蒋爽
- 作品数：5 被引量：34H指数：3
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- 不同砂梨果实中糖酸含量及代谢相关基因表达分析
- 目的：探讨糖酸含量对梨果实口感的影响,并找出砂梨果实发育过程中可能的糖酸代谢关键基因.
方法：使用高效液相色谱仪对4个不同类型的砂梨果实中主要糖酸含量进行分析,从梨基因组注释数据中检索并分离获得糖酸代谢密切相关...
- 蒋爽岳晓燕滕元文王晓庆施春晖徐芳杰张学英白松龄骆军
- 关键词：糖含量酸含量
- 基于基因组重测序数据高效筛选梨SSR标记多态性引物被引量：7
- 2019年
- 【目的】基于重测序数据开发一种快速筛选样品间SSR标记多态性的方法。【方法】通过基因组重测序技术对2个砂梨品种'早生新水’和'秋水’、1个西洋梨栽培品种'早红考密斯’以及3个梨属野生种豆梨、川梨和杜梨进行重测序,对已报道的446对梨SSR引物和新开发16对引物进行多态性测试,使用Magicblast匹配测序产生的Reads到上述SSR位点序列,获得SSR两侧保守序列之间的长度,筛选出多态性的引物。使用荧光PCR对部分筛选出的多态性引物进行验证。【结果】单个SSR位点在不同样品间获得匹配的平均Reads数能够超过16条,每个样品均获得了220个以上位点的信息,380对引物在不同样品间能够获得多态性的片段。精确分析了梨LG3早熟候选区域29个SSR位点在'早生新水’和'秋水’中的扩增情况,共鉴定出9个多态性表现好的位点。荧光PCR验证结果显示,通过预备筛选的引物表现出良好的多态性。【结论】本研究的方法一次能够筛选多对SSR引物,在常规PCR前可以预先获得不同引物的多态性信息,从而提高引物筛选效率。本方法不仅能应用于梨重测序数据快速筛选SSR引物,对其他动植物上的类似研究同样适用。
- 蒋爽骆军王晓庆施春晖
- 关键词：SSR标记多态性
- 枇杷全基因组SSR标记开发及其多态性研究被引量：10
- 2021年
- 搜索枇杷全基因组范围内的SSR位点,分析其分布特点,同时使用10个枇杷品种的重测序数据对这些位点的基因型进行分析。结果显示共获得103509个SSR位点,二核苷酸重复类型有73604个,占71.1%,以AT/TA为主。三核苷酸重复类型占15.0%,以AAG/CTT为主。对10个枇杷样本进行重测序,分别获得32~206 Mb的reads,测序深度为12.9×~81.3×。本研究中新开发2个脚本程序(Flank和SSRtype),对重测序数据Reads中包含的SSR位点长度进行了分析,确定基因型。‘早钟6号’的测序深度达到12.9×,能够覆盖80%的SSR位点,说明12×以上的测序深度能够满足SSR位点的分析。枇杷中大量SSR位点为多拷贝(占78.4%),为单个品种单个位点产生3条以上的条带,而在所有品种中呈现两拷贝的SSR位点有12 962个(占12.5%),这些位点产生的多态性条带分别为2~10条不等,多态性信息含量的中位数为0.269,大于0.5的位点有526个。从中挑选20对引物进行荧光PCR,结果显示这些引物的多态性与重测序分析结果一致。
- 蒋爽张学英安海山徐芳杰章加应
- 关键词：枇杷SSR标记全基因组多态性
- 翠冠梨大果芽变果实组织切片、激素变化及转录组分析被引量：1
- 2022年
- 【目的】芽变材料是果树育种中的重要资源。前期发现1个翠冠梨的大果芽突变体,果实明显大于普通翠冠,对其变异来源和分子机制进行探究。【方法】通过石蜡切片、内源激素测定以及转录组测序解析大果芽变机制。【结果】石蜡切片结果显示,大翠冠果肉细胞横切面积大于翠冠,说明大翠冠的细胞体积增大。大翠冠中反式玉米素和赤霉素A3的含量分别在开花后10和20 d高于翠冠。花后40 d内分5个时间点取样,利用RNA-seq高通量测序评估幼果发育期间的基因表达水平,共鉴定出2015个差异表达基因,其中302个基因在2个以上时间点发生差异表达。在花后0和10 d时,一些植物激素信号转导相关基因发生差异表达。在大翠冠中3个细胞分裂素相关基因(AHP1、ORR10和ARR17)花后10 d上调表达,在大翠冠中赤霉素负调控相关基因GA3ox1和GA2ox1分别在花后0和10 d下调表达。在大翠冠中发现1个长链非编码lncRNA在所有时间点均下调表达。在大翠冠中晚期胚胎富集蛋白基因D29、锌指蛋白基因dof2.1和伸展蛋白基因extensin等在一些时间点发生表达上调,表明这些基因可能在控制果实细胞大小中起重要作用。【结论】该研究结果从生理生化和分子水平揭示了翠冠梨大果芽变可能的变异原因,细胞分裂素和赤霉素可能参与调控果实的大小,转录组分析为解析翠冠梨大果芽变的分子机制奠定了基础。
- 蒋爽骆军王晓庆李水根周博强
- 关键词：翠冠梨芽变果实大小
- 不同砂梨果实中糖酸含量及代谢相关基因表达分析被引量：16
- 2016年
- 【目的】探讨糖酸含量对梨果实口感的影响,并找出砂梨果实发育过程中可能的糖酸代谢关键基因。【方法】使用高效液相色谱仪对4个不同类型的砂梨果实中主要糖酸含量进行分析,从梨基因组注释数据中检索并分离获得糖酸代谢密切相关的基因家族,并使用‘雪青’梨转录组数据对这些基因家族在果实不同发育时期进行表达分析。【结果】‘翠冠’梨中糖含量高,‘1-8-34’梨酸含量高。口感偏酸的‘新酥’梨和‘1-8-34’果实中的总糖含量与口感偏甜的‘金二十世纪’梨差异不显著。研究共分离获得糖酸代谢密切相关的10个基因家族共44成员,其中23个成员在不同果实发育时期发生表达。2个蔗糖磷酸合成酶(SPS1和SPS2)、1个磷酸烯醇式丙酮酸羧化酶(PEPC3)和2个苹果酸脱氢酶(MDH3和MDH4)在梨果实成熟期均表现出较高表达量。【结论】梨果实口感酸的主要原因是果肉中酸含量高。SPS1,SPS2,PEPC3,MDH3和MDH4在梨果实糖酸合成中起关键作用。
- 蒋爽岳晓燕滕元文王晓庆施春晖徐芳杰张学英白松龄骆军
- 关键词：基因表达分析
