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砀山酥梨4CL基因家族的全基因组鉴定与分析被引量：15: 2015年; 4-香豆酸:辅酶A连接酶(4CL)基因是植物调控木质素代谢、参与类黄酮和其他次生代谢产物合成的关键基因之一,而木质素的合成及聚合在细胞壁沉积导致部分薄壁细胞次生壁加厚形成石细胞。为更好了解砀山酥梨中4CL基因的种类和数量,本文利用砀山酥梨基因组的氨基酸和c DNA数据库对4CL基因家族进行筛选,分析了砀山酥梨基因组中4CL基因的种类、进化关系、物理定位、以及基因结构和保守基序。结果显示在砀山酥梨基因组中发现并初步确定了29个4CL基因,通过基因的定位分析发现除了4、8、11、12号染色体上没有4CL基因之外,其他染色体上都存在4CL基因;并且在9、17号染色体上还存在着基因簇。通过基因结构和进化树之间的比较,进一步确定了基因结构和进化之间的相互联系。研究结果为砀山酥梨4CL基因功能的深入分析奠定了基础。; 曹运鹏方志李姝妹闫冲冲丁庆庆程曦林毅郭宁蔡永萍; 关键词：砀山酥梨基因结构进化

梨Trihelix转录因子家族成员鉴定及表达分析被引量：1: 2021年; Trihelix转录因子可以和光应答相关的GT元件结合,因此又称GT转录因子。本研究从梨基因组中鉴定出16个Trihelix家族基因,依次命名为PbGT1~PbGT16,从同属于蔷薇科的草莓和桃基因组中分别鉴定出11和16个Trihelix家族基因。染色体定位与基因复制事件分析表明,梨、草莓和桃Trihelix家族成员分别分布在12、6和8条染色体上,且梨Trihelix家族存在片段复制事件。种间系统进化树分析表明,梨、草莓和桃Trihelix家族成员分为6个亚族,梨家族成员(PbGT)属于GT-2、Subfamily O和SIP1亚族。结合进化关系及qRT-PCR验证,筛选出PbGT15可能参与调控梨果实石细胞团木质化。; 韩文龙朱振李君茹陈天哲李国辉苏雪强金青程曦程曦; 关键词：比较基因组学木质化

梨Ⅲ型聚酮合成酶家族的比较基因组学研究及表达模式分析被引量：4: 2018年; 植物Ⅲ型聚酮合成酶(PKS Ⅲ)在植物次生代谢产物生物合成中起着非常重要的作用。本研究从7种蔷薇科果树中共鉴定出57个PKS家族成员,随后进行种间比较基因组学分析。基因结构和保守基序分析表明,57个PKS多数由两个外显子和一个内含子组成,都具有PKS特有的保守结构域Chal-sti-synt-N和Chal-sti-synt-C。进化分析显示,57个PKS可明显分为4个亚家族,其中I亚家族成员数目最多。染色体定位及基因复制事件表明,PKS不均匀地分布在2~5条染色体上,且PKS家族进化过程主要受纯化选择作用。荧光定量分析发现,PbPKS4和PbPKS5表达模式与‘砀山酥梨’(Pyrus bretschneideri cv.‘Dangshan Su’)不同发育时期果实中木质素及石细胞含量变化趋势类似,因此推测这2个基因在梨果实木质素合成及石细胞发育过程中发挥一定作用。本研究为今后研究蔷薇科果树PKS家族建立了基础,也为从分子水平改善梨果实品质提供了理论依据。; 李国辉李亿红钱冉苏雪强程曦赵宇孙燕铭金青林毅蔡永萍; 关键词：生物信息学木质素

梨BAHD家族成员的鉴定、序列特征及表达分析被引量：5: 2018年; 植物酰基辅酶A依赖型酰基转移酶(ACT)又名BAHD,对木质素、花青素和生物碱等多种次生代谢产物的酰基化进行修饰。为阐明梨BAHD家族的分子特征与进化规律,本研究以砀山酥梨为试验材料,利用BAHD家族保守基序在梨基因组中鉴定出95个成员,对其序列特征、基因结构及保守基序、染色体定位、基因复制、系统进化和表达模式进行分析。结果表明,PbACT蛋白均具有HXXXD或DFGWG结构域,主要定位于细胞质和叶绿体中。通过染色体定位及复制事件分析发现,梨17条染色体上均有PbACT分布,且PbACT的基因复制类型主要以片段复制为主。实时荧光定量PCR分析表明,PbACT3、PbACT6和PbACT41这3个基因可能参与了梨果实木质素生物合成及石细胞发育。亚细胞定位结果表明,PbACT3和PbACT6为叶绿体定位蛋白。本研究结果为从分子水平调控梨木质素代谢和石细胞含量奠定了一定的理论基础。; 孙燕铭李亿红程曦李国辉盛玲玲金青蔡永萍林毅; 关键词：砀山酥梨木质素

砀山酥梨细胞色素P450的基因组学分析被引量：4: 2016年; 细胞色素P450在植物的苯丙烷类、生物碱和萜类等生物合成中起着非常重要的作用。为了更好地了解砀山酥梨中P450的种类和数量,利用砀山酥梨基因组的氨基酸和c DNA数据库对P450基因进行筛选,分析砀山酥梨全基因组中P450基因的种类、进化关系、基因的物理定位、以及二级结构元件。结果显示,在砀山酥梨基因组中发现并初步确定了226个P450基因,通过基因的定位分析确定了226个基因分布在17条染色体上,其中除了4、5、9号染色体上无基因簇分布外,其他的染色体都有基因簇的分布。通过基因结构和进化树之间的比较,进一步确定了基因结构和进化之间的相互联系。二级结构的分析表明,砀山酥梨P450蛋白序列同样具有P450蛋白特征性结构域。本研究结果为砀山酥梨P450基因功能的深入分析奠定了基础。; 曹运鹏程曦程俊闫冲冲林毅郭宁蔡永萍; 关键词：砀山酥梨细胞色素P450 基因结构进化

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程曦