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利奈唑胺耐药金黄色葡萄球菌与克林霉素交叉耐药规律被引量：1: 2015年; 目的阐明体外诱导利奈唑胺耐药金黄色葡萄球菌与克林霉素交叉耐药的变化规律。方法收集2株金黄色葡萄球菌质控菌ATCC29213和ATCC25923,1株乳汁来源的金黄色葡萄球菌和1株血流感染的金黄色葡萄球菌(编号分别为S2、S3、S5和S7菌株,均为利奈唑胺敏感株),通过体外浓度倍增法诱导利奈唑胺耐药;挑取单克隆,37℃培养16h,经E-test条测定MIC值,获得各菌株的耐药浓度梯度,同时测定各菌株对克林霉素的MIC值,提取耐药菌株基因组DNA,PCR扩增23Sr RNA V区基因,扩增产物经测序后与野生株比较,获得V区的突变位点。结果经体外多步法诱导利奈唑胺耐药的不同MIC值金黄色葡萄球菌共20株。除S7系列诱导菌株外,其他系列诱导利奈唑胺耐药的菌株,均出现了克林霉素的交叉耐药,PCR测序分析4株母株均无变异位点,G2505A、U2500A、G2576U、C2610C等V区位点可能与克林霉素交叉耐药相关。结论体外多步法诱导产生的金黄色葡萄球菌利奈唑胺菌株,其与克林霉素交叉耐药的机制与23S r RNA V区的位点突变相关。; 刘晓军陈重李多云程航邓向斌邓名贵潘伟光杨唯枝王红燕姚伟明邓启文余治健; 关键词：金黄色葡萄球菌交叉耐药

采用噬菌体展示技术筛选肠致病性大肠埃希菌EspB蛋白结合短肽的实验研究: 2015年; 目的探讨是否能够通过噬菌体展示技术筛选与肠致病性大肠埃希菌(EPEC)关键蛋白EspB结合的短肽。方法采用体外大肠埃希菌中表达和纯化EspB蛋白情况,Western blot验证蛋白的表达;Ph.D.12-蛋氨酸噬菌体展示技术用来筛选EspB特异结合蛋白;ELISA方法用来鉴定这些特异性结合蛋白与EspB的亲和力。结果 Western blot验证从pET21b-EspB转染质粒中提取的EspB蛋白。噬菌体展示技术筛选出了噬菌体6、7、8、12候选蛋白,ELISA检测结果显示这些候选蛋白与EspB蛋白的亲和力高于对照蛋白。结论我们的数据提供了一种潜在的研究策略即通过靶向结合EspB蛋白可抑制EPEC对上皮细胞的粘附。; 陈重廉婕郑金鑫杨唯枝王红燕姚伟明邓向斌李多云刘晓军余治健邓启文; 关键词：噬菌体展示技术酶联免疫吸附试验

利奈唑胺诱导金黄色葡萄球菌耐药株50S核糖体蛋白突变位点分析: 2015年; 目的阐明体外诱导利奈唑胺耐药金黄色葡萄球菌的核糖体蛋白位点变异特征。方法收集2株金黄色葡萄球菌质控菌ATCC29213和ATCC25923、1株乳汁来源的金黄色葡萄球菌和1株血流感染的金黄色葡萄球菌(编号分别为S2、S3、S5和S7菌株,均为甲氧西林和利奈唑胺敏感株),通过体外浓度倍增法诱导利奈唑胺耐药;挑取单克隆,经E-test条测定MIC值,获得各菌株的耐药浓度梯度;提取耐药菌株基因组DNA,PCR扩增核糖体蛋白L3和L4(对应rpl C和rpl D基因),扩增产物经测序后与野生株比较,获得核糖体蛋白对应氨基酸的突变位点。结果经体外多步法诱导利奈唑胺耐药的不同MIC值金黄色葡萄球菌共24株。PCR测序分析4株母株均无变异位点,各菌株L3对应的氨基酸位点不尽相同,S2组菌株L4未见统一的氨基酸位点,余S3、S5、S7各组菌株普遍存在Ala56Asp氨基酸位点变异。结论体外多步法可诱导金黄色葡萄球菌利奈唑胺耐药,耐药机制与核糖体蛋白位点突变密切相关,但仍需进一步研究证实突变位点与耐药的关系。; 刘晓军陈重李多云程航邓向斌邓名贵潘伟光杨唯枝王红燕姚伟明余治健邓启文; 关键词：金黄色葡萄球菌利奈唑胺耐药

肠致病性大肠埃希菌EPEC Deng致病岛基因进化特点被引量：2: 2016年; 目的分析肠致病性大肠埃希菌(EPEC)致病岛(PAIs)基因进化特点。方法 EPEC Deng分离自我国婴幼儿腹泻患者粪便标本,鉴定该菌株血清型并进行药敏试验;采用Illumina 2000仪器对菌株进行全基因序列测序,PHAST软件定位菌株原噬菌体(prophages,PPs)在染色体中的位置,MUMmer软件进行共线性分析,构建系统发育树,了解同源基因进化规律。应用PAI_finder软件对基因组进行PAIs预测,了解PAIs核心区域(LEE)和核心基因同源进化规律,并进行遗传多态性分析。结果 EPEC Deng菌株归属O119∶H6,药敏结果显示该菌株对环丙沙星、左氧氟沙星及氨苄西林耐药,对其余的抗菌药物均敏感。基因组(染色体)序列大小为5 025 482 bp(GC含量为50.52%),质粒序列大小为207 564 bp(GC含量为49.50%)。共找到17个PPs,系统发育树分析发现,EPEC Deng株基因组与O26∶H11、O111∶H同源性较高;EPEC Deng株PAIs和核心基因均与RDEC-1和O26∶H413/89-1株具有高同源性;遗传多样性分析结果显示,紧密素(eae)及其受体(tir)多态性丰富,π值均>0.10,Ⅲ型分泌系统(TTSS)分泌蛋白相对稳定。结论此研究明确了EPEC Deng株基因组及PAIs的进化特点,有助于了解了本土分离的EPEC基因特点。; 陈重郑金鑫杨唯枝王红燕姚伟明邓向斌李多云刘晓军余治健邓启文; 关键词：肠致病性大肠埃希菌全基因组序列核心基因同源性

全基因测序分析粪肠球菌利奈唑胺耐药相关变异位点的研究被引量：2: 2015年; 目的通过全基因组序列研究利奈唑胺敏感株和诱导耐药粪肠球菌之间基因位点差异,分析利奈唑胺耐药相关基因变异位点。方法粪肠球菌ATCC29212菌株用浓度梯度的利奈唑胺进行耐药性诱导,最终获得利奈唑胺耐药的粪肠球菌株LRS29212。提取其总DNA,进行PE(paired end或称双端)测序,采用软件SPAdes进行序列拼接,拼接获得原始scaffold,然后用Gapcloser及GapFiller对scaffold补Gap,采用PrInSeS-G进行序列校正,最终获得全基因组序列。获得的全基因序列与标准株ATCC29212菌株基因组序列(PUBMED公布序列)作比较,获得变异基因位点,并对变异基因功能进行注释。结果通过32代诱导,获得了粪肠球菌LRS29212,其MIC值为128μg/ml;粪肠球菌LRS29212全基因组包含3 010 552碱基对,GC含量37.3%。基因组通过注释后总共有2 918个编码序列(CDS),53个tRNA的编码基因,以及5个完整的rRNA基因编码的操纵子,获得PUBMED全基因序列号(PRJNA257022);总共找出152个SNP,其中错义突变的SNP有24个,包含结合糖ABC转运ATP结合蛋白。结论经LZD诱导成功获得耐LZD粪肠球菌LRS29212菌株,测序分析该菌株存在基因突变位点,为进一步研究LZD耐药机制奠定了基础。; 陈重李多云程航邓向斌邓名贵潘伟光杨唯枝王红燕姚伟明余治健邓启文; 关键词：粪肠球菌利奈唑胺全基因组序列

环丙沙星对肠致病性大肠埃希菌转录谱基因表达的影响被引量：3: 2015年; 目的探讨不同浓度环丙沙星对肠致病性大肠埃希菌转录基因表达的影响。方法在肠致病性大肠埃希菌对数生长期加入不同浓度环丙沙星(高浓度组4μg/ml,低浓度组2μg/ml),对照组加入生理盐水,分别于0、45、90、135和180min时收集菌液,提取细菌总RNA,使用表达谱芯片检测环丙沙星作用后肠致病性大肠埃希菌在转录过程中的基因变化,分析各时间点大肠埃希菌转录水平差异;筛选差异基因,采用荧光定量PCR验证差异基因表达。结果与生理盐水组比较,4μg/ml环丙沙星组大肠埃希菌共有1 724个基因转录上调,1 806个基因转录下调,2μg/ml组中共有988个基因转录上调,2 297个基因转录下调。在表达差异的基因中,以编码假设合成蛋白及转录调控蛋白基因数最多。两组中有共性的基因为21个,这些基因在不同浓度及所有的5个时间点均下调表达,表达的基因包括编码ABC转运膜蛋白基因和菌毛蛋白基因。在2μg/ml与4μg/ml组的对比中,未观察到环丙沙星影响肠致病性大肠埃希菌致病岛毒力基因的表达差异(P>0.05)。差异表达的基因通过荧光定量PCR检测均有统计学意义(分别与生理盐水组比较,P<0.05)。结论不同浓度环丙沙星体外对肠致病性大肠埃希菌毒力基因转录的影响无显著性差别,但对耐药相关基因转录具有显著影响,这些影响是否与对肠致病性大肠埃希菌对环丙沙星耐药有关仍需进一步研究。; 陈重李多云程航邓向斌邓名贵潘伟光杨唯枝王红燕姚伟明余治健邓启文; 关键词：肠致病性大肠埃希菌环丙沙星多重耐药

利奈唑胺诱导粪肠球菌耐药50S核糖体蛋白突变位点分析被引量：2: 2015年; 目的阐明体外诱导利奈唑胺耐药粪肠球菌的核糖体蛋白位点变异特征。方法收集1株血流感染的粪肠球菌利奈唑胺敏感株,通过体外浓度倍增法诱导利奈唑胺耐药;挑取单克隆,经E-test条测定MIC值,获得各菌株的耐药浓度梯度;提取耐药菌株基因组DNA,PCR扩增核糖体蛋白L3和L4(对应rpl C和rpl D基因),扩增产物经测序后与野生株比较,获得核糖体蛋白及对应氨基酸的突变位点。结果经体外多步法诱导利奈唑胺耐药的不同MIC值粪肠球菌共13株。PCR测序分析2株母株均无变异位点,rpl C基因对应的氨基酸位点不尽相同,rpl D基因普遍存在T301C位点变异,对应的氨基酸为Phe101Leu。结论体外多步法可诱导粪肠球菌利奈唑胺耐药,耐药机制与核糖体蛋白位点突变密切相关,但仍需进一步研究证实突变位点与耐药的关系。; 刘晓军陈重李多云程航邓向斌邓名贵潘伟光杨唯枝王红燕姚伟明余治健邓启文; 关键词：粪肠球菌

一株肠致病性大肠杆菌的全基因组序列分析被引量：5: 2015年; 目的分析并找出肠致病性大肠杆菌Deng(Enteropathogenic Escherichia coli Deng,EPEC Deng)的全基因组序列特点。方法 EPEC Deng来源于我国婴幼儿腹泻患者的粪便标本,菌株采用诊断血清鉴定血清型,通过自动细菌鉴定仪,使用微量肉汤法进行药敏试验。进一步提取细菌总DNA,构建测序文库,通过Illumina 2000仪器测序,然后利用多引物PCR等方法进行补缺口及拼接,最终获得完整的全基因组。采用相关软件获得基因序列,通过对比已知的蛋白数据库进行基因功能注释及生物信息学分析。结果 EPEC Deng菌株归属O119:H6,药敏结果显示该菌株对环丙沙星、左氧氟沙星、氨苄西林及氨苄西林/舒巴坦耐药,对其余的抗菌药物均敏感。EPEC Deng基因组包含5 233 046 bp,GC含量50.48%。基因组通过注释后总共有5 347个编码蛋白序列,80个t RNA的编码基因,以及22个完整的r RNA基因编码的操纵子。EPEC染色体基因组中含有致病岛,大小约为40Kb左右,与数据库中的一个37Kb的致病岛(AF200363.1)序列极为相似,相似度达到99%。结论完成了肠致病性大肠杆菌基因组精细测序分析,PAI是EPEC致病的关键,为进一步研究菌株的进化关系提供了基因数据。; 陈重李多云程航邓向斌邓名贵潘伟光杨唯枝王红燕姚伟明余治健邓启文; 关键词：肠致病性大肠杆菌高通量测序全基因组序列

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姚伟明

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