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李卿: 作品数：14 被引量：87H指数：6; 供职机构：第二军医大学长征医院更多>>; 发文基金：国家自然科学基金国家杰出青年科学基金上海市青年科技启明星计划更多>>; 相关领域：医药卫生农业科学生物学更多>>

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丹参Dirigent基因家族的发现与生物信息学分析被引量：9: 2017年; Dirigent(DIR)蛋白基因是植物木质素合成过程中一类重要的基因,几乎存在于所有维管植物中,然而药用植物丹参中的DIR和类DIR蛋白基因(SmDIR)还没有被研究过。本研究通过生物信息学方法,对已在Gen Bank上登录的9个丹参转录组数据库进行整合拼接分析,发现了33个SmDIR基因片段,其中5条为完整序列。通过对5条完整SmDIR基因的序列特征、理化性质、跨膜结构域、信号肽、导肽、疏水性/亲水性、蛋白质二级结构、三级结构及结构域等进行预测分析,并将丹参DIR蛋白序列与其它植物的DIR蛋白进行同源比对,构建了丹参和模式植物拟南芥DIR蛋白家族的系统进化树。结果表明,这5条丹参DIR基因的开放阅读框都在594 bp上下,分子量为21.47 k D左右。除了SmDIR5,其余SmDIR蛋白的理论等电点(p I)均低于7,在5.60~6.50范围内,说明大多数丹参的DIR蛋白略呈酸性。Thr、Val、Gly、Leu和Ser等氨基酸是这些SmDIR蛋白共有的主要氨基酸。研究还发现这些丹参DIR蛋白表现出明显的疏水区和亲水区,均存在分泌途径信号肽,可能存在跨膜结构域。蛋白质二级结构中最主要的结构元件是无规则卷曲。氨基酸同源性比对显示,SmDIR4与Erythranthe guttata的类DIR蛋白同源性较高,SmDIR1、SmDIR2、SmDIR3和SmDIR5与芝麻的类DIR蛋白同源性较高。与拟南芥的进化分析显示,这些丹参DIR蛋白基因被分为两大类,归属DIR-b和DIR-d亚家族。本研究对丹参DIR蛋白序列特征进行了系统分析,可为今后深入研究该蛋白提供有利参考。; 马金洋杨瑾冬李卿张磊; 关键词：丹参基因家族生物信息学

基于丹参基因组的迷迭香酸合成酶的生物信息学分析被引量：1: 2017年; 丹参是我国常用大宗中药材,丹酚酸B是其水溶性药效成分的代表,迷迭香酸是丹酚酸B等复杂活性物质的核心结构单元,迷迭香酸合成酶承担着催化迷迭香酸生物合成的重要作用。因此,解析丹参迷迭香酸合成酶的生物学功能,对研究迷迭香酸和丹酚酸B生物合成,促进丹参品质改善具有重要作用。本研究利用生物信息学方法,从丹参基因组库中寻找到11条迷迭香酸合成酶编码基因,并对其进行了生物信息学分析。丹参迷迭香酸合成酶属于BAHD酰基转移酶家族,分子量在36 kD至59 kD之间,多为酸性稳定蛋白,不含信号肽和导肽,无规则卷曲和α-螺旋是其二级结构的主要特征。本研究对丹参迷迭香酸合成酶进行了详细的生物信息学分析,可为今后深入研究该酶的结构特征和功能提供参考。; 杨瑾冬马金洋李卿朱婷婷季倩张磊; 关键词：丹参基因组生物信息学

西红花MADS-box基因家族的生物信息学分析被引量：8: 2019年; 西红花是中国传统中药材,以花柱入药,被誉为"植物黄金"。MADS-box转录因子家族在显花植物的花器官形成和分化过程中发挥重要作用,其有极大的可能影响西红花花器官的形成进而影响花柱发育。本研究采用生物信息学方法,对来自西红花转录组数据库中的17条MADS-box转录因子的核苷酸进行解读,及对其编码的氨基酸序列的组成成分、理化性质、信号肽、导肽、跨膜结构域、亚细胞定位、亲疏水性、蛋白质的二级、三级结构及功能域进行预测分析,并将西红花和其他植物的MADS-box蛋白进行同源比对,同时构建了西红花和模式植物拟南芥MADS-box蛋白家族的系统进化树。结果表明,西红花MADS-box基因的开放阅读框在630~750 bp左右,分子量在24~29 kD之间,理论等电点(pI)均大于7,介于8.69~9.54之间,表现为碱性疏水蛋白,既不含有信号肽也没有跨膜结构,二级结构主要原件为α-螺旋和无规则卷曲,含有一个MADS-MEF结构域和K-box结构域。氨基酸同源性比对结果表明西红花和石刁柏的MADS-box蛋白同源性较高。与拟南芥的进化树分析结果显示,西红花MADS-box蛋白可聚为两大类,分属于MIKC和Mβ亚家族。本工作可为今后进一步深入研究西红花MADS-box蛋白的生物学功能提供可靠的参考依据。; 张一菡李卿张磊谭何新陈祥慧; 关键词：西红花 MADS-BOX 生物信息学系统进化树

马蓝等79种植物分支酸合成酶的生物信息学分析被引量：9: 2018年; 分支酸合成酶（ehorismate synthase，CS，EC：4．2．3．5）催化5-烯醇式莽草酸-3-磷酸生成分支酸，是生物体内分支酸合成所必须的酶。目前，Genbank报道了79种高等植物cS的氨基酸序列。该研究采用生物信息学方法对马蓝等79种植物共125条cs氨基酸序列的组成成分、信号肽、导肽、疏水性／亲水性、跨膜结构、卷曲螺旋结构、蛋白二级结构、三级结构及其功能域等进行预测和分析，并构建了cs蛋白家族的系统进化树。进化分析结果表明这79种植物的cs被分为8个类群；而氨基酸序列同源性比对结果显示，马蓝cs的氨基酸序列与芝麻、烟草、马铃薯等植物的同源性比较高。所有植物cs的开放阅读框在1300bp左右，相对分子质量为50kDa左右，等电点（pI）在5．0-8．0，呈微碱性。该研究克隆得到的马蓝cs的开放阅读框为1326bp，氨基酸残基数为442个，相对分子质量47kDa，等电点（pI）为8．11。CS氨基酸肽链表现出明显的疏水区和亲水区，不存在信号肽，可能存在跨膜结构域。蛋白质二级结构中最主要的结构元件是无规则卷曲和d．螺旋，并含有活性结构域、PLN02754保守域和FMN结合位点3个主要的组成结构域。研究所获得的结构信息，可为今后进一步深入研究植物cs的构效关系和结构改造提供一定的科学依据。; 于剑于剑宁书菊宁书菊李卿谭何新陈瑞兵陈瑞兵公培民赵璇璇张磊张磊; 关键词：生物信息学构效关系

提高丹参毛状根中丹酚酸B含量的方法及漆酶基因: 本发明提供了一种提高丹参毛状根中丹酚酸B含量的方法，其特征在于，通过在丹参毛状根中过表达丹参漆酶SmLAC20基因从而得到丹酚酸B含量提高的转基因丹参毛状根，包括如下步骤：步骤S1，构建含有丹参漆酶SmLAC20基因的过...; 陈万生张磊陈亮李卿冯婧娴王芸谭何新陈昊轩

有效成分生源途径解析与调控技术在中药材生产实践中具有广阔应用前景被引量：1: 2017年; 中药材资源与质量是整个中医药产业链可持续发展的基础与保障。在决定中药材质量的诸多因素中,有效成分是其具有确切临床疗效的物质基础,药效物质的有无多寡是药材质量的核心要素。药效物质的积累水平与原植物的遗传背景密切相关,因此可通过阐明有效成分生源途径,揭示药材品质物质内涵形成机制,调控有效成分生物合成,实现药材品质保障与提升。基于药效物质的中药材品质调控技术体系包括整合分析高通量检测手段所获得的系统生物学多重组学数据,解析有效成分生源合成的遗传机制,从中挖掘和鉴定具有品质识别功用的分子标记,将生源途径调控技术应用于中药材优异种质创制、种植过程精准管理和采收分拣质量识别的全程控制,实现有效成分高效合成和/或稳定积累,提升药材品质。; 张磊陈军峰肖莹谭何新李卿陈万生; 关键词：中药品质分子标记

1342个植物叶绿体基因组分析被引量：26: 2017年; 叶绿体是植物进行光合作用的主要场所,是生命活动的能量之泉,由于其结构简单,且通过母系遗传,正逐渐成为研究热点。本研究通过统计分析,对美国国立生物技术信息中心(national center of biotechnology information,NCBI)上已公布的叶绿体基因组信息(截止到2016年10月31日),特别是植物叶绿体基因组信息进行了整理,发现目前全世界有242家研究单位正致力于叶绿体基因组研究,他们的研究对象多达200个科属。对公布的植物叶绿体基因组进行分析,发现它们的长度主要集中在140~160 kb,GC含量多为35%~40%,编码80~100个基因。叶绿体基因组研究已经进入崭新的阶段,对叶绿体基因组的深入研究,必将帮助我们更快、更深入地认识、利用和保护植物。; 朱婷婷张磊张磊陈万生殷军; 关键词：叶绿体基因组植物

高通量测序解析大青叶有效成分的生物合成途径被引量：6: 2018年; 中药大青叶是菘蓝的干燥叶片,主要活性物质为吲哚类化合物,包括靛蓝、靛玉红、色胺酮等,以上吲哚类化合物的生物合成起始于色氨酸途径,目前在植物中的合成机制还未完全阐明.本研究以成熟菘蓝叶片为研究对象,对茉莉酸甲酯诱导的叶片进行了转录组分析,对已知途径进行了转录组注释,并对未解析途径进行了预测分析.分别获得了色氨酸代谢途径中色氨酸、吲哚乙酸、吲哚苷和萜类吲哚生物碱合成几个代谢支路中16个催化步骤的38个编码基因.通过共表达网络分析,预测转录因子bHLH125可能对吲哚途径具有核心调控作用;CYP2A6-1和CYP735A2等蛋白可能催化生成靛蓝、靛玉红、色胺酮前体的羟基化反应,对这两个蛋白与底物分子的结合进行分子对接建模,均显示对吲哚分子具有较好的结合力.本研究为后续开展菘蓝代谢调控和育种,以及开展吲哚类物质合成生物学研究提供候选基因.; 陈军峰李卿王芸张青磊张磊陈万生; 关键词：大青叶

LC-MS/MS法测定毛曼陀罗中莨菪碱、东莨菪碱和山莨菪碱的含量被引量：6: 2019年; 目的建立LC-MS/MS测定毛曼陀罗中莨菪碱、东莨菪碱和山莨菪碱含量的方法。方法利用盐酸与浓氨水和三氯甲烷提取毛曼陀罗根部中的生物碱,以乙腈-(0.05%甲酸)水溶液=68:32为流动相;Agilent ZORBAX SB-C18(2.1 mm×100 mm,3.5μm)的色谱柱;柱温25℃;流速0.3 mL/min;进样量:2μL。结果莨菪碱、东莨菪碱和山莨菪碱在分别为1~200 ng/mL;1~1000 ng/mL;1~1000 ng/mL的范围内有良好的线性关系。线性方程依次为:Y=813.8904X+2165.3000(r^2=0.9922);Y=714.1221X+517.4311(r^2=0.9892);Y=872.9971X+1024.4247(r2=0.9952);平均加样回收率分别为97.17%、97.2%、92.68%,RSD分别为1.02%、1.31%、1.41%。通过对12批曼陀罗根中莨菪碱、东莨菪碱和山莨菪碱的测定,其浓度范围分别为1~20 ng/mL;1~18 ng/mL;1~19 ng/mL。结论该方法简单、灵敏度高、稳定性好可用于毛曼陀罗中莨菪碱、东莨菪碱和山莨菪碱含量的测定。; 陈静张凤张锐李卿范惠珍; 关键词：莨菪碱山莨菪碱曼陀罗

铁皮石斛Csl基因家族生物信息学及表达分析被引量：5: 2019年; 通过分析铁皮石斛类纤维素合成酶(cellulase synthase-like, Csl)的氨基酸序列特征,挖掘与多糖合成相关的Csl基因,从而为参与多糖代谢的铁皮石斛Csl蛋白的后续研究提供有力参考。本研究在生物信息学层面,对铁皮石斛21条完整Csl蛋白序列的理化性质、导肽、信号肽、疏水性/亲水性、跨膜结构域、蛋白质高级结构及功能域等进行预测分析,并与拟南芥的Csl蛋白进行了同源比对并构建系统进化树。结果表明,CslD2a/b/c、CslD4、CslG3b为酸性蛋白,其余为碱性蛋白;Leu、Ser、Ala、Phe、Val和Ille等氨基酸是铁皮石斛Csl蛋白的主要氨基酸;铁皮石斛Csl蛋白具有明显的疏水区和亲水区,都存在跨膜结构。蛋白质二级结构的主要元件是α-螺旋、无规则卷曲和延伸链。与拟南芥的进化分析显示,铁皮石斛Csl蛋白基因被分为3大分支,CslA和CslC归为一支,CslB/E/G/H归为一支,CslD归为一支。本研究系统分析了铁皮石斛Csl蛋白的序列特征,可为今后深入研究该蛋白在铁皮石斛多糖代谢上的功能提供参考。; 蔡璨璨李卿段承俐陈东红刘京晶; 关键词：铁皮石斛基因家族生物信息学

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