阮文斌
- 作品数：3 被引量：9H指数：2
- 供职机构：上海海洋大学水产与生命学院更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金浙江省重大科技专项基金浙江省自然科学基金更多>>
- 相关领域：生物学农业科学更多>>
- 文蛤生长因子受体结合蛋白2(GRB2)基因克隆、时空表达及SNP位点筛查被引量：6
- 2015年
- 为探索贝类GRB2基因的结构、功能特征,以及在贝类生长发育过程中的作用,实验通过已构建的文蛤转录组文库,利用SMART RACE技术扩增得到了文蛤GRB2基因的c DNA全长序列,对其生物信息学、组织及发育阶段表达特征进行了分析,并利用直接测序方法在外显子中筛选SNP位点。结果显示,GRB2基因c DNA全长1 791 bp,开放阅读框669 bp,编码223个氨基酸,蛋白由SH-SH2-SH3 3个结构域组成;氨基酸序列比对发现,文蛤G RB2与泥蚶的同源性最高,达到65.6%,与脊椎动物的同源性都在60%以上,说明GRB2基因在进化过程中比较保守。荧光实时定量PCR(qRT-PCR)结果表明,GRB2在文蛤6个组织和10个发育时期中均有表达,但不同组织间的表达量并没有显著差异;发育时期中的表达量呈现逐渐升高的趋势,在壳顶幼虫时期达到最高,之后表达量又有所降低。SNP位点的筛选结果表明,在G RB2基因的外显子区域共发现16个SNP位点。
- 高晓艳董迎辉施沈佳姚韩韩阮文斌赵家熙林志华
- 关键词：文蛤克隆SNP
- 文蛤粪卟啉原Ⅲ氧化酶基因克隆及与壳色性状的相关性分析被引量：2
- 2017年
- 粪卟啉原Ⅲ氧化酶(coproporphyrinogen-III oxidase,CPOX)是卟啉类化合物合成过程中的关键酶,而卟啉是形成机体色素的重要化合物。采用RACE方法克隆获得文蛤粪卟啉原Ⅲ氧化酶基因(MmCPOX)的cDNA序列,该序列全长1490 bp,其中开放阅读框1173 bp,编码390个氨基酸,预测分子量为12.04 ku,理论等电点为5.05;预测该酶含有跨膜结构域和Coprogen-oxidas结构域;从构建的系统进化树来看,软体动物门的文蛤、加州海兔和太平洋牡蛎首先聚在一起,显示出较近的亲缘关系。qRT-PCR结果显示,MmCPOX基因在文蛤早期发育的各个时期均有表达,但在D形幼虫期以后表达量显著升高;在文蛤成贝的7个组织中,外套膜和血液中表达量显著高于其他组织,表明其与血卟啉合成和壳色卟啉形成相关;在不同壳色文蛤中,红壳文蛤、暗纹文蛤、细纹文蛤的外套膜中表达量显著高于黑斑文蛤和白壳文蛤,表明其参与形成红色和褐色壳色。
- 詹艳玲董迎辉何琳阮文斌高晓艳林志华
- 关键词：文蛤壳色
- 文蛤亮氨酸氨肽酶LAP3的基因克隆及其在幼体不同发育时期、成体不同组织的表达分析被引量：1
- 2017年
- 为探索贝类LAP3基因的结构和功能特征以及在生长发育过程中的作用,利用cDNA末端快速扩增(RACE)法获得文蛤LAP3(Mm-LAP3)基因的cDNA全长序列,并对其生物信息学、组织及发育时期表达特征进行了分析。结果显示,Mm-LAP3基因cDNA全长2 037bp,ORF区1 254bp,编码417个氨基酸;Mm-LAP3蛋白由Peptidase_M17超家族序列的N-端结构域和Peptidase_M17催化结构域组成。荧光实时定量PCR结果表明,Mm-LAP3基因在文蛤成体6个组织和幼体10个发育时期中均有表达,其中在斧足中的表达量显著高于其他组织(P<0.05),这与斧足蛋白含量丰富、代谢旺盛相关;在幼体10个发育时期中的表达量呈现逐渐升高的趋势,在D形幼虫时期达到最高,随后又有所降低,推测Mm-LAP3基因在早期发育时期参与了某些组织器官的形成。
- 阮文斌董迎辉高晓艳刘晨珊林德海林志华
- 关键词：文蛤基因克隆
