廖珂
- 作品数：4 被引量：12H指数：2
- 供职机构：西南民族大学青藏高原研究院更多>>
- 发文基金：四川省应用基础研究计划项目国家科技支撑计划更多>>
- 相关领域：农业科学生物学更多>>
- 西藏牦牛ATGL基因克隆及生物信息学分析被引量：1
- 2015年
- 为了研究西藏牦牛ATGL基因的理化特性及分子结构,试验采用PCR扩增和DNA测序技术以及生物信息学分析软件对西藏类乌齐牦牛ATGL基因进行克隆测序和生物信息学分析。结果表明:西藏类乌齐牦牛ATGL基因编码区全长为1 461 bp,可编码486个氨基酸,其中A、T、G、C碱基含量分别为17.2%、17.9%29.0%、35.9%,A+T为35.1%,G+C为64.9%;相对分子质量为53 417.9,理论等电点为6.83,在构成该蛋白所编码的氨基酸中亮氨酸(Leu)和脯氨酸(Pro)的含量最高,分别为13.4%和9.5%,总的带正电(Arg+Lys)和负电(Asp+Glu)残基分别为46和47;西藏类乌齐牦牛ATGL基因编码区核苷酸序列与普通牛、野猪、人、绵羊、山羊、绿头鸭、原鸡、小家鼠的核酸序列一致性分别为99.58%、87.52%、87.78%、96.26%、95.93%、67.63%、64.44%、82.65%;西藏类乌齐牦牛ATGL基因编码氨基酸序列与普通牛、野猪、人、绵羊、山羊、绿头鸭、原鸡、小家鼠的氨基酸序列一致性分别为99.79%、87.45%、87.66%、95.06%、96.09%、73.14%、69.56%、87.53%;ATGL蛋白为不稳定的跨膜蛋白,无信号肽;其二级结构主要以α-螺旋、β-折叠以及无规卷曲为主,其中94个氨基酸残基参与了16个α-螺旋的形成(占39.11%),35个氨基酸残基参与了9个β-折叠的形成;在三级结构中,其N端存在1个Patatin结构域。说明西藏牦牛ATGL基因在编码区序列存在明显的碱基偏倚性,在进化关系上ATGL基因无论核苷酸序列还是氨基酸序列都有较高的保守性。
- 杨琴柴志欣宋乔乔张思源陈攀攀廖珂钟金城
- 关键词：西藏牦牛克隆测序生物信息学分析
- miR-383在牦牛、犏牛睾丸组织中的差异表达及功能预测被引量：2
- 2016年
- 本研究旨在分析miR-383成熟体在雄性牦牛和犏牛F1代睾丸组织中的差异表达,以了解其在精子形成中的重要作用。以发育成熟的牦牛和犏牛睾丸组织为材料,利用实时荧光定量PCR方法检测miR-383成熟体在牦牛及犏牛睾丸组织中的差异表达情况;利用TargetScan和miRanda数据库获得miR-383的靶基因集合,通过David和Gene Ontology在线软件分析miR-383靶基因的生物学功能。实时荧光定量PCR结果显示miR-383成熟体在牦牛和犏牛F1代睾丸组织中表达显著差异(P<0.05),在牦牛睾丸组织中表达量较高,靶基因预测共获得131个靶基因,GO分析及KEGG信号通路分析得到miR-383靶基因功能,这些靶基因参与了细胞增殖、凋亡、核酸合成调控等过程。结合miR-383成熟体的表达差异和靶基因功能预测结果,miR-383可能参与生殖细胞的分化及精子形成调控,为miR-383在犏牛生殖细胞中的功能与调控机制研究提供了理论依据。
- 廖珂柴志欣张思源钟金城
- 关键词：牦牛犏牛精子发生雄性不育生物信息学分析
- 牦牛、普通牛和犏牛睾丸组织microRNA的比较研究
- 牦牛与普通牛杂交,得到的后代犏牛具有显著的杂种优势,产肉、产乳量均高于牦牛,但表现出雄性不育,杂种优势的利用受到很大限制。为了了解miRNA在犏牛睾丸功能发挥及生殖调控过程中的作用,阐明生殖内分泌遗传调控机制,本研究进行...
- 廖珂
- 关键词：牦牛普通牛犏牛MICRORNAS雄性不育
- 文献传递
- 西藏牦牛HBG基因克隆及生物信息学分析被引量：1
- 2016年
- 为探究血红蛋白γ珠蛋白在适应高海拔低氧环境中的作用及其高氧亲和力机制,研究采用克隆技术获得血红蛋白γ珠蛋白(HBG)的基因序列,并对其CDs区序列进行相关生物信息学分析。结果表明,西藏牦牛HBG基因CDs区长438 bp,序列与普通牛一致,在种间具有较强的保守性。HBG编码145个氨基酸,密码子使用具有一定偏好性;HBG蛋白无跨膜区、信号肽,存在多个磷酸化位点;整条肽链表现出亲水性,为可溶性蛋白;预测HBG蛋白的二级结构和三级结构,以α-螺旋为主。
- 廖珂柴志欣钟金城
- 关键词：牦牛生物信息学分析
