王书 作品数:6 被引量:9 H指数:2 供职机构: 中国水产科学研究院 更多>> 发文基金: 中央级公益性科研院所基本科研业务费专项 国家高技术研究发展计划 中央级公益性科研院所基本科研业务费专项资金项目 更多>> 相关领域: 农业科学 生物学 更多>>
Rates and patterns of microsatellite mutations in common carp (Cyprinus carpio L.) 被引量:1 2010年 During genotyping 150 microsatellites in a F1 family of common carp, six mutations were found at five microsatellite loci. The overall mutation rate of common carp microsatellites was 2.53×10-4 per locus per generation. At five loci, mutations increased the length of alleles by at least one repeat unit, suggesting mutations at microsatellite loci in common carp do not follow strict stepwise mutation model. The data on mutation rates and patterns can facilitate population genetics studies, and provide useful parameters for estimating a long-term effective population size of common carp. 张研 鲁翠云 曹顶臣 徐鹏 王书 李恒德 赵紫霞 孙效文用于目标序列染色体定位的镜鲤BAC-FISH体系构建 被引量:1 2013年 为了构建用于镜鲤(Cyprinus carpio var.specularis)特定基因组序列染色体定位的实验体系,在细菌人工染色体(Bacterial Artificial Chromosome,BAC)文库筛选池中对已知短序列基因组片段进行PCR扩增,筛选出包含目标序列的BAC克隆,提取BAC质粒进行缺刻平移标记制备探针,开展荧光原位杂交(Fluorescencein situ hybridization,FISH)实验。通过对染色体片前处理、BAC质粒探针制备、C0t-1 DNA封闭基因组重复序列、预杂交、荧光染料选择、信号放大等一系列实验条件和方法的探索优化,成功实现了目标序列在镜鲤有丝分裂中期染色体上的定位。定位对象既包括在染色体上有单一位点的序列,如斑马鱼微卫星标记Z6884和Z4268,也包括在染色体上有多个位点的重复序列,如黄河鲤性别相关标记CCmf1。来自斑马鱼同一条染色体上的两个微卫星标记被分别定位于镜鲤不同染色体上,为鲤鱼染色体数目加倍的进化假设提供了一项直接实验证据,同时将现有遗传连锁图谱与染色体对应起来,可作为染色体识别和细胞遗传学图谱构建的依据。黄河鲤性别相关重复序列被定位于不少于四条染色体上,为性别决定相关基因的筛查提供了研究线索。这一BAC-FISH实验体系将成为鲤细胞遗传学图谱构建、基因组进化和比较基因组学研究中的重要研究工具。 邓海霞 赵紫霞 徐鹏 李艳 王书 孙效文关键词:镜鲤 细菌人工染色体 荧光原位杂交 染色体定位 镜鲤骨骼肌酵母双杂交cDNA文库的构建及鉴定 2012年 为了研究蛋白质之间的相互作用,利用Gateway技术构建了镜鲤(Cyprinus carpio Linnaeus)骨骼肌酵母双杂交cDNA文库。经检测表明,构建的初级cDNA文库的库容量为8×106CFU;酵母双杂交cDNA文库的库容量为6.64×106CFU,插入片段集中在1-2 kb之间,具有较好的多态性。随机挑取的24个克隆没有空载体,全部发生了重组。较高的库容量、较长的插入片段以及较高的重组率保证了文库的完整性和覆盖度。镜鲤骨骼肌酵母双杂交cDNA文库的构建为克隆全长目的基因及研究影响骨骼肌发育的信号传导通路奠定了基础。 王书 张研 蒋丽 赵紫霞 孙效文关键词:镜鲤 酵母双杂交 GATEWAY技术 CDNA文库 半滑舌鳎性逆转的遗传特性研究 被引量:4 2015年 半滑舌鳎雌雄个体生长差异悬殊,由于性逆转而造成的其群体中雌性比例过低大大制约了养殖效率。性逆转是鱼类及两栖类生物性别决定事件中有趣的生物学问题,其发生的遗传机制鲜有研究。在该研究中,分别利用雄鱼和伪雄鱼组建10个半同胞家系,对这10个半同胞家系中的子代雌雄比进行研究,结果发现,2个伪雄鱼的家系,其后代个体中遗传雌性鱼全部逆转为生理雄鱼;在另外8个雄鱼家系中其性逆转比呈连续分布,表现为典型的数量性状特征;半滑舌鳎性逆转的遗传力较低,仅为0.058。以上结果表明,伪雄鱼作为父本的遗传可能为完全的父本效应遗传,性逆转由于其较低的遗传力不适合于做家系选育而适合于做家系内的选育或结合分子标记的遗传评估,以提高雌性比的遗传进展,半滑舌鳎逆转比的数量遗传特征说明其性别决定是多基因作用的结果。 宋超 蒋丽 王景伟 李晓芳 李耕 张晓慧 王书 刘哲 李恒德关键词:半滑舌鳎 性别决定 性逆转 鲤鱼(Cyprinuscarpio)外异蛋白A受体Edar基因的克隆及表达定位 被引量:2 2013年 外异蛋白A受体(Ectodysplasin-A receptor,Edar)基因最早是在哺乳动物中发现的,其在皮肤附属物的发育中具有重要的生物学功能。利用Genfishing差异筛选技术对建鲤和镜鲤的皮肤转录表达产物进行筛选,得到Edar基因的部分片段。通过克隆镜鲤mRNA全长发现,镜鲤该基因全长CDS为1 389 bp,编码一个含有462个氨基酸的蛋白质,包含一个信号肽位点、肿瘤坏死因子受体结合位点序列、跨膜区和死亡结构域。序列比对结果表明,镜鲤Edar蛋白与斑马鱼相似度最高,达88.31%,而与其亲缘关系较远的爪蟾,鸡,人类,小鼠相似度较低,分别是64.88%,63.79%,64.36%,63.50%。对5'-UTR和3'-UTR区进行分析表明,镜鲤与斑马鱼、青鳉5'-UTR的相似度只有23.78%,24.73%,而与非洲爪蟾、鸡、人和老鼠的相似度更低,仅为11.73%、18%、6.50%、10.04%;3'-UTR与青鳉的相似度为35.49%,与非洲爪蟾、人和小鼠的相似度分别为9.42%、8.05%、9.37%。整体原位杂交结果表明,该基因在建鲤和镜鲤鳞片发生时在鳞片着生的皮肤基质中特异表达,而在非鳞片发生区域表达较弱或者不表达,到所有鳞片发育形成后,该基因的表达消失,表明该基因可能参与鲤鱼鳞片的起始发育而不是后期的鳞片模式维持过程。 蒋丽 王阳阳 程安达 张保勇 马龙 王书 刘永新 孙效文关键词:RACE 整体原位杂交 鲤鱼(Cyprinuscarpio,Cyprinidae)ants基因及其对鳞片发育的影响 被引量:1 2013年 ants(adenine nucleotide translocators),又称为ATP/ADP载体,利用Genefishing差异筛选技术对普通鲤鱼和德国镜鲤的皮肤转录产物进行筛选,得到了其中一个ant基因的部分片段,利用RT-PCR技术对皮肤中的ants基因进行钓取,得到6种不同的CDS序列。利用CLUSTALW对这6条翻译后的序列进行比对,发现这6条序列编码4种不同的氨基酸序列,表明ants基因至少有6种不同的转录产物(isoforms),但是在蛋白质水平上可能存在4种不同的翻译产物。利用NCBI上的blast对氨基酸序列进行同源性检索发现这4个蛋白产物与斑马鱼ant2最为相似,其相似度分别达到97%,97%,96%,98%。对处于不同分类地位的物种的ants基因与鲤鱼的4个ants表达产物进行进化树分析发现,这4个蛋白产物在93/100再现性水平上明显聚类为ant2,说明皮肤中表达的这些ants基因很可能是ant2。原位杂交结果显示,ant2在受精后4.5 h和6 h不表达,从受精后10 h开始在外包处强烈特异表达,在受精后12 h的胚胎中很弱表达,在受精后24 h的体节中特异强烈表达,在受精后48 h胚胎无表达,但是在着生鳞片的部位特异强烈表达,而在皮肤的其他部位则表达较弱或者不表达。以上的结果表明,ant2基因可能是通过不同的转录产物在精细调控鳞片的发育。 程安达 蒋丽 张保勇 王书 张研 刘永新 方平 李恒德 孙效文关键词:ISOFORMS 原位杂交