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李振军
作品数:
1
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供职机构:
中国疾病预防控制中心传染病预防控制国家重点实验室
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发文基金:
国家自然科学基金
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相关领域:
医药卫生
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合作作者
任谦
第三军医大学军事预防医学院
崔步云
中国疾病预防控制中心传染病预防...
朱才众
第三军医大学军事预防医学院
马翔宇
第三军医大学军事预防医学院
熊鸿燕
第三军医大学军事预防医学院
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2009
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VP1蛋白结构特征预测及功能分析
2009年
目的本文基于生物信息学方法对EV71VP1(enterovirus type71viral protein1)蛋白进行系统结构与功能预测分析。方法应用GOR4(Garnier-Osguthorpe-Robson方法)、HNN(Hierarchical人工神经网络预测法)、PHD(多重比对人工神经网络比对预测结构法)、Predator(单序列分析人工神经网络预测结构法)、SOPMA(改进型自我优化预测结构法)等方法预测EV71VP1外壳蛋白的二级结构,SWISSMODEL服务器的同源建模方法构建EV71VP1的三级结构模型,并分析亲水性、柔韧性、抗原指数、表面可能性。结果预测结果表明EV71VP1的二级结构以无规卷曲为主,其次为β-片层和α-螺旋,无β-转角。同源建模获得与VP1具有42%的序列一致性的已知结构的编号为1bev的蛋白质,进行VP1的同源建模并得到良好的建模评估效果;预测了可能的EV71VP1抗原性区域。结论综合多种策略预测EV71VP1的二级结构和三级结构,为进一步研究开发相关药品以防治EV71感染提供理论基础。
朱才众
熊鸿燕
崔步云
李振军
任谦
马翔宇
关键词:
同源建模
生物信息学
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