陈利
- 作品数：3 被引量：1H指数：1
- 供职机构：东华大学化学化工与生物工程学院更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金上海市科学技术委员会资助项目更多>>
- 相关领域：生物学医药卫生更多>>
- 利用慢病毒介导的shRNA在GT1-7细胞中敲低Srsf1及其对GnRH、Kiss1的影响
- 2018年
- 目的:探讨慢病毒介导短发夹RNA(shRNA)敲低丝氨酸/精氨酸富集剪接因子1(Srsf1)基因对小鼠GT1-7细胞中性发育相关基因促性腺激素释放激素(GnRH)、Kiss1的影响。方法:实验分为3组,即空白对照组、阴性对照组及shRNA干扰组。用Srsf1 shRNA慢病毒稳转GT1-7细胞,Real-time PCR和Western blot检测GT1-7细胞中Srsf1在mRNA和蛋白水平的变化,并检测稳转株中GnRH、Kiss1基因的表达情况。结果:慢病毒介导的shRNA成功感染了GT1-7细胞,与空白对照组及阴性对照组相比,shRNA干扰组中Srsf1在mRNA水平降低了45%(P<0.001),在蛋白水平敲低了42%(P<0.05)。在稳定低表达Srsf1的GT1-7细胞中,GnRH、Kiss1基因在mRNA水平也显著降低(P<0.05)。结论:成功的构建了Srsf1基因敲低的细胞株。在GT1-7细胞中敲低Srsf1基因会抑制GnRH、Kiss1基因的表达。
- 陈利李雨李凯周宇荀肖君华
- Srsf1敲低对GT1-7细胞基因表达谱的影响被引量：1
- 2019年
- 目的:本研究通过RNA-seq技术分析Srsf1基因表达敲低的GT1-7细胞(knock down, KD)和野生型GT1-7细胞(wide type,WT)的表达谱和可变剪接事件,研究Srsf1敲低对GT1-7细胞基因表达谱的影响。方法:利用实验室现有的Srsf1基因表达敲低的GT1-7细胞(SRSF1-KD)和野生型GT1-7细胞分别抽提RNA,做RNA-seq数据分析,利用r MATS软件分析两株细胞内可变剪接事件的变化,确定Srsf1调控的下游关键基因。结果:结果显示共有875个基因表达存在显著性差异,对这些基因进行KEGG通路分析,发现γ-氨基丁酸能突触、PI3K-Akt信号通路、MAPK信号通路等与性发育相关的通路均受到影响。此外,P53通路也受到Srsf1敲低的影响。利用r MATS软件进行可变剪接事件分析,显示共发生839个可变剪接事件,涉及719个基因,进行KEGG通路分析发现与性发育相关的MAPK信号通路受到影响。结论:成功检测了GT1-7细胞和Srsf1基因敲低的GT1-7细胞表达谱,通过分析基因表达差异以及可变剪接事件,证明了Srsf1对于PI3K-Akt信号通路、MAPK信号通路、γ-氨基丁酸能突触信号通路、p53通路的调控作用,并且这些信号通路提示我们Srsf1可能更多的通过非可变剪接方式影响性发育相关基因的表达,而非可变剪接方式,从而为更深入的性发育研究提供了理论基础。
- 朱豆豆陈利徐园李凯周宇荀肖君华
- 关键词：转录组测序
- 利用外源RNA作为内参结合qPCR准确检测SF2蛋白RIP富集RNA的效率
- 2017年
- 利用实时荧光定量PCR技术(Real-time Quantitative polymerase chain reaction,q PCR)检测0.1%甲醛交联RNA免疫共沉淀(RNA Immunoprecipitation,RIP)富集SF2蛋白相互作用的RNA效率,为研究可变剪接因子SF2相互作用RNA的富集效率提供准确的质检方案。采用RIP技术获取He La细胞中SF2蛋白相互作用的RNA,等比例加入外源酿酒酵母(BY4741)RNA,并以其β-actin作为内参基因,利用q PCR检测RIP富集SF2蛋白相互作用RNA的效率。结果显示,0.1%甲醛交联RIP技术特异性捕获得到SF2蛋白-RNA复合物;q PCR技术检测阳性基因PABP、Srsf1在SF2抗体捕获的产物和Ig G抗体的产物中相应RNA的浓度差异均在60倍以上。利用q PCR技术,以外源酿酒酵母(BY4741)RNA作为内参,能快速、准确定量检测RNA的富集效率。
- 李雨赵磊陈利周宇荀李凯肖君华
- 关键词：内参基因
