黄佳良
- 作品数：3 被引量：3H指数：1
- 供职机构：福州大学数学与计算机科学学院更多>>
- 发文基金：福建省自然科学基金更多>>
- 相关领域：生物学自动化与计算机技术更多>>
- 一种基于Petri网的代谢流分析方法被引量：3
- 2008年
- 基于Petri网理论构建生物代谢网络模型,提出一种新的采用不等式的代谢流分析方法。以克鲁斯假丝酵母分批发酵,生产甘油的代谢网络为例,验证这种分析方法。结果表明,新分析方法,在前提假设和分析性能两方面均比采用方程式的传统方法明显优越。首先,方法允许实验数据有一定误差,使模型更加接近真实的实验系统。其次,新方法还可以做代谢模型更详细的分析:代谢流分裂比分析、敏感性分析。实际上,分析结果还可直接用于校正代谢物浓度、酶活力的边界值,为进一步研究代谢途径优化提供约束条件。
- 黄佳良孟春郭红
- 关键词：代谢网络代谢流分析PETRI网不等式
- 基于Petri网的基因调控网络建模与分析
- 2008年
- 如何有效描述与分析复杂的基因调控网络(GRN)是生物学家研究基因表达调控机制的关键步骤.现有大部分方法在建模过程中忽略了生物中广泛存在的协同作用,模型预测结果与实际生物行为之间存在误差.基于混合函数Petri网(HFPN)理论提出了一种对基因调控网络进行定量分析的新方法.首先简要介绍GRN与HFPN的基础理论,然后为HFPN引入两类新元素:逻辑库所与逻辑变迁,描述基因调控网络的逻辑规则以及转录因子间的协同作用,最后构建海胆endo16基因调控网络的Petri网模型,并预测模型在不同位点发生突变时的基因表达水平变化.分析结果与文献实验数据相一致,验证了方法的正确性.
- 黄佳良郭红孟春
- 关键词：基因调控网络逻辑规则
