黎珊珊
- 作品数：3 被引量：3H指数：1
- 供职机构：广西医科大学第一附属医院更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金广西壮族自治区自然科学基金更多>>
- 相关领域：医药卫生更多>>
- 人类miRNA-613的靶基因预测及生物信息学分析
- 2019年
- 目的利用生物信息学技术分析及预测人类miRNA-613(hsa-miR-613)的靶基因及其可能参与的生物学过程,为更深入的研究微小RNA与心脏疾病的关系提供基础。方法通过miRbase数据库和UCSC Genome Browser获取hsa-miR-613的序列及其染色体定位和物种间保守性等基本信息。应用miRDB、Target Scan、miRanda、DIANA-microT对hsa-miR-613进行靶基因预测取交集,合并miRTarbase数据库中已被实验证实的靶基因作为基因集,进行功能注释(GO分析)和pathway信号通路富集分析。结果 hsa-miR-613在物种间高度保守,其靶基因功能富集于血管发育、细胞增殖发育等生物学过程。靶基因存在于细胞各个组分,例如细胞质、细胞器、黏着斑等,其分子功能富集于蛋白结合和转录因子活性的调控等(P <0.05)。信号通路分析提示靶基因的信号通路显著富集于突触囊泡循环、剪接体、PI3K-Akt信号通路、mTOR信号通路、黏着斑等通路中,以及包括先天性心脏病的先天性疾病、心血管系统疾病的相关通路中(P <0.05)。结论 hsa-miR-613预测的靶基因富集于多个生物学过程,与心脏发育过程密切相关,为进一步研究提供了生物学基础。
- 巢潇莺钟国强蒋智渊黎珊珊
- 关键词：靶基因生物信息学心脏疾病
- 慢性快速左心房起搏心房颤动犬内皮素1表达与胶原纤维分布变化的研究被引量：1
- 2016年
- 目的 检测慢性快速左心房起搏心房颤动（房颤）犬左、右心房内皮素-1（endothelin-1，ET-1）表达和胶原纤维分布的变化，探讨ET-1与房颤心房纤维化间的关系。 方法 16只雄性实验杂种犬随机分为假手术组、房颤1周组、房颤2周组、房颤4周组（每组4只）。快速左心房心外膜起搏构建慢性房颤犬模型。分别检测各组实验犬左、右心房ET-1和I型胶原（COL1）mRNA和蛋白表达水平。Masson氏染色法检测各组犬左、右心房胶原纤维沉积情况。 结果 （1）随着房颤时间的延长，实验犬左、右心房ET-1、COL1表达水平及胶原容积分数（CVF）逐渐增加（P〈0.05）。假手术组与房颤1、2、4周组犬胶原容积分数分别为左心房（3.25±0.51）%、（5.64±0.63）%、（11.45±1.98）%、（16.71±1.59）%，右心房（2.72±0.70）%、（6.46±0.73）%、（15.01±2.11）%、（20.70±2.37）%。（2）房颤2周后，实验犬右心房COL1表达和CVF高于左心房（P〈0.05），但左、右心房ET-1表达差异无统计学意义（P〉0.05）。 结论 慢性房颤犬左、右心房纤维化程度不均一，ET-1可能通过促进心房纤维化而在房颤发病中起着重要作用。
- 孙培震钟国强蒋智渊洪钰杰方曙温丽娜冯桂荣黎珊珊
- 关键词：心房颤动胶原I型
- 人类微小RNA-208a的靶基因预测及生物学过程和信号通路的生物信息学分析被引量：2
- 2016年
- 目的采用生物信息学技术预测人类微小RNA-208a(hsa-miRNA-208a)靶基因及分析其可能参与的生物学过程及信号通路。方法应用miRbase数据库和UCSC Genome Browser分析工具获取hsa-miRNA-208a的染色体定位、碱基序列和物种保守性等基本信息,利用miRanda、miRDB、Target Scan和miRwalk进行靶基因预测,采用miRwalk网站对靶基因取交集,合并有文献支持和经实验证实的靶基因作为基因集,对基因集进行功能富集分析(GO分析)和信号通路分析。结果hsa-miRNA-208a序列在各物种间高度保守。对Target Scan、miRDB、miRanda和miRwalk预测的靶基因进行交集后共得到16个靶基因(CPEB2、CSNK2A2、DLD、MTF2、FBXO28、LEP、SMAD4、NLK、GPR88、VPS13D、ZNF215、CHD9、SLC7A5、C19orf44、SLC45A3、MAP4K4),miRwalk、DIANA Lab Tar Base检索到已验证的靶基因分别为12个(CASP3、MRGPRX3、FPRL1、MED13、IL10、GATA4、HSH2D、MYH6、MYH7、TNNI3、CDKN1A、PAK3)和3个(SOX6、MTM1、TAB3)。GO分析结果显示靶基因富集于心室肌组织发育、心室形态发育、心腔发育、心肌发育、心脏发育以及细胞发育等生物学过程(P<0.05);信号通路分析结果显示靶基因富集于黏附连接、紧密连接、心肌收缩、Wnt信号通路以及病毒性心肌炎、肥厚型心肌病和扩张型心肌病的相关信号通路中(P<0.05)。结论 hsa-miRNA-208a参与心脏生长发育的生物学过程,与心肌疾病的发生密切相关。
- 黎珊珊钟国强蒋智渊温丽娜
- 关键词：生物信息学靶基因心肌疾病
