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符合工程化需求的生物元件设计被引量：6: 2018年; 从合成生物学的角度来认知生命,其本质是可数据化与可设计性。生命体中绝大多数的催化功能是由酶来实现的,因此催化元件是合成生物学中最核心的元件之一。序列决定构象,而构象则决定功能。基于空间结构的催化元件序列数字化设计,是合成生物学研究的重要热点和前沿领域。它既可为开发合成生物学功能器件,特别是全新化学催化器件提供大量原型分子,同时也为发展模块化、工程化调控元件提供设计模板和指导规律。文章针对近年来出现的生物元件,尤其是催化元件的前沿进展进行简要介绍。; 崔颖璐吴边; 关键词：酶工程热稳定性

合成生物学中蛋白质计算预测设计的应用与发展: 2021年; 合成生物学以"工程化"为核心指导思想,自下而上开发生物技术来解决人类社会面临的重大挑战。蛋白质作为生命活动的直接执行者和合成生物学中关键的底层元件,对其定量认识和工程改造的能力直接影响合成生物学的上层建筑。通过蛋白质计算设计技术可实现功能空间跳跃,为合成生物学提供全新元件,使序列-结构-功能的研究从"格物致知"转化为"建物致知"的新范式。该文介绍了在蛋白质序列-结构-功能的预测和设计中采用的前沿技术和应用进展,讨论了蛋白质计算设计面临的科学挑战,并提出了应对挑战应优先发展的研究方向。; 孙瑨原崔颖璐吴边; 关键词：合成生物学

“酶”力无穷: 2022年; 酶,是生命不可缺少的核心物质。基因编辑、干细胞技术、靶向药物……生命科学中的诸多关键技术和产品制造,都离不开酶。随着现代生物技术的快速发展,科学家们对酶的理解更深入,利用酶、改造酶,这种“绿色制造”,不仅能改善人类的生活,也开启了设计生命的大门。; 吴边李涛; 关键词：干细胞技术生命科学现代生物技术绿色制造靶向药物

一种酶催化的蛋白质C-端选择性酰肼化修饰方法: 本发明公开了一种酶催化的蛋白质C‑端选择性酰肼化修饰方法。本发明提供了一种对蛋白质C端进行酰肼化修饰的方法，包括：在待修饰蛋白C末端连一个甘氨酸，经酶1(SEQ ID No.1)催化使其C末端酰胺化，经酶2(SEQ ID...; 吴边李瑞峰丰婧; 文献传递

一种酶法生产5‑甲基吡嗪‑2‑羧酸: 本发明公开了一种酶法生产5‑甲基吡嗪‑2‑羧酸。本发明提供了特定蛋白质在制备5‑甲基吡嗪‑2‑羧酸中的应用；所述特定蛋白质为如下(a1)或(a2)：(a1)醛脱氢酶；(a2)在(a1)的N端或/和C端连接标签得到的融合蛋...; 丰婧李瑞峰陈艳春吴边

一种具有高稳定性的重组纤维素酶MaCel: 本发明属于基因制备纤维素技术领域。本发明公开了一种具有强的耐热、耐盐与耐有机溶剂能力的重组纤维素酶MaCel，其氨基酸序列如序列表中SEQ ID NO.1所示。; 吴边朱彤孙瑨原李瑞峰

一种氨基裂解酶突变体蛋白及其编码基因与应用: 本发明公开了一种氨基裂解酶突变体蛋白及其编码基因与应用。本发明保护的蛋白质，是将序列表中序列2所示的蛋白质第187‑326位氨基酸残基中的至少一个进行突变得到的。本发明还保护利用所述蛋白质制备(R)1‑丙基(2‑氨基)甲...; 李瑞峰吴边宋璐田玉娥丰婧; 文献传递

基于结构信息的MHET降解酶挖掘及温和温度下的酶级联塑料降解被引量：1: 2024年; 聚对苯二甲酸乙二醇酯(polyethylene terephthalate,PET)的不规范使用和处置造成了严重的生态污染。酶法降解是一种环境友好的解决PET污染的方法。对苯二甲酸单(2-羟乙基)酯[mono(2-hydroxyethyl)terephthalate,MHET]是PET降解过程中的具有竞争性抑制效果的中间产物,可由MHET降解酶催化水解。本研究采用生物信息学方法,结合序列和结构信息,发现了一种MHET水解酶,BurkMHETase。酶学性质研究表明该酶的最适pH和最适温度分别为7.5和40℃,在pH 7.5−10.0、30−45℃条件下相对稳定;以MHET为底物测定动力学参数kcat为(24.2±0.5)s^(-1),Km为(1.8±0.2)μmol/L,具有与目前最高效的IsMHETase相似的kcat值和更高的底物亲和力。BurkMHETase与PET降解酶IsPETase联用能够改善PET薄膜的降解效果。结构分析和突变实验表明,BurkMHETase可能已经进化出特定的结构特征来催化MHET的水解。对于MHET降解酶,在495位为芳香族氨基酸以及活性部位或远端氨基酸间的协同相互作用对于MHET水解活性似乎是必需的。因此,BurkMHETase有潜力应用于PET双酶降解系统,而所使用的生物信息学方法可以用来高效挖掘新的MHET降解酶。; 刘欣悦耿文超孙瑨原陈泽华崔颖璐吴边; 关键词：聚对苯二甲酸乙二醇酯

蛋白质工程：从定向进化到计算设计被引量：36: 2019年; 定向进化通过建立突变体文库与高通量筛选方法,快速提升蛋白的特定性质,是目前蛋白质工程最为常用的蛋白质设计改造策略。近十年随着计算机运算能力大幅提升以及先进算法不断涌现,计算机辅助蛋白质设计改造得到了极大的重视和发展,成为蛋白质工程新开辟的重要方向。以结构模拟与能量计算为基础的蛋白质计算设计不但能改造酶的底物特异性与热稳定性,还可从头设计具有特定功能的人工酶。近年来机器学习等人工智能技术也被应用于计算机辅助蛋白质设计改造,并取得瞩目的成绩。文中介绍了蛋白质工程的发展历程,重点评述当前计算机辅助蛋白质设计改造方面的进展与应用,并展望其未来发展方向。; 曲戈朱彤蒋迎迎吴边孙周通; 关键词：蛋白质工程能量函数人工智能

一种酶催化的多肽C-端选择性酰胺化和酰肼化修饰方法: 本发明公开了一种酶催化的多肽C‑端选择性酰胺化和酰肼化修饰方法。本发明提供了一种对多肽C端氨基酸进行酰胺化和/或酰肼化修饰的方法，是采用特定蛋白对多肽C端氨基酸进行酰胺化和/或酰肼化修饰；所述特定蛋白为SEQ ID No...; 吴边李瑞峰田玉娥; 文献传递

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吴边