贾仲君
- 作品数：91 被引量：1,084H指数：17
- 供职机构：中国科学院南京土壤研究所更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金中国科学院战略性先导科技专项江苏省自然科学基金更多>>
- 相关领域：农业科学环境科学与工程生物学天文地球更多>>
- 新一代高通量测序与稳定性同位素示踪DNA/RNA技术研究稻田红壤甲烷氧化的微生物过程
- 21世纪以来,DNA测序技术取得革命性突破,新一代高通量测序技术将成为一种常规手段研究土壤微生物多样性,类似于目前土壤氮磷钾等营养元素的化学分析,成为土壤质量评价的常规方法.而稳定同位素核酸探针技术简称DNA/RNA-S...
- 郑燕贾仲君
- 我国8个典型水稻土中产甲烷古菌群落组成的空间分异特征被引量：5
- 2014年
- 【目的】产甲烷古菌主导稻田甲烷生成,是稻田生态系统的模式微生物类群之一,具有重要的生态学意义。然而,水稻土产甲烷古菌群落组成的空间分异却鲜有报告。【方法】本研究沿20.55°N至47.43°N梯度,采集了我国不同纬度上8个典型水稻土,利用PCR-DGGE指纹图谱和系统发育树分析揭示不同地点水稻土中产甲烷古菌群落的组成;结合多个环境因子,利用生物信息学,典范对应分析(Canonical Correspondence Analysis,CCA)和维恩图(Venn diagram)明确产甲烷古菌的空间分异规律。【结果】研究发现p H值是驱动水稻土中产甲烷古菌群落组成分异的主要因子;此外,沿纬度梯度,8个地区的产甲烷古菌群落组成也呈现出规律性变化。【结论】本研究首次阐明了稻田中产甲烷古菌群落分布情况,并揭示其主要驱动因子。该认知不仅有助于我们更好地了解产甲烷古菌的生物地理学分布,还有助于从微生物学机制上阐明我国温度梯度带上有机质转化空间的差异。
- 俎千惠王保战郑燕贾仲君林先贵冯有智
- 关键词：水稻土典范对应分析
- 基于高通量测序的连续传代富集土壤可培养菌菌群变化规律研究被引量：5
- 2023年
- 利用高通量测序技术研究连续传代富集过程中,固体和液体牛肉膏蛋白胨可培养土壤细菌多样性的变化规律,量化可培养菌占水稻土本底微生物群落的比例。通过设置常规营养和1/10低营养处理,包括常规牛肉膏蛋白胨固体培养(NA)、液体培养(NB),低营养固体培养(1/10 NA)和低营养液体培养(1/10 NB),开展连续传代富集10次,获得第1、3、5、7、10代细菌培养物并提取DNA,同时直接提取水稻土中所有微生物基因组DNA并对16S rRNA基因进行高通量测序,分析水稻土可培养菌群落变化规律及其占本底土著微生物的比例。结果表明,水稻土本底微生物多样性Chao指数为4806,在连续传代培养10次过程中,降幅最高为98.9%,其中,固体和液体可培养微生物Chao指数以第1代为最低,分别为49.7和142.0,低营养1/10固体和液体培养下,Chao指数分别为75.1和531.0。高通量测序16S rRNA基因后发现水稻土本底土著微生物共713属,连续10次传代富集培养过程中,固体和液体常规培养基中分别检测到52属和600属,低营养1/10固体和液体培养下,分别为62属和597属,可培养菌占比最高分别为8.7%和83.7%。连续第1、3、5、7和10次传代培养过程中,固体培养基每代独有微生物属分别为7、2、3、4和3属,液体培养基独有属则分别为5、1、102、44和24属,低营养1/10培养也得到了类似结果。假单胞菌属(Pseudomonas)是水稻土连续10次传代过程中绝对的优势类群,特别在固体培养基中相对丰度变幅范围为97.70%~99.47%,与水稻土本底土壤中相对丰度相比,增幅最高为74倍。低营养1/10固体条件下,随着传代次数的增加,杆菌属(Bacillus)和代尔夫特菌属(Delftia)成为优势类群,在第10代的相对丰度最高分别为18.07%和13.82%。液体连续传代10次过程中,假单胞菌属也是绝对优势类群,但与固体可培养菌相比略下降为45.48%~55.99%,梭菌属(Clostridium)则是第2大优势类群,其�
- 文昌丽曹伟伟唐雪莲赵雯淑贾仲君孟磊
- 关键词：连续传代氮素营养高通量测序
- 典型稻田土壤甲烷氧化过程的微生物地理分布规律研究
- 郑燕贾仲君
- 关键词：稻田甲烷氧化
- 3次连续重复提取DNA能较好反映土壤微生物丰度被引量：17
- 2012年
- 【目的】研究同一个土壤需要反复提取几次才能在最大程度上反映土壤微生物的丰度,探讨风干土壤代替新鲜土壤用于微生物丰度研究的可行性。【方法】针对两种理化性质具有较大差异的旱地和稻田新鲜土壤及其风干土壤,分别对土壤微生物进行5次连续裂解提取DNA。通过实时荧光定量PCR技术分析连续反复提取对土壤古菌和细菌16S rRNA gene数量、氨氧化古菌和细菌功能基因amoA数量的影响。【结果】3次连续提取DNA占5次提取DNA总量的76%以上,氨氧化古菌、氨氧化细菌、古菌和细菌4类微生物的3次连续提取最低回收率为77.5%;与新鲜土壤相比,风干处理导致氨氧化古菌、氨氧化细菌、古菌、细菌的数量分别降低84.3%、81.2%、12.5%和90.3%,然而,2种土壤风干过程中主要微生物类群的数量变化规律基本一致,表明土壤微生物对风干处理的响应可能受土壤类型的影响较小。【结论】土壤微生物连续3次裂解能较好反映微生物丰度。与新鲜土壤相比,风干过程显著降低了土壤微生物丰度,然而,通过风干土壤中微生物丰度的变化趋势反映新鲜土壤中微生物数量变化规律具有一定的可行性。
- 郭赟吴宇澄吴宇澄林先贵钟文辉丁维新朱建国
- 关键词：古菌细菌氨氧化古菌氨氧化细菌
- 30个森林土壤中氨氧化古菌的群落地理分布及竞争
- 周雪张金波贾仲君
- 稻田甲烷氧化与铵氧化关系研究进展被引量：14
- 2003年
- 稻田生态系统中存在着好氧微域,其中同时发生甲烷氧化和铵氧化。甲烷和铵氧化过程具有极为相似的微生物机理。稻田土壤中的甲烷可能影响铵氧化过程;施用铵态氮肥对甲烷的氧化也有强烈影响。本文对稻田土壤中甲烷氧化与铵氧化关系做一简要综述。
- 贾仲君蔡祖聪
- 关键词：甲烷氧化水稻田稻田生态系统温室气体
- 典型农田土壤中硝化微生物的生理生态学研究
- 本文以硝化微生物群落为模式，结合新一代454高通量测序，采用“稳定性同位素核酸探针”技术，我们研究了氨氧化细菌、氨氧化古菌、以及亚硝酸氧化细菌在农田土壤硝化过程中的作用。研究结果表明细菌主导了农田土壤硝化过程，古菌对硝化...
- 贾仲君
- 关键词：农田土壤微生物硝化反应生理生态学
- 文献传递
- 重庆紫色水稻土中“全程”和“半程”氨氧化微生物的垂直分异被引量：7
- 2019年
- 【目的】系统评估全程氨氧化细菌(complete ammonia oxidizing bacteria, Comammox bacteria)、半程氨氧化细菌(AOB)和古菌(AOA)在典型水稻土剖面的垂直分异规律。2015年发现的"全程"氨氧化细菌(Comammox Nitrospira)可将氨分子一步氧化为硝酸盐,实现硝化作用。而经典的"半程"氨氧化细菌(AOB)或古菌(AOA)将氨分子氧化为亚硝酸盐后,再由系统发育完全不同的硝化细菌将其氧化为硝酸盐。全程氨氧化细菌实现了一步硝化全过程,根本改变了学术界对2类微生物分步硝化的经典认知,但相关研究仍处于初步阶段。【方法】选择重庆北碚地区2017年典型水稻土并采集5、10、20和40 cm不同深度土壤(剖面采样点的上下误差不超过1cm),提取水稻土总DNA后,利用标靶功能基因amoA,通过实时荧光定量PCR技术分析全程氨氧化细菌(Comammox)、半程氨氧化细菌(AOB)和古菌(AOA)在水稻土不同深度的数量变异规律。【结果】半程氨氧化细菌AOB和古菌AOA均随土壤深度增加呈显著下降趋势。然而,全程氨氧化细菌的两大类微生物则表现出相反的规律,Comammox Clade A的丰度随着土壤剖面的加深而显著增加(P<0.05),但Clade B并未有类似规律。Clade A在水稻土不同层次的土层中均比Clade B高出1个数量级,在5 cm和40 cm处的最低和最高值分别为3.42×10~7、8.46×10~7 copies/g。AOA与AOB的丰度大致相当,5cm剖面处数量最高分别为1.23×10~7、1.83×10~5copies/g,但其平均丰度远低于全程氨氧化细菌,Comammox与AOA、AOB amoA功能基因拷贝数之比为10–2000。【结论】全程氨氧化细菌(Comammox bacteria)广泛分布于水稻土不同土层中,且数量远高于"半程"氨氧化细菌和古菌,意味着Comammox可能在水稻土硝化作用中起重要作用。
- 万琪慧王书玲赵伟烨马黎华贾仲君蒋先军
- 关键词：氮循环硝化作用
- 围垦植稻对崇明东滩湿地产甲烷微生物的影响被引量：5
- 2020年
- 滨海湿地是CH4排放的重要自然源,受人类活动的影响较为强烈。本研究选择长江入海口崇明东滩自然湿地(光滩湿地和芦苇湿地)为对照,以空间代替时间变化,比较研究不同围垦年限(27、51、86年)的稻田耕作土壤产甲烷速率演替规律及其微生物数量变异特征。结果表明,围垦稻田的产甲烷速率平均值为13.8ngCH4 g-1 d-1,是自然滩涂湿地的3.3倍,且随着围垦年限增加而显著增加。围垦稻田中产甲烷菌的mcrA基因拷贝数为1.101×108~1.443×108copies g-1,也随围垦年限增长而增加,比光滩湿地中的基因拷贝数高出一个数量级。光滩湿地产甲烷菌的相对丰度显著低于芦苇湿地和围垦稻田,围垦稻田中相对丰度值随围垦年限增长而显著增加。其中,H2/CO2营养型产甲烷菌的相对丰度随内陆方向和围垦年限增长而数量级水平增加,而甲基营养型产甲烷菌的相对丰度在光滩中最高,随内陆方向和围垦年限增长而数量级水平减小。各采样点中的乙酸营养型产甲烷菌相对丰度同处于一个数量级,其在3个围垦稻田中没有显著差异。相关性分析表明,产甲烷速率与H2/CO2营养型产甲烷菌丰度值呈显著正相关,而与甲基营养型产甲烷菌呈显著负相关。因此,围垦种稻的熟土作用促进了滨海湿地甲烷产生过程,H2/CO2营养型产甲烷菌数量的大幅增加是产甲烷速率升高的主控因素之一。
- 张鑫磊宋怡轩张洁张洁张耀鸿贾仲君
- 关键词：围垦
