- 分子动力学模拟研究NCBD与TAD相互作用的构象变化
- 2016年
- P53是固有无序蛋白,在细胞信号转导网络中,起着非常重要的作用,它能引导细胞的降解死亡等.P53和CBP是多位点结合,其中P53的TAD的结构域与CBP的NCBD结构域之间的结合,对P53与DNA形成四聚体起到关键的作用.对apo-TAD,apo-NCBD和复合物进行了500ns分子动力学模拟,分析了三个体系的Cα原子的均方根偏差(RMSD)和均方根涨落(RMSF)以及回旋半径(Rg).分析结果表明复合物比apo-TAD和apo-NCBD单体更稳定,尤其是结合位点附近的残基.
- 梁涛马爱静扈国栋王吉华
- 关键词：P53蛋白分子动力学模拟构象变化
- 鸟嘌呤核糖开关识别配体小分子
- 2016年
- 鸟嘌呤核糖开关是一类位于mRNA的非翻译区,可直接结合有机代谢物,通过调整自身构象变化从而调控基因表达的mRNA元件.鸟嘌呤核糖开关识别配体具有高度特异性和选择性.用动力学模拟的方法,研究鸟嘌呤核糖开关特异识别配体小分子的本质和用热力学积分算法计算核糖开关与配体分子的相对结合自由能.研究发现,核糖开关的结合口袋与配体通过氢键形式相互作用,不同配体与核糖开关结合的亲和力不同.嘌呤配体2-号位对核糖开关的结合必不可少,6-号位对核糖开关的结合关系复杂.
- 马爱静扈国栋王吉华
- 关键词：配体分子动力学模拟
