 药效假说在配体从头设计中的适用性探讨
- 1999年
- 在基于靶蛋白结构的多肽分子设计中，药效假说是从头设计方法的基本前提。虽然该假说是否成立已有不少议论，但尚未见到系统分析的报道。通过对８ 个蛋白质复合物界面做了氨基酸模拟图谱，并从模拟图谱的结构偏差与能量分量的关系，对药效假说的适用条件进行了讨论。同时也给出一个ＨＩＶ－ １ 蛋白酶及抑制剂复合物的功能图谱。从所得结果来看，药效假说在以氨基酸为药效基团时，尽管不少情况下仍然有效，但不是普遍成立的。
- 张文汤海旭丁达夫
