田宇
- 作品数：11 被引量：22H指数：2
- 供职机构：东北农业大学生命科学学院更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金黑龙江省自然科学基金哈尔滨市科技创新人才研究专项资金更多>>
- 相关领域：农业科学更多>>
- 小麦DEAD-box基因家族鉴定及其低温下的表达模式分析被引量：1
- 2022年
- DEAD-box RNA解旋酶是RNA代谢途後中的关键酶,在RNA代谢过程中调控植株的生长发育和抗逆性。目前,尚未见有人对小麦DEAD-box基因家族进行系统鉴定与分析。为探究小麦DEAD-box基因的功能,本研究以水稻DEAD-box基因家族基因为参照,从小麦全基因组数据库中共鉴定到134个小麦DEAD-box家族基因,并利用生物信息学对其家族成员的理化性质、基因结构、进化树和共线性进行分析。结果表明,小麦DEAD-box蛋白多数为弱碱性蛋白,亚细胞定位分布广泛,核分布最多;小麦与水稻DEAD-box家族基因亲缘性较高,小麦DEAD-box蛋白结构域与核心基序排列有序稳定,高度保守;小麦DEAD-box家族基因在进化过程中可能发生了节段性复制事件,水稻与小麦DEAD-box基因无序共线性连线,说明DEAD-box基因在进化过程中可能存在染色体异位突变。进一步以强抗寒冬小麦品种东农冬麦1号(Dn1)和东农冬麦2号(Dn2)为材料,对其转录组库中低温差异表达的7个DEAD-box基因进行qRT-PCR分析,结果表明,这7个基因在不同品种和不同组织中表达量均有差异。Dn1中DEAD-box基因的表达量在-10℃达到峰值,而Dn2中DEAD-box基因的表达量在-25℃达到峰值。
- 齐越于晶苍晶田宇彭瞰看王多佳王政委任治鹏梁伊王晓楠孟婧
- 关键词：小麦DEAD-BOX生物信息学QRT-PCR低温胁迫
- 冬小麦东农冬麦1号在不同温度下的代谢组学差异分析被引量：8
- 2017年
- 为明确东农冬麦1号耐寒越冬的生理机制,对不同温度条件下的东农冬麦1号幼苗分蘖节进行GC-TOF/MS代谢组学检测,并采用SIMCA软件对获得的代谢组学数据进行多元变量模式识别分析。结果表明,对温度变化反应明显的代谢产物有54个,对其进行KEGG分析发现,变化显著的代谢通路为:精氨酸和脯氨酸代谢;甘氨酸、丝氨酸和苏氨酸代谢;丙氨酸、天冬氨酸和谷氨酸盐代谢;丙酮酸代谢;糖酵解和糖异生以及肌醇磷酸盐代谢。分析不同温度下以上代谢通路中的差异化合物发现,室内培养组中,分蘖节中的γ-氨基丁酸、蔗糖-6-磷酸以及尿素等含量显著提高,使植株保持了较高的氮素含量,揭示了较高温度下(室内)小麦出现徒长的原因。研究结果可为进一步研究冬小麦越冬的生理特性提供新的研究思路。
- 包雨卓杨宁苍晶冯明芳吕岩彭瞰看田宇张达王军虹孟婧
- 白桦花发育基因BpMADS3对玉米的遗传转化及功能验证被引量：2
- 2017年
- MADS-box基因编码多种具有重要生物学功能的转录调节因子,能够激活或抑制其他基因的转录,在调节植物根、叶、花和果实的发育尤其在开花植物花的发育过程中起到重要的调控作用。将东北白桦树中克隆得到的BpMADS3基因导入玉米中,验证其在玉米中的功能。结果表明,利用In-Fushion技术成功构建了BpMADS3基因的单子叶植物表达载体pTF101.1-T-nos-Ubi-BpMADS3,采用花粉管通道法将该基因导入玉米自交系合344中,获得5个T2代PCR和RT-PCR阳性株系,转基因株系H1-25和H1-76的散粉期和抽丝期均比对照提前,穗重、穗长、穗粗和百粒重等产量相关性状显著或极显著高于对照。研究结果初步证明,BpMADS3基因的导入对玉米花期提前和产量增加有一定的功效。
- 刘励蔚田宇邓艳雪王振华邸宏
- 关键词：玉米
- ABA及氟啶酮调控下冬小麦分蘖节抗寒相关蛋白的鉴定与分析
- 2018年
- 为了研究ABA调控下冬小麦在蛋白质水平上的抗寒分子机制,以强抗寒冬小麦品种东农冬麦1号为材料,在外源ABA及氟啶酮处理后,于大田自然降温至4℃和-25℃时取分蘖节进行蛋白质双向电泳分析。对各处理组的双向电泳结果进行软件分析可知,4℃下得到可匹配的蛋白点587个,-25℃下得到可匹配蛋白点394个。筛选后选择差异显著的24个蛋白点进行质谱分析,经鉴定这些蛋白包括逆境蛋白(WCI16、LTR-Rbps、CORs)、代谢相关蛋白(PGAM、PGK、26sRP、ATPase-β、GST1、GST、GSTF5)、转录翻译相关蛋白(BTFs、eIF4A、eIF5A)和未知蛋白。
- 杨宁包雨卓赵浡彤吕岩彭瞰看田宇徐庆华于晶王军虹苍晶
- 关键词：双向电泳
- 小麦miRNA启动子的基因组分析被引量：1
- 2021年
- MicroRNA(miRNA)是一类非编码RNA,与植物的生长发育及胁迫响应密切相关。为给小麦miRNA的转录调控以及新miRNA的预测提供参考依据,本研究通过小麦miRNA基因定位、启动子预测以及顺式作用元件鉴定等方法对小麦miRNA启动子进行了基因组分析,结果表明,小麦基因组中有105个pre-miRNA位于150个基因座上,大部分为单拷贝。148个miRNA基因座具有潜在启动子区域,其中115个miRNA基因至少能够预测到一个启动子。保守性及基因位置不同的miRNA的启动子转录起始位点(TSS)分布也稍有不同,但大多数位于上游序列近端区域。对miRNA基因TSS上游序列的顺式作用元件分析发现,miRNA启动子区域存在与胁迫响应相关的基序,且小麦中存在3个miRNA启动子特异性基序。61.4%的小麦miRNA启动子区域有CpG岛分布。
- 任治鹏王多佳田宇娄贵成李畅王政委张达苍晶
- 关键词：小麦MIRNA启动子顺式作用元件基因组
- 冬小麦lncRNA1808调控PPP限速酶(Ta6PGDH)抗寒应答研究被引量：2
- 2022年
- 为探索lncRNA1808调控Ta6PGDH应答寒胁迫的机制,以冬小麦品种东农冬麦1号(Dn1)为材料,应用生物信息学分析了lncRNA1808和Ta6PGDH的生物学特性和功能,预测了lncRNA1808-Ta6PGDH互作关系和共表达趋势;应用real-time PCR鉴定小麦分蘖节和叶片的lncRNA1808和Ta6PGDH寒胁迫下表达谱变化。结果显示,lncRNA1808为lncRNA,不具备编码能力,富含稳定的茎环结构;lncRNA1808与Ta6PGDH的启动子序列含多种响应环境因子的顺式作用元件;预测lncRNA1808-Ta6PGDH互作并协同共表达;Dn1分蘖节和叶片的lncRNA1808和Ta6PGDH的表达谱与协同共表达分析一致,表达趋势上调。本研究初步揭示了冬小麦lncRNA1808调控PPP限速酶Ta6PGDH的抗寒应答机制。
- 李沅珊彭瞰看田宇任治鹏苍晶徐庆华王军虹
- 关键词：冬小麦
- 冬小麦东农冬麦1号miR5049-3p和miR1120a前体与靶基因的克隆及低温和ABA作用下的表达调控被引量：2
- 2018年
- 为研究外源ABA对miRNA响应低温胁迫的影响,利用实验室已有的冬小麦品种东农冬麦1号miRNA库,通过生物信息学手段筛选出了与糖代谢相关差异表达的miR5049-3p和miR1120a,预测出其靶基因分别为6PGL(6-磷酸葡糖酸内酯酶基因)和FBA(果糖-1,6-二磷酸醛缩酶基因)。生物信息学分析表明,两种miRNA的前体序列均能形成稳定的茎环结构,但其成熟体的碱基保守性较差,它们的启动子序列包含多种响应环境因子的顺式作用元件。经qRT-PCR分析,随着温度的降低,miR5049-3p和miR1120a分别与其靶基因呈负相关调控;外源ABA处理后,随着温度的降低,miR5049-3p和miR1120a的表达量皆呈"升-降-升"的趋势,其靶基因表达则相应明显降低,表明mi5049-3p和miR1120a可能分别负向调控靶基因6PGL和FBA,进而介导糖代谢途径来响应低温胁迫。
- 彭瞰看田宇杨宁吕岩赵虎宋春华李海丹徐庆华苍晶
- 关键词：冬小麦MIRNAS糖代谢
- 冬小麦miR172响应抗寒的特征分析
- 2023年
- 东农冬麦1号(Dn1)是我国首个能在黑龙江省高寒地区安全越冬的强抗寒冬小麦品种。为了解tae-miR172在Dn1抗寒中的调控机制,本研究克隆了Dn1中tae-miR172的前体pre-tae-miR172,根据生物信息学分析预测其靶基因为AP2dn1(TraesCS5D02G486600)。通过农杆菌介导的烟草瞬时表达试验,进一步证明tae-miR172靶向AP2dn1;利用qRT-PCR技术对大田越冬期Dn1分蘖节中pre-tae-miR172和Ap2dn1的相对表达量进行分析。结果表明,pre-tae-miR172的表达量随温度降低呈先升后降的变化趋势,而靶基因Ap2dn1的表达量变化趋势则相反,说明tae-miR172负调控Ap2dn1的表达。
- 王多佳王政委任志鹏彭瞰看田宇张达徐庆华苍晶
- 关键词：冬小麦低温胁迫
- 小麦G6PDH基因的生物信息学分析及其低温胁迫下苗期的表达特征被引量：6
- 2019年
- 葡萄糖-6-磷酸脱氢酶(G6PDH)是戊糖磷酸途径(PPP)的关键酶,可为小麦(Triticum aestivum)的生物合成提供NADPH以及一些中间代谢产物,并且在小麦生长发育及响应胁迫方面也发挥重要作用。本研究对基因组数据库中获得的12条小麦G6PDH蛋白序列及其基因序列进行一系列生物信息学分析,结果表明,12条小麦G6PDH蛋白分别定位于细胞质及质体中,且均为亲水、不稳定蛋白。从系统发生树的进化和亲缘关系上可以看出,12条小麦G6PDH蛋白分别属于胞质和质体亚型。不同亚型的G6PDH蛋白保守Motif的种类和数量有所不同,不同亚型的基因结构也具有明显差别。qRT-PCR结果表明,低温胁迫下,3种亚型(胞质亚型、质体P1和P2亚型)的小麦TaG6PDH基因均被不同程度地诱导表达,并且均随着温度的降低而升高,预示着G6PDH在小麦抗寒方面发挥正向调节作用。
- 田宇彭瞰看宋春华于萍刘楠包雨卓孟婧徐庆华苍晶
- 关键词：小麦逆境胁迫
- 六倍体小麦CBS基因家族全基因组分析被引量：2
- 2020年
- Cystathionineβ-synthase(CBS)基因家族在植物生长发育以及响应胁迫过程中具有重要作用,目前对CBS基因家族的研究报道较少。异源六倍体普通小麦(Triticum aestivum L.,AABBDD)作为重要的粮食作物,其CBS基因尚未得到系统研究。为研究小麦中CBS基因的特征,本研究对小麦全基因组进行了分析,共发现136个属于32个同源组的CBS基因,系统发育树分析将其分为8组。将这些基因定位于小麦染色体上,并对它们的基因结构、保守基序以及结构域做进一步分析,发现三联体中的CBS结构域蛋白(CDCP)具有相似的结构。在不同温度下,大多数CBS基因的三联体具有相似的表达模式。在低温及冻害条件下CBS基因在小麦抗寒过程中发挥重要作用。
- 郭富烨苍晶卢秋巍田宇宋春华任志鹏孙仙泽樊晓培王多佳付连双
- 关键词：小麦CBS进化基因家族胁迫
