马志
- 作品数：2 被引量：1H指数：1
- 供职机构：大连海洋大学更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金更多>>
- 相关领域：理学医药卫生更多>>
- 基于分子动力学的miRNA 3'端与Argonaute蛋白PAZ功能域相互作用的研究被引量：1
- 2012年
- 应用分子动力学方法研究了人类miRNA 3'末端3碱基与PAZ功能域的结合模式,并采用线性相互作用能方法计算miRNA 3'末端片段与PAZ之间的结合自由能。结果表明:miRNA 3'末端碱基组成决定了其和PAZ功能域的结合模式以及结合自由能,UGU与PAZ的结合最为稳定,结合自由能为-37.248kJ/mol,而CGA与PAZ的结合情况相对不太稳定,结合自由能为-5.418 kJ/mol;miRNA 3'端与PAZ的结合自由能与其在人类miRNA基因中的分布频率存在一定的相关性,UGU在人类基因中占6.768%,而CGA仅占0.414%。本研究结果可为进一步研究miRNA与Argonaute蛋白的相互作用以及对人类疾病防治和生物进化探索提供重要信息。
- 马志张峰张慧晓杨威
- 关键词：MIRNA分子动力学模拟
- 补体蛋白C3c与抑制剂Compstatin的结合自由能计算
- 2013年
- 采用分子动力学模拟取样,运用MM-PBSA方法计算了人类C3c-Compstatin复合物的结合自由能。通过能量分解方法探究了人类补体蛋白C3c上抑制剂结合域MG4～MG5(巨球蛋白区域)上的主要残基与配体Compstatin纤维蛋白之间的相互作用和识别。结果表明:C3c与补体抑制剂Compstatin的理论结合自由能(-8.06 kcal/mol)与试验值(-6.72 kcal/mol)吻合较好,分子内能总和(-177.24 kcal/mol)对补体抵制剂的结合贡献最大,其次为真空静电作用能(-108.74 kcal/mol)和范德华作用能(-68.51kcal/mol)。作为对结晶试验的补充,进行了C3c蛋白和小分子抑制剂之间结合的动态过程以及在两者结合的影响下蛋白形态变化的分子动力学模拟,结果发现C3c上的残基ARG459、ASP491、MET457和Compsta-tin上的残基TRP7、TRP4、HIS10为结合自由能作出了主要贡献。该结果对进一步研究C3补体抑制剂的机制提供了结构方面的信息。
- 杨威张峰马志郑俊峰
- 关键词：分子动力学MM-PBSA结合肽
