杨琳
- 作品数：7 被引量：18H指数：3
- 供职机构：四川农业大学玉米研究所更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金国家科技重大专项福建省科技厅自然科学基金更多>>
- 相关领域：农业科学生物学更多>>
- 基于粗糙集法的五指毛桃补骨脂素合成酶基因序列获取与分析被引量：1
- 2021年
- 多重比对补骨脂素合成酶(psoralen synthase,PS)基因信息,预测单序列能量最低状态,基于粗糙集法,建立PS保守结构域的氨基酸残基识别体系,获取五指毛桃(Ficus hirta Vahl)的转录本中该Unigene序列信息,并通过生物信息学验证。结果表明,通过五指毛桃RNA测序得到61287240条高质量读长(Clean reads),注释得到179974条Unigene序列。采用粗糙集法,预测40条PS基因有10个区域的氨基酸序列同源性高。通过转录本比对,获取五指毛桃1751 bp Unigene序列,开放阅读框1533 bp,编码510个氨基酸,属于细胞色素P450超家族的成员,相对分子质量为57.8 kD,等电点为6.48,亚细胞定位于内质网;二级结构α-螺旋、无规则卷曲和延伸连的比例分别为50.39%、33.73%、10.98%。虽然该序列编码的氨基酸与其他植物PS的相似性不高,但与大阿米芹、珊瑚菜等植物PS蛋白的三级结构极为相似,与同为桑科的川桑补骨脂素合成酶序列聚在一支。综上结果验证了基于粗糙集法,建立PS保守结构预测,获取PS的Unigene为五指毛桃PS基因,为基于植物转录组测序,获取目标基因,提供一种保守结构域的氨基酸序列获取方法。
- 叶茂森瞿静涛杨琳杨琳刘柄良张君诚
- 关键词：补骨脂素五指毛桃保守结构域转录组测序
- 两个相关基因表达量和SNP与玉米雄穗大小相关被引量：2
- 2016年
- 玉米雄穗通常较发达，散粉量大于授粉需要，过量消耗能量会影响光合产物向果穗的分配，过于发达的雄穗还会影响群体透光性、降低光合效率。生产实践和育种研究证明，由于雄穗大小与玉米籽粒产量负相关，因此成为品种选育的间接选择指标。该研究根据前人的报道，从11个雄穗大小不同的玉米自交系中扩增角蛋白相关蛋白基因幽尸5—4和受体样蛋白激酶基因CLV1的基因组序列，多重比较后用以分析其开放阅读框、保守结构和单核苷酸多态性，用荧光实时定量PCR检测其在雄穗原基中的差异表达，并与雄穗分枝数和雄穗干重两个度量雄穗小的指标进行了相关分析。结果表明：KAP5—4基因的相对表达量与雄穗分枝数（r=0．77，P〈0．01）和雄穗干重正相关（r=0．83，P〈0．01）。11个自交系的CLV1基因开放框在2104bp存在单核苷酸多态性，其中5个自交系的2014～2016bp核苷酸组成密码子GAC，编码受体样蛋白第702位酸性的天冬氨酸，另6个自交系的2014～2016bp核苷酸组成密码子AAC，编码受体样蛋白第702位极性天冬氨酰胺。在前5个自交系中，CLV1基因的相对表达量与雄穗分枝数（r=-0．92，P〈0．01）和雄穗干重（r=-0．91，P〈0．05）负相关：而在后6个白交系中，仅与雄穗干重负相关（r=-0．91，P〈0．05）。综上所述，KAP5—4和CLV1基因的表达和单核苷酸多态性与玉米雄穗大小关系密切，可开发功能性的DNA标记用于玉米育种的分子标记辅助选择。
- 任小丹陈玲杨琳李晚忱付凤玲
- 关键词：玉米
- 金线莲辣椒红素/玉红素合成酶基因CCS的克隆及表达模式分析被引量：4
- 2019年
- 【目的】克隆金线莲辣椒红素/玉红素合成酶(capsanthin/capsorubin synthase,CCS)编码基因并分析其功能。【方法】在金线莲转录组测序数据基础上,同源克隆福建金线莲(Anoectochilus roxburghii)和台湾金线莲(Anoectochilus formasanus)的CCS基因编码序列,并进行生物信息学分析和表达特性分析。【结果】福建金线莲ArCCS基因的ORF长1 461 bp,编码486个氨基酸。台湾金线莲AfCCS基因的ORF长1 458 bp,编码485个氨基酸。ArCCS与AfCCS蛋白序列相似度为97%,均定位于叶绿体,二者理化性质和三级结构高度相似。ArCCS和AfCCS基因的表达显著受盐胁迫和不同光质的诱导或抑制。AfCCS基因在根中低表达,在茎中高表达,而ArCCS基因的表达无组织特异性。【结论】成功克隆到福建金线莲和台湾金线莲的CCS基因,二者的表达受到环境因素的显著诱导。
- 刘柄良杨琳杨琳付凤玲李晚忱张君诚
- 关键词：金线莲
- 农杆菌介导转基因植物T-DNA的整合方式被引量：7
- 2011年
- 农杆菌介导的遗传转化已被广泛应用于植物转基因研究。作为外源基因的载体,农杆菌T-DNA片段在植物基因组中的整合方式,不仅影响外源基因的整合效率及稳定性,还会影响外源基因的表达特性。文章就农杆菌介导的T-DNA整合的两种主要模式、规律及相关研究手段进行综述,为农杆菌介导的转基因及T-DNA插入突变等相关研究提供借鉴。
- 杨琳付凤玲李晚忱
- 关键词：农杆菌T-DNA侧翼序列转基因
