邓可
- 作品数：3 被引量：18H指数：2
- 供职机构：广州中医药大学中药资源科学与工程研究中心更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金更多>>
- 相关领域：医药卫生更多>>
- 茉莉酸甲酯影响阳春砂挥发性萜类代谢和基因转录被引量：13
- 2014年
- 目的:研究茉莉酸甲酯对阳春砂挥发性萜类合成的影响,深入了解挥发性萜类生物合成的分子调控机制。方法:用不同浓度茉莉酸甲酯溶液喷施阳春砂的叶片和果实,用微波法提取果实中的挥发性萜类成分,应用气相色谱-质谱(GC-MS)联用技术检测挥发性萜类成分的变化,通过转录组测序构建cDNA文库并进行生物信息学分析。结果:果皮和种子团中分别检测到20种和33种挥发性萜类成分,600μmol·L-1MeJA喷果24 h后果皮和种子团中大部分挥发性萜类成分的积累量明显增加,如乙酸龙脑酯、樟脑和龙脑等;而200μmol·L-1 MeJA喷施叶片或果实对果皮及种子团中不同挥发性萜类含量的影响存在差异,且200μmol·L-1 MeJA喷施果实比喷施叶片更能提高种子团中挥发性萜类成分的积累量。此外,转录组测序共获得68 168个Unigene,通过与公共数据库比对,共有48 627个Unigene获得注释。对KEGG代谢通路的注释结果进行初步分析,发现挥发性萜类代谢密切相关的Unigene有208个,MYC2类转录因子(JA信号转导的重要调控因子)相关的Unigene有22个。结论:MeJA能有效调控阳春砂中挥发性萜类成分的代谢,转录组测序获得了多个与挥发性萜类合成相关的候选基因,为深入开展阳春砂挥发性萜类生物合成相关功能基因的发掘及调控研究提供了丰富的数据资源。
- 王焕杨锦芬邓可何雪莹詹若挺唐梁
- 关键词：茉莉酸甲酯阳春砂转录组测序
- 阳春砂实时荧光定量PCR内参基因的筛选被引量：2
- 2014年
- 【目的】筛选稳定表达的内参基因,用于阳春砂不同发育时期的果皮和种子团中基因表达量实时荧光定量PCR(qRTPCR)检测的校正。【方法】以阳春砂3个不同发育时期的果实(分为果皮和种子团)为材料,根据高通量测序得到的转录组和表达谱数据,选择5个表达稳定的常用内参基因β-actin、EF-1α、GAPDH、PGK和TUA作为候选基因,并利用qPCR技术检测它们在不同样品中表达水平的变化,使用GeNorm和NormFinder软件对基因的稳定性进行分析。【结果】5个内参基因在不同发育时期的果皮和种子团中的表达稳定性有明显的差异,其中GeNorm分析得到的内参基因的稳定顺序为:EF-1α=TUA>PGK>GAPDH>β-actin,NormFinder的分析结果中稳定性最好的是EF-1α,其次为TUA,其他3个内参基因稳定性的排列顺序与GeNorm软件的结果一致。【结论】可选用EF-1α和TUA作为阳春砂果实发育过程中基因表达量差异分析的双内参基因。
- 于安民王焕何雪莹邓可詹若挺杨锦芬
- 关键词：阳春砂荧光定量PCR内参基因基因表达果实
- 阳春砂基于转录组的萜类合酶基因挖掘及一个单萜合酶基因的克隆被引量：4
- 2016年
- 【目的】深入挖掘阳春砂转录组中挥发性萜类合酶相关基因,为全面认识阳春砂挥发性萜类代谢途径和分子调控模式奠定基础。【方法】整理前期工作获得的阳春砂2个转录组的数据,筛选已注释的及利用本地blast方法再注释的萜类合成途径的unigene;并通过对部分候选unigene的表达量与挥发性萜类化合物含量的相关性分析及生物信息学分析,进一步筛选出相关基因;采用PCR及重组载体构建的方法克隆其中一个单萜合酶基因,并对其编码蛋白序列进行分析。【结果】筛选得到10个挥发性萜类合成上游途径相关unigene及11个下游萜类合酶基因;相关性分析证明候选基因与阳春砂主要挥发性萜类有较强相关性;并成功克隆得到Av TPS1基因,其序列包含1 803 bp的开放阅读框,编码600个氨基酸;其编码蛋白含有单萜合酶蛋白特有的DDXXD、RRX8W和NSE/DTE等保守基序,N端含有一段叶绿体转运肽;系统进化分析表明Av TPS1属于TPS-b亚家族。【结论】结合转录组、表达谱数据的深入挖掘和与挥发性萜类化合物数据的关联,有效筛选出了阳春砂多个值得后续研究的萜类合酶基因;其中对Av TPS1的克隆及生物信息学分析为后续功能鉴定提供了基础。
- 邓可杨锦芬王腾王虹王焕苏金锋詹若挺
- 关键词：阳春砂转录组基因克隆
