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杨润清: 作品数：22 被引量：54H指数：4; 供职机构：中国水产科学研究院更多>>; 发文基金：国家自然科学基金国家科技支撑计划中央级公益性科研院所基本科研业务费专项更多>>; 相关领域：农业科学生物学更多>>

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牙鲆体质量和形态性状异速生长的遗传分析被引量：3: 2015年; 为了对牙鲆Paralichthys olivaceus进行品种选育,运用联合异速生长尺度模型,对牙鲆多个部分体大小相对整体体大小的异速生长进行了遗传分析。结果表明：体长、头长、尾柄长、体高、尾柄高5个形态性状相对体质量的异速生长遗传力为0.251~0.755,除尾柄长和尾柄高的表型相关为正值外,其余性状的表型相关均为负值;而相对体长的异速生长中,除了尾柄高的遗传力很高（0.871）外,大多数形态性状表现为中等遗传力,且这些异速生长尺度的遗传相关大多数为负值。本研究对牙鲆形态性状相对于体质量和体长的遗传参数分析结果可为牙鲆的品种选育提供一定的理论基础。; 高会晓崔妍杜杰仇雪梅杨润清刘海金刘永新; 关键词：牙鲆异速生长

利用Bayesian方法进行牙鲆体质量和主要形态性状的QTL定位及互作分析: 2015年; 为了定位牙鲆Paralichthys olivaceus体质量和形态性状的QTL,利用雌核发育方法获得双单倍体牙鲆群体的157个个体,同时构建了包含481个SSR标记和141个EST-SSR标记的遗传连锁图谱,并采用Bayesian模型选择方法对研究性状进行主效应QTL定位和上位性互作分析。结果表明：共检测到38个主效应QTL和50对上位互作效应,其中,大部分主效应QTL位于5、6、9、22号染色体,上位互作效应所解释的表型方差为2.3%~23.1%;8个主效应QTL和7对互作QTL表现出多效性,均分别对两个以上的性状起作用。本研究结果将有助于提高牙鲆育种中对有益经济性状的选择效率。; 崔妍高会晓仇雪梅杨润清刘海金; 关键词：遗传连锁图谱

偏分离条件下牙鲆生长性状QTL的主成分定位被引量：1: 2017年; 本研究利用有丝分裂雌核发育建立牙鲆(Paralichthys olivaceus)双单倍体(Doubled Haploids,DH)群体,对牙鲆体重、全长、背鳍长、腹鳍长、体高、尾柄高、头高和躯干长共8组表型性状标准化处理后,进行主成分分析,得到可解释全部性状90.4%的表型主成分性状。然后,基于JoinMap 4、MapDisto、JoinMap 4-DistortedMap、MapDisto-DistortedMap构建4个连锁图谱,用偏分离标记矫正数量性状位点(Quantitative Trait Locus,QTL)基因型条件概率,采用Bayesian模型选择方法定位牙鲆表型主成分性状的加性QTL和上位性QTL。结果表明,用不同方法构建的遗传图谱和表型主成分性状QTL定位结果均有所不同。在图谱构建中,与基于JoinMap 4构建的图谱相比,基于MapDisto构建的图谱中偏分离标记的相对位置和遗传距离都发生了变化,甚至有5个偏分离标记没有被定位到相应的连锁群上;相对于基于JoinMap 4和MapDisto构建的图谱,经DistortedMap校正后的图谱中偏分离标记的相对位置没有发生变化,但是偏分离标记间遗传距离发生了变化。另外,在4个图谱中都检测到3个加性QTL,分别位于6号连锁群上,可解释表型变异的12.95%、14.85%、11.56%和11.76%,9号、22号连锁群上,具有负向加性效应;9号连锁群上,可解释表型变异的13.86%、13.27%、11.17%和11.25%,具有负向加性效应;22号连锁群上,可解释表型变异的5.68%、4.36%、4.97%和3.58%,具有正向加性效应。同时,分别检测到28对、19对、29对和20对上位性QTL,主要分布在6号、7号、9号、17号、20号和22号连锁群上,可解释表型主成分性状变异的2.19%~17.62%、2.40%~22.26%、2.08%~26.0%、3.16%~22.05%。研究结果表明,基于MapDisto软件构建、经DistortedMap软件包矫正后的图谱,定位结果更加准确,但仍需进一步验证。; 李宁张丽怡李停李艳红刘海金杨润清; 关键词：牙鲆偏分离

基于LASSO算法的多QTL定位的模拟研究: 2014年; 此篇文章中,应用一种基于LASSO的算法去同时定位多个数量性状位点(QTL)。在QTL定位方法中,迭代加权最小二乘法(IRLS)和极大似然法(ML)在参数估计准确性和检测效率方面效果几乎一致。但是在参数估计的稳健性和计算速度方面,迭代加权最小二乘法又明显优于极大似然估计。结合参数的先验分布信息,基于贝叶斯理论的极大似然估计能够分析多QTL模型。然而迭代加权最小二乘估计不能很好的检测多QTL。目前贝叶斯分析已经成为一个多QTL定位的重要的途径,但它主要缺点是计算时间过长,并缺乏简单有效的显著性检验。通过循环坐标下降的LASSO方法可将全模型的系数同时压缩并使之趋进于零,因此该方法能应用于快速同时估计整个基因组的非零遗传效应位点。在这个研究中,应用基于LASSO的算法去同时定位多QTL。模拟证明LASSO方法比迭代加权最小二乘法具有更高的估计精度和检测效率。; 李红旺杜杰杨润清

动物遗传设计群体混合模型连锁分析方法: 2015年; 研究提出了一个同时含有主效基因和微效多基因的混合模型连锁分析方法。首先应用LASSO方法快速估计线性混合模型(LMM)非零的主效位点,并将这些位点效应视为固定效应;而后把基于约束极大似然法(REML)估计得到的微效多基因效应再放入LMM中作为随机效应;从而最终实现QTL遗传参数估计和基因定位连锁分析。针对系谱群体的定位分析,该模型,即LASSO-LMM法,不仅很好地继承了单独LASSO法的计算速度,而且还具有比单独LMM法更好的遗传参数估计稳健性。为了具体比较这3种定位方法,采用计算机模拟数据验证。结果表明,相比于单独LASSO法和单独LMM法,LASSO-LMM法在QTL遗传参数估计和统计效力上总体表现出更高的估计精确度和检测效率。; 杜杰李红旺高会晓崔妍杨润清; 关键词：线性混合模型基因定位

不同虹鳟品系异速生长的比较分析被引量：4: 2015年; 研究测量了渤海虹鳟、丹麦虹鳟、美国道氏虹鳟、美国加州虹鳟和挪威虹鳟等5个虹鳟品系4年龄148个个体体重和20个形态学性状。应用静态联合异速生长模型同时估计多个体型性状对体重、纵向性状对体长、垂直性状对体高和横向性状对体宽的异速生长指数。首先建立每个虹鳟品系相对性状的最优联合静态异速生长指数方程,采用Newman-Keuls t检验法进行虹鳟品系间每个最优异速方程中异速生长指数的多重比较。结果表明,每个虹鳟品系存在显著不同的偏异速生长指数分布,其中全长与体重、体高与体重间存在较高的异速生长关系。在5个虹鳟品系中,头长、头宽、眼径、吻长、尾柄长、臀鳍高和臀鳍基长等7个形态性状相对体重的异速生长指数都不显著。背吻距与体长和尾柄高与体高在5个虹鳟品系中都存在显著的异速生长关系,但是品系间的多重比较却完全显著。本文通过对不同虹鳟品系异速生长指数的统计比较,分析它们之间的形态变异特点,为虹鳟及其他水产动物品系的形态学鉴别提供了一种有效的理论方法。; 詹金绵王炳谦谷伟刘英杰杨润清; 关键词：生长性状

动物全基因组关联分析的混合模型方法被引量：1: 2017年; 在动物全基因组关联分析(Genome-Wide Association Studies,GWAS)中,线性混合模型通过校正群体分层、个体间亲缘关系和微效多基因对标记关联检验的影响有效地控制了数量性状基因座(Quantitative Trait Locus,QTL)检测的假阳性率。文章综述了混合模型之于GWAS基因定位的求解策略和方法,包括逐个标记的GWAS方法和联合多标记的GWAS方法。评论了这些方法在计算效率、QTL检测效率和模型拟合度方面的优缺点。指出了完善的全基因组关联分析方法不仅能够高效率地检测QTL,还能够最优地拟合性状表型值和预测基因组育种值。; 韩丹丹赵敬丽王丽娟杨润清; 关键词：线性混合模型主效基因

虹鳟体质量和主要体尺性状异速生长的遗传分析被引量：3: 2015年; 采用联合异速生长遗传模型,对中国水产科学研究院黑龙江水产研究所渤海冷水性鱼类试验站培育的F1杂交虹鳟(Oncorhynchus mykiss)和F2杂交虹鳟的体质量和体尺性状异速生长进行了遗传分析,旨在为虹鳟及其他水产动物异速生长的遗传参数估计和实现体质量与体型的同步选育奠定理论基础。首先采用逐步回归分析法选择体尺性状对体质量的异速生长显著的性状,建立最优表型联合静态、动态异速生长指数模型,随后构建了两个用于遗传分析多个静态、动态异速生长的随机回归模型。虹鳟多个体尺性状相对体质量的异速生长遗传分析结果表明,体长与体质量具有较大的异速生长指数,为1.633 8,且为正异速生长,而其他体尺性状相对体质量呈现负异速生长;遗传方差大小顺序和表型的偏异速生长指数一致,体宽和背鳍基长的异速生长的遗传相关最大,为-0.867 5,其次为体长和体高,为-0.619 4,最小的是-0.021 7,为体高和体宽。体长与体质量的动态异速生长的加性遗传方差估计值为0.292 9。结果表明,虹鳟体质量和主要体尺性状的异速生长是由遗传机制决定的,遗传方差及遗传相关的估计能够用来筛选优良亲本,这为进一步利用异速生长理论指导虹鳟及其他水产动物体质量与体型的同步选育提供了理论基础。; 詹金绵王炳谦谷伟刘英杰杨润清; 关键词：虹鳟生长性状异速生长

牙鲆体质量与形态性状的异速生长分析被引量：10: 2016年; 为分析牙鲆（Paralichthys olivaceus）体质量与形态性状之间异速生长的遗传规律,通过人工受精的方法建立牙鲆19个全同胞家系,测量了牙鲆不同日龄的体质量和形态性状。采用逐步回归方法建立最优联合异速生长模型,将此模型镶嵌到体质量动物模型的每个遗传和环境效应中,进一步分析对多个形态性状异速生长遗传规律。静态异速生长分析表明：体质量与全长之间存在最大异速生长指数（1.415 5）,表现为正异速生长,剩余形态性状与体质量之间的异速生长指数为0.061 5~0.718 0,皆表现为负异速生长。全长与尾柄高之间异速生长指数的正遗传相关最大（0.907 8）;全长与尾柄长之间的负遗传相关最大（-0.946 8）。不同模型通过统计标准比较,确定模型Ⅰ为进行牙鲆动态异速生长分析的最优随机回归模型。; 刘永新刘奕刘英杰杨润清; 关键词：牙鲆体质量形态性状异速生长

采用期望最大化算法的半滑舌鳎性逆转性状高效遗传解析: 2024年; 为了解析半滑舌鳎(Cynoglossus semilaevis)性逆转性状的分子遗传作用机制,定位筛选可用于性控育种的分子标记或侯选基因,本研究提出了一种期望最大化算法(Expectation-Maximization algorithm,EM),并基于该算法开展了半滑舌鳎性逆转性状的全基因组关联分析。EM算法直接使用阈模型中隐含连续正态分布表型的期望作为因变量,用迭代最小二乘代替logit回归法的迭代重加权最小二乘,它具有比logit回归法更直观、更易于编程的优点。本研究采用显著主成分控制群体分层后,使用EM算法与logit回归对对半滑舌鳎数据进行GWAS(Genome-wide Association Study,GWAS)分析。结果显示,EM算法结果无明显的假阳性或假阴性,比logit回归法的检测效力更高。基于EM算法的全基因组关联分析共定位到13个与性逆转性状显著关联的QTN(quantitative trait nucleotide,QTN),其中3个QTN位于W染色体上,10个QTN位于Z染色体上。经过基因注释发现,上述定位获得的QTN位于LOC103396896、MALT1、ADGRD2、FBXl17、DMXl1、SMARCA2、DMRT1、LOC103397760、NEUR13和PDLIM5a基因区段内。当进行检索时发现,这些基因参与了其他物种中涉及性别决定或性腺发育等相关过程。本研究提供了一种基于EM算法的具有高检测效力的全基因组关联分析方法,同时也为半滑舌鳎的性逆转遗传机制解析和性控育种提供有效的理论指导。; 宋禹昕常中宇高进赵云峰杨润清蒋丽; 关键词：全基因组关联分析半滑舌鳎性逆转主成分期望最大化算法广义线性模型

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