刘畅 作品数:26 被引量:27 H指数:3 供职机构: 广西医科大学第一附属医院 更多>> 发文基金: 国家自然科学基金 广西壮族自治区自然科学基金 广西中医学院高学历科研启动基金 更多>> 相关领域: 医药卫生 核科学技术 生物学 环境科学与工程 更多>>
乳腺癌中PBK/TOPK mRNA表达的临床意义及功能预测 被引量:2 2021年 目的通过生物信息学分析PDZ结合激酶/T-淋巴因子激活的杀伤细胞来源的蛋白激酶(PBK/TOPK)在乳腺癌(BRCA)中的表达及临床意义,并预测其潜在的分子通路和生物学功能。方法挖掘Oncomine数据库分析PBK/TOPK信使核糖核酸(mRNA)在不同癌症中的表达情况。下载癌症基因组图谱(TCGA)数据库BRCA和正常乳腺组织的RNA测序数据和临床信息,分析PBK/TOPK mRNA表达与临床特征的相关性。应用Kaplan-Meier Plotter数据库进行生存分析。通过筛选PBK/TOPK相关基因,并进行功能富集分析,预测PBK/TOPK在BRCA中的潜在分子通路和生物学功能。结果PBK/TOPK基因在BRCA组织中的表达显著高于正常乳腺组织(P<0.05),并与雌激素受体(ER)、孕激素受体(PR)、三阴性乳腺癌(TNBC)和绝经状态存在关联性(P<0.05)。生存分析结果显示,PBK/TOPK基因高表达提示BRCA预后不良(P<0.05)。功能富集分析显示PBK/TOPK相似基因主要涉及BRCA细胞分裂、细胞周期调节和微管细胞骨架形成等生物功能,参与BRCA细胞周期等信号通路。结论PBK/TOPK mRNA在BRCA组织中高表达,与BRCA患者预后不良密切相关,可能是BRCA潜在的生物标志物和治疗靶标。 李枫 李冰滢 谢欢 刘畅 张庆梅 罗彬 葛盈盈 农蔚霞 陈芳 谢小薰关键词:乳腺癌 生物信息学 人胶质瘤中HIF1A和MAGED4的表达及调控关系初探 被引量:2 2022年 目的探讨缺氧诱导因子1A(HIF1A)和黑色素瘤相关抗原D4(MAGED4)在人胶质瘤中的表达情况,并分析HIF1A对MAGED4表达的影响。方法通过基因表达谱交互式分析(GEPIA)数据库收集人胶质瘤组织样本数据681例,正常脑组织样本数据207例,比较其MAGED4 mRNA和HIF1A mRNA表达水平。通过中国胶质瘤基因组图谱(CGGA)数据库中下载693例胶质瘤患者的mRNA-seq_693数据集及相应的临床信息,分析MAGED4 mRNA和HIF1A mRNA表达的相关性,以及二者与患者临床特征指标的关联性。应用氯化钴模拟体外缺氧环境,通过实时荧光定量聚合酶链式反应(RT-qPCR)和蛋白免疫印记(WB)实验探讨沉默胶质瘤细胞HIF1A表达对MAGED4表达变化的影响。结果基于GEPIA数据库的分析结果显示,低级别胶质瘤(LGG)和胶质母细胞瘤(GBM)组织的HIF1A mRNA和MAGED4 mRNA水平均高于正常脑组织,差异有统计学意义(P<0.05)。基于CGGA数据库的分析结果显示,MAGED4 mRNA表达水平与HIF1A mRNA表达水平呈正相关(r=0.322,P=0.000)。MAGED4 mRNA高表达组年龄<40岁、异柠檬酸脱氢酶(IDH)突变型的人数比例大于MAGED4 mRNA低表达组,差异有统计学意义(P<0.05),两组性别、肿瘤类型、世界卫生组织(WHO)肿瘤分级,O6-甲基鸟瞟-DNA甲基转移酶(MGMT)启动子甲基化状态、1p/19q共缺失情况比较差异无统计学意义(P>0.05)。将HIF1A siRNA转染至U87-MG和U251细胞,并在缺氧条件下培养48 h,RT-qPCR和WB实验结果显示,HIF1A下调后,MAGED4的表达水平也显著下降。结论HIF1A和MAGED4均高表达于胶质瘤,且两者呈正相关。胶质瘤细胞中HIF1A可调控MAGED4的表达。 王平 闭水清 刘畅 农蔚霞 邹小琼 薛春红 王燕靖 李枫 张庆梅 谢小薰关键词:胶质瘤 缺氧诱导因子1A 氯化钴 原发性胃弥漫大B细胞淋巴瘤生存情况及预后影响因素分析 被引量:3 2018年 【目的】探讨原发性胃弥漫大B细胞淋巴瘤(PG—DLBCL)的生存情况及预后影响因素。【方法】回顾分析41例PG-DLBCL患者的临床资料,应用Kaplan—Meier法进行生存分析及单因素分析。【结果】41例PG-DL—BCL患者1年、2年、3年总生存率分别为77.3%、62.8%、62.8%。单纯手术治疗预后不良;化疗6周期以上的PG-DLBCL患者,单纯化疗与手术联合化疗的生存率相比较差异无显著性(P〉0.05);化疗6周期以上者生存率明显高于化疗6周期以下者(P〈0.05);R—CHOP化疗方案预后优于CHOP方案。单因素分析显示B症状、Lugano分期的ⅡE~Ⅳ期、国际预后指数(IPI)评分3~5分、外周血中性粒细胞与淋巴细胞比值(NLR)≥3.5、CA125增高、乳酸脱氢酶(LDH)升高是PG-DLBCL患者预后不良的影响因素(P〈0.05)。【结论】B症状、LuganoⅡE~Ⅳ期、IPI3~5分、外周血NLR≥3.5、CA125增高、LDH水平升高是PG-DLBCL预后不良的影响因素。治疗上推荐以化疗为主的方案,化疗疗程在6周期以上及加用利妥昔单抗的化疗方案可改善患者预后。 黄凤祥 刘畅 吕桂阳 莫钦丽 马劼 彭志刚关键词:淋巴瘤 胃肿瘤 预后 肝细胞癌差异表达的癌—睾丸抗原筛选及表达初步验证 2022年 目的:通过生物信息学方法筛选肝细胞肝癌(HCC)相关癌—睾丸抗原(CTA)并进行实验验证,为HCC免疫靶向治疗奠定基础。方法:通过GEPIA数据库筛选HCC中显著差异表达CTA,再用LinkedOmics数据库分析这些CTA与HCC预后的关系,并获取与这些CTA正相关的共表达基因集,进一步用DAVID数据库对这些CTA进行功能分析。共收集32例HCC组织,选择其中10例配对癌旁组织,通过实时荧光定量PCR(RT-qPCR)检测CTA mRNA表达。结果:通过生物信息学的方法,筛选出HCC中5个显著差异表达且与预后相关的CTA:NUF2、PBK、KIF2C、OIP5和SPA17;进一步对这5个CTA进行功能预测,发现它们主要参与转录及其调控、细胞分裂、纤毛形态发生等生物学过程,涉及细胞周期、剪接体及RNA运输等信号通路。RTqPCR结果显示,NUF2和PBK在HCC组织中的表达显著高于癌旁组织。结论:CTA NUF2和PBK高表达于HCC,有望成为HCC潜在的治疗靶点。 李晓莹 刘畅 李鑫 薛春红 农蔚霞 葛盈盈 张庆梅 谢小薰 罗彬 曾麒燕关键词:肝细胞癌 生物信息学分析 Involvement of X-chromosome reactivation in augmenting cancer testis antigens expression:A hy pothesis 2021年 Cancer testis antigens(CTAs)are attractive targets for tumor imm unotherapy because of their tumor specific expression,Since more than half of confirmed CTAs are located on the X-chromosome,we asked whether there is a link between CTA expression and X-chromosomes.Recent reports have shown that reactivation of the inactive X-chromosome,known as X-chromosome reactivation(XCR),a unique phenomenon that exists in many high-risk tumors in women,can transform the expression of many X-linked genes from monoallelic to biallelic. 刘畅关键词:ANTIGENS REACTIVATION CANCER 人脑胶质瘤MAGE-D4和CDC25A的表达及其相关性 被引量:2 2020年 目的:研究黑色素瘤相关抗原基因-D4(MAGE-D4)和细胞分裂周期蛋白25A(CDC25A)在人脑胶质瘤(胶质瘤)中的表达水平和临床意义,并探究二者的关系。方法:利用GEPIA在线数据库分析胶质瘤组织中MAGE-D4和CDC25A的表达情况,然后收集47例胶质瘤组织,逆转录实时荧光定量聚合酶链反应(PT-qPCR)验证MAGE-D4和CDC25A的表达,并进一步统计分析其与临床病理指标的关系及二者表达相关性。结果:GEPIA数据库显示MAGE-D4与CDC25A在胶质瘤组织中均高表达(P<0.05);PT-qPCR结果显示所检测的胶质瘤组织MAGE-D4 mRNA和CDC25A mRNA的表达水平均明显高于正常脑组织,且二者表达呈明显正相关关系(r=0.3174,P<0.05);此外,MAGE-D4 mRNA的表达与WHO分级和Ki-67表达相关,而CDC25A mRNA表达仅与WHO分级相关(P<0.05)。结论:CDC25A与MAGE-D4在胶质瘤组织中呈正相关关系,提示二者可能共同在胶质瘤的发生发展中发挥重要作用,可能成为胶质瘤生物治疗的潜在靶点。 张之碧 张庆梅 张庆梅 刘畅 罗彬 葛盈盈 罗彬 沈宁 肖绍文 陈芳关键词:CDC25A 胶质瘤 胶质瘤中hsa_circ_0021350的表达情况及临床意义研究 被引量:2 2022年 目的探讨hsa_circ_0021350在胶质瘤中的表达及临床意义,初步评价其应用于胶质瘤诊断和治疗的潜力。方法选择2016年1月至2022年5月在广西医科大学第一附属医院神经外科经手术获取的胶质瘤组织标本40例(高级别胶质瘤22例,低级别胶质瘤18例),正常脑组织标本10例。通过RNase R消化联合逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)验证hsa_circ_0021350的环状特性。通过TA克隆测序法鉴定实时荧光定量PCR(qRT-PCR)扩增产物。比较高级别胶质瘤、低级别胶质瘤和正常脑组织hsa_circ_0021350的表达水平。分析hsa_circ_0021350表达与胶质瘤患者临床病理指标的关联性。结果该研究所设计的发散引物可有效特异扩增hsa_circ_0021350。经验证,hsa_circ_0021350呈环状,且能耐受RNase R消化。qRT-PCR实验结果显示,高级别胶质瘤和低级别胶质瘤hsa_circ_0021350的表达水平均高于正常脑组织,且高级别胶质瘤hsa_circ_0021350的表达水平较低级别胶质瘤更高,差异有统计学意义(P<0.05)。hsa_circ_0021350的表达与胶质瘤分级和ki67阳性率具有显著关联性(P<0.05)。结论hsa_circ_0021350在胶质瘤,尤其是高级别胶质瘤中呈高表达,且与肿瘤增殖因子ki67相关,是胶质瘤诊断和治疗的潜在分子靶点。 邹小琼 薛春红 王平 王燕靖 李鑫 刘畅 农蔚霞 李枫 陈芳 张庆梅 罗彬 谢小薰关键词:胶质瘤 分子靶点 胶质母细胞瘤循环肿瘤细胞的研究进展 2018年 胶质母细胞瘤(glioblastoma, GBM)是恶性程度极高的肿瘤,即使在手术、放射治疗和化学治疗等多重方案联合治疗下,大部分GBM患者还是因复发死亡。胶质母细胞瘤患者预后极差不仅与肿瘤细胞侵袭和增殖相关,而且还与肿瘤监测手段尚欠成熟有关。研究发现循环肿瘤细胞(circulating tumor cells, CTCs)能够在GBM患者血液中能检测到,它在GBM的复发过程中发挥极其重要的作用。因此,胶质母细胞瘤CTCs的检测技术及其临床意义成为当下研究热点之一。 谭呼 刘畅 张庆梅 肖绍文关键词:胶质母细胞瘤 循环肿瘤细胞 肿瘤相关抗原MAGE-D4在肝细胞癌中的表达及其意义 被引量:4 2021年 目的探讨肿瘤相关抗原MAGE-D4在肝细胞癌(HCC)中的表达情况,并分析其临床意义。方法基于癌症基因组图谱(TCGA)数据库,获取371例HCC组织和50例正常肝组织的转录数据。应用数据挖掘工具UALCAN分析HCC组织中MAGE-D4 mRNA的表达情况,并筛选与其表达相关的基因。应用Kaplan-Meier Plotter分析MAGE-D4 mRNA表达水平与患者生存预后的关系。另收集于广西医科大学第一附属医院2009年6月至2011年8月经手术获取的HCC标本70例,癌旁组织标本30例,采用免疫组织化学法(IHC)检测MAGE-D4蛋白的表达情况,并分析其与患者临床指标的关联性。结果基于TCGA数据库数据的分析结果显示,MAGE-D4 mRNA在HCC组织中的表达水平显著高于正常肝组织(P<0.05),且与甲胎蛋白(AFP)mRNA表达呈正相关(r=0.556,P=0.000)。生存分析结果显示,MAGE-D4 mRNA高表达与黄种人HCC患者不良生存预后具有显著关联(HR=1.860,P=0.037)。基于临床获取标本的分析结果显示,MAGE-D4蛋白主要定位于细胞质和细胞核,HCC组织的MAGE-D4高表达率显著大于癌旁组织(48.57%vs 23.33%;χ^(2)=5.530,P=0.019)。MAGE-D4高表达组HCC患者血清AFP浓度≥400μg/L的人数比例显著大于低表达组(P<0.05),但两组在性别、年龄、肿瘤级别、肿瘤分期、肿瘤直径、癌栓和乙型肝炎病毒(HBV)感染等方面比较差异无统计学意义(P>0.05)。结论MAGE-D4在HCC组织中高表达,其可能在HCC的发生和发展过程中发挥重要作用,有望成为HCC的潜在治疗靶点和预后标志物。 罗鑫 沈宁 刘畅 张沅 林丽娜 李枫 李冰滢 肖绍文 陈芳 张庆梅关键词:肝细胞癌 预后 肾嫌色细胞癌ceRNA调控网络的构建与分析 2021年 目的构建肾嫌色细胞癌(CRCC)的内源竞争性RNA(ceRNA)调控网络,筛选出与CRCC预后相关的信使RNA(mRNA)、长非编码RNA(lncRNA)和微小RNA(miRNA),为CRCC的诊断和预后提供理论依据。方法提取TCGA数据库中CRCC样本(65例)和正常肾样本(24例)的转录组数据,以错误发现率(FDR)<0.05,差异倍数的对数绝对值(log2|FC|)>2为条件筛选差异表达(DE)的lncRNA、miRNA和mRNA,据此构建ceRNA调控网络。应用Kaplan-Meier法探讨与CRCC患者预后相关的因子,据此进一步构建蛋白-蛋白互作(PPI)网络,并进行GO与KEGG富集分析。结果共筛选出3679个DElncRNA,297个DEmiRNA和5914个DEmRNA。mRNA下调的ceRNA网络包含DEmiRNA 95个、DEmRNA 268个、DElncRNA 737个;mRNA上调的ceRNA网络包含DEmiRNA 85个、DEmRNA 234个、DElncRNA 924个。Kaplan-Meier分析筛选出3个DEmRNA(DEPDC1、SLC7A11和E2F7)和1个DEmiRNA(miR-26b-5p)与CRCC预后存在关联(P<0.05)。以DEPDC1、SLC7A11和E2F7构建的PPI网络中共含有8个mRNA(TOP2A、DEPDC1、SLC3A2、E2F8、SLC7A11、E2F1、TP53和E2F7)参与蛋白互作,GO和KEGG富集分析显示,这些互作蛋白功能主要富集于DNA损伤反应、p53介导的细胞组织与启动子特异结合、铁死亡,以及肿癌疾病相关信号通路。结论该研究通过构建CRCC的ceRNA调控网络筛选出与其预后相关的关键RNAs,为CRCC的诊断和治疗提供了理论依据。 李冰滢 刘畅 李枫 张庆梅 罗彬 葛盈盈 农蔚霞 陈芳 肖绍文 谢小薰关键词:肾嫌色细胞癌 信使RNA 微小RNA