目的旨在构建结肠腺癌(colonic adenocarcinoma,COAD)中铜死亡相关基因(Cuproptosis-related genes,CRGs)的预后模型,探讨CRGs在COAD中的表达与预后的关系。方法从TCGA数据库下载了正常和COAD患者的转录组和临床数据,并从GEO数据库下载数据集GSE39582作为外部验证集。基于铜死亡相关基因表达量,对TCGA数据进行共识聚类以确定新的肿瘤亚型。采用单因素Cox回归分析、LASSO回归分析筛选预后基因并构建预后风险模型。并通过Kaplan-Meier生存分析、受试者工作特征(receiver operating characteristic,ROC)曲线下的面积(area under the curve,AUC)和一致性指数(concordance index,C-index)对模型进行评价。用GSE44001数据集对模型进行外部验证。基于风险评分及临床因素构建列线图,预测患者的生存率。并进行免疫浸润、GSEA分析、免疫检查点、药敏分析、肿瘤微环境和干细胞指数的研究,系统地阐述COAD中CRGs和免疫的相关性。结果21个CRGs在COAD组织及正常组织中差异表达。单变量Cox回归及Lasso回归分析确定了五个预后相关基因(SDHB,CCS,DLAT,FDX1,CP)并构建模型。Kaplan-Meier分析表明,高风险患者OS显著低于低风险患者(P<0.01),并在GEO队列中取得了验证(P<0.05)。风险模型的AUC值为0.734,表明预后值有统计学意义,模型具有一定的准确性。一致性分析和ROC结果表明,列线图模型有较好的预后预测准确性。这5个CRGs主要参与线粒体、免疫应答和代谢途径,是COAD预后的独立因素,并与免疫细胞浸润、免疫检查点以及肿瘤微环境和干细胞指数密切相关。结论构建了5个铜死亡相关基因的结肠腺癌预后模型,有可能作为未来临床实践中有效的预后标志物。
目的构建一个基于Notch通路相关基因的结肠腺癌预后模型并通过列线图绘制进行验证。方法下载TCGA结肠腺癌患者的mRNA表达量和临床病理资料。GSEA(gene set enrichment analysis)分析Notch信号通路相关基因集,筛选癌与癌旁组织中差异表达的基因。单因素与多因素Cox比例回归模型进行预后相关mRNAs的筛选,并构建基于mRNAs表达谱的预后模型和列线图,通过生存分析C-index、ROC曲线和校准曲线评估其预测价值。从GEO数据库中下载验证队列GSE29621,对预后模型预测患者预后的有效性进行验证。使用在线网站人类蛋白图谱(HPA)对预后模型内基因进行蛋白表达情况验证。结果从TCGA中下载444例结肠腺癌患者mRNA表达数据和临床病理资料,排除临床资料不全的患者信息,最终纳入385例患者的信息作为研究对象。从GSEA中3个Notch信号通路基因集中获取Notch相关基因,并与TCGA表达数据结合,得到Notch相关基因的表达量,最后进行Notch相关基因的差异基因的筛选。使用GSEA在结肠腺癌mRNAs表达谱中筛选出391个Notch信号通路相关差异表达基因(P<0.05)。利用单变量Cox回归分析筛选出14个结肠腺癌预后相关Notch通路基因,进一步多变量Cox回归分析构建出5种mRNAs(CDHR2,KRT8P12,NEURL1B,SELE,FSTL3)组成的预后模型。ROC曲线和生存分析显示,高Notch通路相关基因风险评分与较差的生存结果显著相关(AUC=0.748,P<0.05)。Notch通路相关的基因评分被证明是一个独立的预后因素。构建了具有临床病理特征和Notch通路相关基因评分的列线图,进一步预测结肠腺癌患者的预后,在C-index、ROC曲线和校准曲线上也表现良好(C-index=0.794,AUC=0.969)。结论构建的包含5个Notch信号通路相关基因的结肠腺癌预后模型具有良好的预后预测效果,有望作为评估结肠腺癌患者预后的指标。
