张如奎
- 作品数：6 被引量：2H指数：1
- 供职机构：复旦大学更多>>
- 发文基金：转基因生物新品种培育专项上海市浦江人才计划项目更多>>
- 相关领域：生物学医药卫生更多>>
- 一种基于独热编码无监督聚类的肿瘤患者相似性计算方法
- 本发明公开了一种基于独热编码无监督聚类的肿瘤患者相似性计算方法；该方法首先将临床数据的各个观测指标统一采用one‑hot编码，获得特征嵌入矩阵；然后对特征嵌入矩阵进行KMeans无监督聚类，生成患者相似度网络（PSN）；...
- 张如奎刘雷朱超宇
- 水稻OsNAP基因的功能分析及其在育种价值方面的研究被引量：1
- 2012年
- NAC转录因子是植物特异的转录因子.本研究通过从水稻日本晴(Oryza sativa L.)的基因组中克隆到一个与拟南芥衰老相关的基因AtNAP(Atlg69490)的同源基因OsNAP.OsNAP的ORF为1 179bp,推测其编码蛋白含有392个氨基酸,等电点为8.55,分子质量为42.195ku.为进一步研究OsNAP的功能,利用显性抑制元件SRDX构建其pCAMBIA1304-35S:OsNAP-SRDX表达载体,通过农杆菌浸染方法将其转化水稻中花11品种.T1代转基因植株通过潮霉素、RealtimePCR、和Western blot鉴定,筛选出4个OsNAP高表达的阳性植株.在种子成熟期,观察到T1代转基因4号植株较野生型相比有明显的延缓衰老的表型,其他农艺性状如单株分蘖数、单株总粒数、单穗饱和穗粒数、千粒重、结实率等都优于野生型.实验证明抑制OsNAP基因的表达能够延缓水稻叶片衰老并可以提高产量,具有潜在的育种价值.
- 唐雪蓉张如奎陈旭吴秀菊明凤
- 关键词：NAC转录因子水稻
- UHRF1蛋白复合体中ncRNA的鉴定及功能分析
- 在人的基因组中,93/%的区域会发生转录,而其中的80/%不具有编码蛋白质的功能。这些不编码蛋白质的转录本可以从基因组中双向转录,其启动子比编码基因的启动子更保守,超过一半的原始转录产物仅存在于细胞核,提示它们可能在细胞...
- 张如奎
- 关键词：TAPRNA-SEQ
- 文献传递
- RecA介导的特异性DNA片段捕获被引量：1
- 2012年
- 外显子捕获联合高通量测序技术在检测新的致病基因,特别是罕见的基因变异时,表现出很高的检测效率.但在具体使用过程中,探针易出现非特异性杂交,设计探针时需考虑Tm值均一性、所需初始样品量较大等问题.RecA是原核生物同源重组的中心分子,参与DNA损伤的重组修复.通过在体外模拟RecA蛋白在原核生物体内重组寻找同源序列的途径,用以捕获目标DNA分子,以期提高外显子捕获过程中的探针杂交效率和特异性.根据RecA在体内同源重组中的作用模式,先将基因组染色质片段化,再纯化DNA,设计生物素标记的特异性探针,在RecA蛋白的介导下以捕获基因组中的目的同源片段.结果显示:设计的和目标片段互补的探针高效而特异地捕获了目标DNA片段,ATP和水能够破坏RecA介导形成的三链复合体的稳定性,可以作为很好的杂交后洗脱试剂,而且水直接作为洗脱试剂可以提高洗脱目的 DNA片段的效率和纯度.
- 张如奎肖瑶李岩肖敏于文强
- 关键词：RECA同源重组
- 一种基于独热编码无监督聚类的肿瘤患者相似性计算方法
- 本发明公开了一种基于独热编码无监督聚类的肿瘤患者相似性计算方法；该方法首先将临床数据的各个观测指标统一采用one‑hot编码，获得特征嵌入矩阵；然后对特征嵌入矩阵进行KMeans无监督聚类，生成患者相似度网络（PSN）；...
- 张如奎刘雷朱超宇
- RecA介导的特异性目的DNA片段捕获方法
- 本发明属分子生物学-生物化学技术领域，涉及在RecA的介导下特异性捕获样品中的同源目标DNA片段的方法。本发明在体外模拟RecA在体内同源重组中的作用模式，设计针对目的DNA片段的同源探针，通过RecA辅助探针和洗脱试剂...
- 于文强张如奎
- 文献传递
