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烟草尼古丁合成相关长非编码RNA基因及其应用: 本发明涉及基因技术和植物学领域，旨在提供一种烟草尼古丁合成相关长非编码RNA基因及其应用。该基因的序列是SEQ ID NO：1。该基因是用于调节烟草尼古丁合成量，以实现对烟草中烟碱含量的调控。本发明揭示了烟草eTM基因(...; 樊龙江王卫娣李方方沈恩惠叶楚玉; 文献传递

植物单细胞非编码基因鉴定和功能预测方法、装置及应用: 本申请提出了一种植物单细胞长非编码基因鉴定和功能预测方法、装置及其应用，涉及测序数据预处理、长非编码RNA筛选、“基因‑细胞”表达矩阵的获得至细胞类型特异性长非编码RNA鉴定，及基于共表达网络的功能预测。运用FastQC...; 褚琴洁许继伟胡煜蓉樊龙江叶楚玉

植物非编码小RNA研究进展(英文): 2014年; 在植物和动物中存在着大量非编码小RNA,它们通过对靶标mRNA直接切割或在转录后抑制其翻译对基因表达起调控作用.本文主要综述了该领域在以下2方面的研究进展.1)微RNA(miRNA)介导的具有相位排列的小干扰RNA(phasiRNA):由miRNA介导的phasiRNA可由编码和非编码位点产生;介绍了phasiRNA产生的模式特征,以及phasiRNA和miRNA的进化机制.2)介绍了最近出现的内源miRNA诱捕靶标(endogenous target mimics,eTMs)研究进展,包括利用人工诱捕靶标检验miRNA的功能,通过生物信息学方法在全基因组水平计算识别eTMs等.; 沈恩惠刘扬叶楚玉樊龙江; 关键词：微RNA 小干扰RNA 生物信息学

东乡野生稻叶绿体基因组拼接及系统进化分析(英文)被引量：4: 2014年; 为了优化叶绿体基因组DNA序列的获取和拼接方法,以东乡野生稻(Oryza rufipogon)嫩绿叶为材料,不需分离叶绿体DNA,利用高通量测序获得的全基因组短序列及叶绿体基因组高度保守的特性,与参考序列进行比对,从而组装拼接出叶绿体DNA序列,并同时利用生物信息学手段和聚合酶链反应扩增进行补洞.最终获得东乡野生稻完整叶绿体基因组序列,大小为134 537bp,大、小单拷贝区和反向互补重复区大小分别为80 585bp,12 346bp,20 803bp,共注释叶绿体基因152个.基于获取的东乡野生稻及其他稻属物种叶绿体基因组序列进行系统进化分析,研究结果支持已有的关于栽培籼粳稻起源的结论,即栽培籼粳稻分别与野生稻聚类到2个亚群中,其中粳稻与中国普通野生稻聚在1个亚群中,表明粳稻驯化起源于中国,而籼稻起源于另外一次独立驯化过程.; 林张翔王营营付菲叶楚玉樊龙江; 关键词：野生稻叶绿体基因组高通量测序

茶树“龙井43"叶绿体基因组测序及其系统进化(英文)被引量：7: 2014年; 利用高通量测序技术对中国茶树品种龙井43"叶绿体基因组的全序列进行测定,拼接补洞后再利用Sanger测序法对序列进行验证,最终得到龙井43"叶绿体基因组全序列(GenBank登录号:KF562708.1).该基因组大小为157 085bp,其中大单拷贝区的长度为86 642bp,小单拷贝区的长度为18 283bp,反向重复区的长度为26 080bp,共注释叶绿体基因134个.与韩国茶树品种叶绿体基因组序列比对,在编码区发现15个基因发生了非同义突变,在非编码区有100多个多态性位点,这些突变可作为茶树品种鉴定的DNA标记.同时,选取12个中国茶树品种,对其叶绿体基因组上的特异性片段(ycf1,psbA-trnH,psbK-psbI-psbI)进行测序比对并构建系统进化树.结果表明:12个茶树品种在进化树上分为2个亚群,其中凌云白毛茶"单独形成一支,其他11个品种形成一支;而11个品种中,龙井瓜子"龙井长叶"龙井圆叶"中茶102"形成一支,自展支持率为100%.表明利用叶绿体基因片段可有效区分茶树品种间的亲缘关系.; 叶晓倩赵忠辉朱全武王营营林张翔叶楚玉樊龙江须海荣; 关键词：龙井43 叶绿体基因组系统发育树

作物育种相关数据及大数据技术育种利用被引量：16: 2016年; 从18世纪首次获得人工杂交种到如今基因工程育种,作物育种技术发展迅速,同时几百年的育种历程积攒了大量育种数据,特别是近年来伴随高通量测序技术的发展,产生了海量作物育种相关基因及其表达数据,形成了育种大数据。2012年以来在商业、信息技术等领域发展迅猛的大数据技术,致力于解决大数据采集、存储及处理等壁垒,并在其他领域的应用初露端倪。本文利用创新方法 TRIZ(theory of inventive problem solving)流分析技术,综合分析了育种领域已有资源和目标达成的矛盾问题,提出大数据育种技术应用于作物育种的创新方案,明确了将大数据技术应用于育种领域的框架和实现目标。提出了基于大数据理念的育种技术,拟采集和整合已有育种数据资源,实现数据自动采集等,从而能够平衡育种数据膨胀/利用和育种需求产生的矛盾;构建基于大数据技术的育种数据信息化平台,实现作物育种方法理念的创新,可以为广大育种工作者提供数据支撑和一个育种新途径;为解析生物学数据与目标农艺性状的关系提供信息,加快育种现代化的进程。; 樊龙江王卫娣王斌叶楚玉舒庆尧张辉; 关键词：作物育种育种方法

烟草尼古丁合成相关长非编码RNA基因及其应用: 本发明涉及基因技术和植物学领域，旨在提供一种烟草尼古丁合成相关长非编码RNA基因及其应用。该基因的序列是SEQ ID NO：1。该基因是用于调节烟草尼古丁合成量，以实现对烟草中烟碱含量的调控。本发明揭示了烟草eTM基因(...; 樊龙江王卫娣李方方沈恩惠叶楚玉

用于水稻品种真实性鉴定的SNP标记: 本发明公开了一种用于水稻品种真实性鉴定的SNP标记，属于生物信息技术领域，包括多个SNP标记，SNP标记的核苷酸序列分别如SEQ ID NO：1‑7所示。所述的SNP标记可用于水稻品种真实性鉴定、检测水稻育种材料、水稻分...; 沈恩惠叶楚玉樊龙江舒庆尧谢玲娟

水稻品种同质性评价方法: 本发明公开了一种水稻品种同质性评价方法，属于作物遗传育种技术领域，包括以下步骤：一、将待测定品种进行田间种植，观察田间表型一致性，然后取多个单株分别获取重测序数据；二、利用重测序数据对基因组重测序品种进行全基因组变异检测...; 樊龙江叶楚玉沈恩惠

植物单细胞非编码基因鉴定和功能预测方法、装置及应用: 本申请提出了一种植物单细胞长非编码基因鉴定和功能预测方法、装置及其应用，涉及测序数据预处理、长非编码RNA筛选、“基因‑细胞”表达矩阵的获得至细胞类型特异性长非编码RNA鉴定，及基于共表达网络的功能预测。运用FastQC...; 褚琴洁许继伟胡煜蓉樊龙江叶楚玉

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叶楚玉