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蛋白质中的长距离非线性相关: 别构相互作用在蛋白质中是普遍存在的。在蛋白质中或蛋白质间信号是如何进行长距离传递的，这仍然是一个难题。目前关于蛋白质网络的研究主要局限在静态结构，以分子动力学模拟为基础的运动相关性研究以线性相关为主。我们发现在许多蛋白质...; 龙施洋田圃; 关键词：变构效应

辽宁省东部山区长角血蜱中SFGR DNA的检测和序列分析被引量：2: 2018年; 目的调查辽宁省东部地区蜱类携带斑点热群立克次体(SFGR)情况及种型分布。方法采集辽宁省本溪、宽甸长角血蜱,提取DNA,采用PCR扩增SFGR ompA基因,并进行测序和聚类分析。结果 65份(368只)长角血蜱标本有7份扩增出SFGR OmpA基因片段,阳性率为10.77%。对其中3份标本的扩增片段(BH36、BH30、KD9)测序后进行聚类分析,ompA基因序列与SFGR河北株暂定种Candidatus R.hebeiii(HQ651815、HQ651817)同处于一个分支,同源性为99.83%~100%;与R.heilongjiangensis和R.japonica遗传距离较近,与其他SFGR遗传距离较远。结论辽宁省东部地区长角血蜱携带SFGR Candidatus R.hebeiii,且感染较普遍。; 王卓王建伟杨慎江于淼寇庆河冯立王秀红田圃吴益民; 关键词：斑点热群立克次体长角血蜱 PCR

一种流形进化图构建方法、装置、设备及可存储介质: 本发明适用数据处理技术领域，提供流形进化图构建方法、装置、设备及可存储介质，包括：构建基本组分序向量树；基本组分序向量树包括至少一个主序列节点及主序列节点的基本组分序向量和权重向量；根据主序列节点的基本组分序向量和权重向...; 田圃; 文献传递

东北地区蜱传斑点热群立克次体的分子流行病学研究被引量：10: 2018年; 目的调查东北地区蜱感染斑点热群立克次体(SFGR)情况及其种型分布。方法 2012-2014年5-6月,采用人工布旗法在东北3省9个市(县)和黑瞎子岛不同生境采集游离蜱以及家畜(牛、羊)体表寄生吸血蜱并鉴定;采用PCR方法对蜱种进行检测,对检出的阳性样本进行测序和序列分析,并建立分子系统进化树。结果蜱的SFGR阳性率为11.43%,不同地区SFGR阳性率差异无统计学意义(χ~2=7.683,P=0.566);不同蜱种SFGR感染率差异亦无统计学意义(χ~2=6.354,P=0.174)。5份嗜群血蜱标本及1份日本血蜱标本、1份森林革蜱标本与Rickettsia heilongjiangensis 054株(AF179362.2)和HL-93株(AF179364.1)聚为一支,同源性为99.30%~100%;3份长角血蜱标本与Candidatus R.hebeiii(QHD-3.HQ651817.1、TS-1.HQ651818.1、QHD-1.HQ651815.1)聚为一支,同源性为99.83%~100%;4份森林革蜱标本与R.sp.Dn S14(AF009130.2)和吉林株R.sp.JL-02(AY093696.1)聚为一支,同源性为98.79%~100%。结论东北地区蜱类SFGR感染普遍,存在感染SFGR蜱种的多样性和SFGR基因型多样性特点,提示该地区人群应重视对蜱传斑点热的防护,同时应加强患者症状的鉴别与诊断能力。; 王卓王建伟于淼邢悦鹏冯立杨义军王秀红田圃吴益民; 关键词：斑点热群立克次体聚合酶链式反应

自然折叠状态下溶菌酶主链构象分组及熵与能量的分析: 本文主要研究在于次毫秒级时间尺度上,对溶菌酶自然折叠状态下进行分子动力学模拟,用以研究整个溶菌酶在自然折叠状态下的构象空间,来分析溶菌酶在自然折叠状态下结构与功能的热力学与动力学关系。我们采用主链二面角分组方法,同时区分...; 王凯田圃; 关键词：分子动力学模拟; 文献传递

蛋白质构象空间及相关性对蛋白质构象空间的影响: 自然折叠状态下的蛋白质有较为稳定的构象,我们通过分子模拟的方法对自然折叠状态下蛋白质的构象空间进行研究.我们对溶菌酶(含129个氨基酸)进行了200um的分子动力学模拟,分别对主链和侧链二面角进行分组(对一个二面角,两个...; 龙施洋田圃; 关键词：互信息; 文献传递

东北边境地区啮齿动物中新埃立克体感染调查及groEL基因序列分析被引量：6: 2019年; 目的了解东北地区啮齿动物新埃立克体(Candidatus Neoehrlichia mikurensis,Nm)感染及基因型分布情况。方法采用巢式PCR检测从辽宁省宽甸、吉林省集安林区及黑龙江省密山耕地捕获的啮齿动物中Nm groEL DNA,对阳性扩增产物进行测序和遗传进化分析。结果 PCR检测鼠脾标本共181份,阳性5份,阳性率为2.76%。不同地区及不同鼠种Nm检出阳性率无明显差异。遗传进化分析显示,从宽甸、集安黑线姬鼠和大林姬鼠检出的5份Nm groEL基因序列与俄罗斯亚洲地区以及我国东北地区Nm同源性最高,基因型为ClusterⅠ型。结论我国东北东部边境地区鼠类存在Nm感染,可能存在Nm自然疫源地。; 王卓王建伟于淼冯立王秀红许志伟田圃吴益民; 关键词：宿主动物 PCR

不同时间尺度下α-氨基酸主链二面角的相关性研究: 信号如何在蛋白质内部传导在生物学领域是一个十分重要的问题。因为目前计算机的计算能力仍然有限，所以单纯依赖分子动力学模拟方法很难探究蛋白质在长时间尺度下的内部信号传导问题。; 杜泊船田圃

分子体系自由能地貌图的变分分析及AI算法实现: 2024年; 精确描述复杂分子体系的自由能地貌图是理解和操控其行为,并进一步实现分子设计制造工业化的重要基础.刻画高维空间自由能地貌图的主要挑战是其往往在不同时空间尺度上具有多个层次,每个层次都可能有不止一个亚稳态被相应的自由能垒分开,且跨越路径有可能不止一条.另外很多体系涉及非线性行为,这使得理论解析和直接使用分子模拟都有很大困难.针对这些挑战,多年来研究者们发展了多种多样的增强采样方法,但往往需要很多经验选择和操作,从而一方面使得研究进程较为缓慢,另一方面也让误差控制成为困难.变分虽然在物理、统计和工程中已经被广泛应用并取得巨大成功,但在复杂分子体系中的应用却随着神经网络的发展刚刚开始.本文将对这些探索性工作的主要方向、进展和局限进行简要总结,也对将来的可能发展给出展望,希望能够激发更多对基于变分的分子体系自由能地貌图人工智能算法的关注和努力,促进大分子药物、分子生物机器等实践应用的发展.; 杜泊船田圃; 关键词：变分神经网络

一种基于基本组分序向量的单向编码无监督分类的方法: 本发明公开了一种基于基本组分序向量的单向编码无监督分类的方法，包括如下步骤：1.定义基本组分；2.对每一条记录，构建基本组分序向量；3.把基本组分序向量插入到多叉树中，4.所有记录都录入后多叉树构建完成；树中的每一个节点...; 田圃

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田圃