郭伟
- 作品数：2 被引量：48H指数：2
- 供职机构：四川农业大学动物营养研究所动物抗病营养教育部重点实验室更多>>
- 发文基金：四川省国际科技合作与交流研究计划项目更多>>
- 相关领域：农业科学更多>>
- 山羊瘤胃与粪便微生物多样性被引量：34
- 2015年
- 本试验旨在应用高通量测序技术比较山羊瘤胃和粪便微生物的结构与组成。选取6只10月龄波尔山羊,饲喂精粗比为3∶7的饲粮14 d后采集瘤胃液（R组）和粪便样品（F组）（每组6个重复,每个样品为1个重复）。提取总DNA后用古菌/细菌16S rRNA通用引物扩增V4~V5区,并用Illumina Mi Seq平台测序。结果表明：1）共获得有效序列227 729条,聚类后得13 601个运算分类单位（OTU）。2）所得OTU经物种注释99.337%被归类为细菌界,F组相对丰度最高优势菌门为厚壁菌门（65.400%）,R组相对丰度最高优势菌门为拟杆菌门（60.188%）。3）从所有样品中共检测到129个科,F组中相对丰度最高为瘤胃球菌科（37.705%）,极显著高于R组（P〈0.01）,而R组中,相对丰度最高的为普雷沃氏菌科（29.959%）,极显著高于F组（P〈0.01）。4）在粪便样品和瘤胃液样品种共检测到258个属,F组相对丰度最高的属为瘤胃球菌科未分类的属（26.914%）,R组相对丰度最高为普雷沃菌属（28.621%）。5）所有12个样品间共发现了14个共享属,其中相对丰度最高的为厚壁菌门下的梭菌属4（Clostridium_Ⅳ,1.748%）。本试验结果表明瘤胃和粪便中微生物组成存在着较大差异,瘤胃中还有许多未被分类鉴定且相对丰度较高的微生物,需要进一步研究。
- 王继文王立志闫天海郭伟徐琴
- 关键词：山羊ILLUMINA瘤胃粪便微生物
- 林麝粪便细菌多样性研究被引量：15
- 2016年
- 为研究林麝粪便细菌的结构与组成，选取6只2～3岁的圈养条件相同且健康的公林麝，饲喂精粗比为2：8的饲粮，收集其新鲜粪便，提取其总DNA，然后用16S rRNA细菌通用引物进行PCR扩增，并用Illumina Miseq250PE测序平台，对扩增子进行Miseq双端测序。结果显示：1）借助Illumina Miseq250PE测序平台对样品进行测序，共获得85091条有效序列，5133个有效OTU。2）所得OTU经物种注释被归类为23个门，其中厚壁菌门（Firmicutes）（51．1％±19．9％）、拟杆菌门（Bacteroidetes）（35．6％±15．5％）、变形菌门（Proteobacteria）（5．2％±5．6％）和未分类菌门（’Unassigned）（2．2％±1．0％）为优势菌门，其总和达到菌群相对含量的94．1％；将其进一步分为240个菌属，其中18个为共享菌属，拟杆菌目（’Bacteroidales）（16．5％±10．2％）、瘤胃菌科（’Ruminococcaceae）（14．7％±13．8％）和梭菌目（’Clostridiales）（13．7％±3．9％）含量相对较高。3）OTUs稀释曲线均未达到平台期，说明测序深度不足以覆盖所有的菌群。4）非加权聚类图（PUGMA）显示样品B和E、C和F的菌群多样性相似度较高，而样品A和其他样品的相似度相对较低。由此可见，在正常状态下，健康林麝粪便分布有23个门类细菌群落，以Firmicutes、Bacteroidetes和Proteobacteria为优势菌群，进一步将林麝粪便细菌群落细分为240个属且发现林麝个体间菌群差异性较小且与其他草食动物优势菌群结构相似。
- 周美丽王立志闫天海杨营徐琴王继文郭伟
- 关键词：林麝菌群结构
