孟宪萍
- 作品数：6 被引量：25H指数：3
- 供职机构：首都师范大学生命科学学院更多>>
- 发文基金：北京市教委科技发展计划更多>>
- 相关领域：农业科学生物学更多>>
- 大豆尿黑酸叶绿基转移酶基因的克隆与进化分析被引量：8
- 2007年
- 采用基于EST的电子克隆方法,以拟南芥(Arabidopsis thaliana)的尿黑酸叶绿基转移酶基因(Homogentisate phytyltransferase,HPT)cDNA序列为信息探针,对大豆的EST数据库进行同源检索筛选,获得了1 777 bp长大豆HPT基因的cDNA序列(GenBank登录号为:AY956421),经RT-PCR扩增、分子克隆和序列分析验证,表明与电子克隆序列一致;该基因具有完整的开放阅读框架(ORF,173～1 408 bp),推测编码411个氨基酸的蛋白。该蛋白与拟南芥(Ara-bidopsis thaliana)、苜蓿(Medicago sativa)、水稻(Oryza sativa)、玉米(Zea mays)、光合集胞蓝细菌(Synechocystis)的序列进行了比较,发现该基因具有保守性。
- 孟宪萍李晓晓李雅轩蔡民华胡英考
- 关键词：电子克隆EST数据库RT-PCR大豆
- 日本百脉根γ-生育酚甲基转移酶基因的电子克隆及进化分析被引量：4
- 2006年
- 根据物种间同源基因相对保守的特点,利用生物信息学方法,以拟南芥-γ生育酚甲基转移酶cDNA序列为信息探针,在GenBank的HTGs数据库中找到与之高度同源的日本百脉根基因组DNA序列——LjT44D21克隆。通过GENSCAN分析及序列拼接得到日本百脉根"γTMT基因的cDNA序列,GenBank的登陆号为DQ013360。用该序列对GenBank中的est-others进行相似性搜索,获得了44条日本百脉根的EST序列,经拼接后发现与基因组预测的基因序列一致,表明该基因是真实存在和表达的。该cDNA序列长为1 077 bp,具有完整的开放阅读框架(1～1 077 bp)。推测编码蛋白为358个氨基酸,该蛋白序列与大豆、水稻、小麦、拟南芥、油菜、苜蓿和衣藻等物种的-γTMT蛋白质序列进行了同源性比较分析,具有很高的同源性。
- 孟宪萍李晓晓李雅轩蔡民华胡英考
- 关键词：Γ-生育酚甲基转移酶电子克隆EST
- 截形苜蓿吡哆醇生物合成基因的电子克隆和进化分析被引量：2
- 2007年
- 电子克隆是随着基因组计划和EST计划实施而发展起来的、利用生物信息学手段进行基因克隆的新方法。根据物种间同源基因相对保守的特点,利用生物信息学的方法,以拟南芥吡哆醇生物合成蛋白基因(PDX)cDNA序列为探针,在GenBank的HTGs数据库中找到与之高度同源的截形苜蓿的基因组序列———m th2-17p16克隆,通过GenScan软件预测和序列拼接得到了截形苜蓿吡哆醇生物合成基因序列(GenBank登录号为DQ139263)。用该序列对GenBank中的est-others进行相似性搜索,获得了25条截形苜蓿的EST序列,经拼接后发现与基因组预测的基因序列一致,表明该基因是真实存在和表达的。该cDNA序列长度为1 257 bp,具有完整的开放式阅读框(ORF 29-973bp),推测编码314个氨基酸。通过对日本百脉根(Lotus corniculatusvar.japoni-cus)、烟草(Nicotiana tabacum)、拟南芥(Arabidopsis thaliana)、大豆(Glycine max)、小麦(Triticum aestivum)和水稻(O ryza sativa)等进行吡哆醇生物合成蛋白序列同源比较,发现该基因具有高度的保守性。
- 李蕊孟宪萍胡英考蔡民华李雅轩
- 关键词：电子克隆吡哆醇生物合成基因EST
- 大豆吡哆醇生物合成蛋白基因(PDX)的电子克隆和进化分析被引量：13
- 2007年
- 电子克隆（In silicocloning）是随着基因组计划和EST计划实施而发展起来的利用生物信息学手段进行基因克隆的新方法。根据物种间同源基因相对保守的特点,以拟南芥（Arabidopsis thaliana）吡哆醇生物合成蛋白cDNA序列为信息探针,对大豆（Glycine max）EST数据库进行同源搜索和序列拼接,获得了1 280 bp长的大豆吡哆醇生物合成蛋白的基因序列（GenBank登陆号为DQ139265）。经过RT-PCR扩增、基因组PCR扩增、分子克隆和序列分析验证,结果表明与电子克隆序列完全一致。该基因具有完整的开放阅读框架（ORF,20~955 bp）,编码311个氨基酸。通过与水稻、日本百脉根、烟草、截形苜蓿等物种的吡哆醇生物合成蛋白序列比对,发现该基因具有高度的保守性。表明根据物种间同源基因序列,对跨物种间EST数据库进行同源检索、筛选、拼接,是克隆基因的有效途径。
- 李蕊孟宪萍胡英考蔡民华李雅轩
- 关键词：电子克隆EST数据库RT-PCR大豆
- 大豆γ-生育酚甲基转移酶基因的克隆与表达分析被引量：3
- 2011年
- 采用电子克隆与实验克隆相结合的方法获得了大豆γ-生育酚甲基转移酶基因的cDNA序列,GenBank登录号为AY960126。序列分析结果表明,该cDNA序列含有1个编码350个氨基酸的完整的开放读码框,5′非翻译区具有2个同框终止密码子,3′端具有2个加尾信号和polyA尾巴。启动子区除含有通用核心元件外,还含有许多与光反应有关的作用元件。编码的蛋白质序列含有1个信号肽和γ-生育酚甲基转移酶的特征基序,该蛋白定位于叶绿体中。氨基酸序列比对和系统发育分析结果显示,不同物种之间γ-生育酚甲基转移酶氨基酸序列同源性较高。电子表达分析和RT-PCR组织表达分析结果表明,该基因的表达量与组织中叶绿体含量具有很高的关联,但强光逆境对该基因的表达无影响。
- 胡英考孟宪萍李雅轩蔡民华
- 关键词：大豆Γ-生育酚甲基转移酶基因克隆
- 大豆维生素E合成关键酶基因的克隆及对马铃薯的遗传转化
- 维生素E，又叫生育酚，是一种对植物、动物和人类自身都具有十分重要作用的抗氧化剂，而绿色植物是人类维生素E的主要来源。因此，克隆植物维生素E代谢途径中关键酶基因，对维生素E含量进行改良，具有重要意义。本论文利用大豆EST数...
- 孟宪萍
- 关键词：EST大豆电子克隆Γ-生育酚甲基转移酶马铃薯
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