张林
- 作品数：29 被引量：78H指数：6
- 供职机构：浙江中医药大学生命科学学院更多>>
- 发文基金：浙江省医药卫生科学研究基金浙江省自然科学基金中国高等教育学会医学教育专业委员会医学教育研究立项课题更多>>
- 相关领域：文化科学医药卫生生物学自动化与计算机技术更多>>
- 生物基因与蛋白质序列比对算法的图形硬件加速研究
- 2012年
- [目的]探索准确、高效、低成本、通用性并存的生物序列比对方法。[方法]将点阵图算法、启发式算法等各种序列比对算法中准确性最高的动态规划算法予以在计算机中实现,并通过流模型将其映射到图形硬件上以实现算法加速,通过数据库比对搜索实例进行比对时间和每秒百万次格点更新(MCUPS)性能值评测。[结果]与目前最快的启发式算法相比,该加速算法比对平均加速为18倍,最高加速可达28倍。[结论]该加速算法在保证比对准确性的同时,能较大地提高比对速度。
- 冯梦蝶张林柴惠
- 关键词：生物分子动态规划算法图形硬件
- 新型图形硬件支持下的动态规划局部比对算法加速研究
- 2014年
- 为探索准确、高效、低成本、通用性并存的生物序列局部比对方法。将点阵图算法、启发式算法等各种序列局部比对算法中准确性最高的动态规划局部比对算法在计算机中实现,并通过流式模型将其映射到图形硬件上以实现算法加速,再通过实例比对搜索数据库完成比对时间和每秒百万次格点更新(MCUPS)性能值评测。结果表明,该加速算法在保证比对准确性的同时,能显著提升比对速度。与目前最快的启发式算法相比,比对平均加速为14.5倍,最高加速可达22.9倍。
- 张林
- 关键词：生物分子图形硬件
- “以学生为中心”教学与教学评价的理论与实践探索——以医学生物信息学为平台被引量：6
- 2014年
- 随着主体教育的深入和素质教育的推行,"以学生为中心"的教育思想得到了教育界的高度重视。文章从理论角度,深度剖析了"以学生为中心"教学和教学评价的特点及重要性;并以医学生物信息学为平台,对其进行了实践探索。结果显示,"以学生为中心"教学和教学评价能较好地培养学生解决问题、自我评价、信息处理等高级技能,提升创新能力。
- 张林柴惠
- 关键词：教学评价
- 《普通生物学》教学改革的探索和实践被引量：5
- 2009年
- 随着教学改革的进行,为了在短学时内有效地完成《普通生物学》课的教学任务,对教学内容进行了相应地缩减,并将教学内容制作成电子课件,充分利用多媒体进行教学,将"讲授法""讨论法""自学指导法""实验法""启发式教学""比较式教学"等教学方法进行优化组合,加强教学质量和效果,充分提高了学生的学习积极性.
- 袁小凤柴惠张林
- 关键词：普通生物学教学内容教学方法
- miRNAs可能通过调控MAPK通路参与心室间隔缺损
- 2022年
- 目的探讨miRNAs在心室间隔缺损(VSD)中发挥的作用。方法通过miRNAs表达谱芯片实验分析心室间隔缺损(VSD)组和健康组全血样本中的差异表达miRNAs,通过生物信息数据库miRbase、Targetscan和Miranda进行靶基因测预。通过KEGG和REACTOME通路数据库筛选靶基因信号通路;采用RT-qPCR和Western blot检测关键信号通路中关键基因转录和蛋白表达水平。结果实验共得到22例差异表达miRNAs,预测获得12744个靶基因;共得到126条通路,对其中与心脏发育密切相关的MAPK通路进行了深入分析,其中ERK子通路中的RASA1、NF1的转录和蛋白表达水平均明显增加(P<0.05);Ras的转录和蛋白表达水平均明显降低(P<0.05);ERK、MEK1磷酸化蛋白表达水平显著下降(P<0.05);p38/MAPK子通路中的TNF、TNFRSF1A、TRAF2的转录和蛋白表达水平均明显增加(P<0.05);p38磷酸化蛋白表达水平显著上升(P<0.05);MEF2C的转录、总蛋白及磷酸化蛋白表达水平均明显上升(P<0.05)。上述通路受到12个miRNAs调控。结论22个差异miRNAs表达异常,导致多种已知心脏发育相关基因表达紊乱;其中12个表达异常miRNAs抑制ERK通路进而抑制心肌细胞分化、过度激活p38/MAPK通路表达进而促进心肌细胞异常凋亡,最终导致VSD的发生。
- 江辉张林
- 关键词：心室间隔缺损MAPK通路
- 基于SOBER故障定位模型的关联谓词赋值偏好改进方法
- 2009年
- 针对基于统计理论的故障定位模型SOBER,研究软件故障的自动定位技术.通过程序研究及大量实例分析,探明SOBER模型的局限性——因为谓词关联性问题而导致故障定位准确度不高,并提出一种新的关联谓词赋值偏好方法,并进行了实证研究.实验结果表明,该方法较好地解决了谓词干扰问题,从而提高了基于SOBER模型的故障定位准确率.
- 张林蔡铭柴惠
- MiRNAs差异表达和Wnt/Notch通路异常在婴儿心室间隔缺损生成中的作用
- 2017年
- 探索miRNAs在心室间隔缺损发生机制中的作用.利用表达谱芯片技术筛选患儿与正常婴儿全血样本中差异表达的miRNAs,生物信息学软件与数据库预测其靶基因及相关信号通路,通过q RT-PCR和Western Blot法检测关键信号通路中的关键靶基因的转录水平和蛋白表达水平.实验共得到22例差异表达miRNAs,10677个预测靶基因以及131条信号通路,进一步分析得到Notch与Wnt通路与心脏发育密切相关.参与Wnt与Notch通路的12个靶基因(Wnt5A、SFRP1、APC、PPP3CB、CAMK2B、NOTCH1、NOTCH4、JAG1、DLL1、DLL3、KAT2B、HEY2)的转录水平和蛋白表达水平均显著升高.实验表明,表达量异常下调的12个miRNAs(hsa-mi R-3936、hsa-mi R-6858-3p、hsa-mi R-372-5p、hsa-mi R-548j-3p、hsa-mi R-6864-5p、hsa-mi R-6838-3p、hsa-mi R-4530、hsa-mi R-4518、hsa-mi R-4506、hsa-mi R-6828-5p、hsa-mi R-769-3p、hsa-mi R-488-5p)通过上调其12个靶基因的表达,过度激活Wnt与Notch通路从而抑制心肌细胞的分化与发育,是导致VSD发生的重要机制.
- 蒋苑青张林
- 关键词：室间隔缺损WNT通路NOTCH通路
- 以学生为中心教育理念的意义及实施策略被引量：2
- 2012年
- 在我国,随着主体教育的深入和素质教育的推行,以学生为中心的教育思想也得到了教育界的高度重视。但是,理念只是一个精神、意识层面的上位性、综合性结构的哲学概念,把以学生为中心作为一种办学理念,如何准确地阐述其内涵、把握其精髓、指导办学实践,还需要我们进一步探索。
- 张林
- 关键词：教育理念办学理念教学方法主体教育
- 新型教学体系在生物信息学中的探索与实践被引量：3
- 2010年
- 学科交融是现代科学的趋势、当今高等教育的难点。以生物信息学为教学平台,研究交叉学科的创新性教学。创立以专业背景为基础、整合型教学大纲为主线、创新型教学内容为载体、大实验体系为抓手、"多样性教学模式"为工具的新型教学体系。该体系能发挥学生学习积极性、协同性和创造性,提升学生学习、科研、应用能力,对提高交叉学科的教学质量有很强的借鉴意义。
- 张林柴惠黄燕芬袁小凤
- 关键词：生物信息学
- 川芎对PM2.5诱导的人脐静脉血管内皮细胞损伤的保护作用和机制被引量：11
- 2019年
- 目的:研究PM2.5对人脐静脉血管内皮细胞(HUVEC)的损伤作用和途径,并考察川芎对HUVEC的保护作用及其机制。方法:采集大气PM2.5,分别用50、200、400μg/mL浓度的PM2.5染毒HUVEC 24 h,检测细胞存活率、超氧化物歧化酶(SOD)、乳酸脱氢酶(LDH)、丙二醛(MDA)水平及细胞内p-P38 MAPK、Bax、Bcl-2蛋白表达,研究PM2.5的损伤作用和途径,并确定PM2.5的最佳造模浓度。采用醇提法得到川芎提取液,以不同浓度(10、25、50μg/mL)川芎和20μmol/L SB203580(P38 MAPK通路抑制剂,通用阳性对照)预处理细胞后,加入200μg/mL PM2.5染毒细胞24 h,检测前述指标,考察川芎的保护作用和机制。结果:与正常对照组比较,PM2.5染毒后的HUVEC存活率和SOD水平降低,MDA、LDH水平显著升高,p-P38 MAPK、Bax蛋白表达显著上调,Bcl-2蛋白表达显著下调(P<0.05)。PM2.5的最佳造模浓度为200μg/mL。与模型组比较,川芎干预能显著升高细胞存活率、SOD水平及Bcl-2蛋白表达,显著降低MDA、LDH水平及p-P38 MAPK、Bax蛋白表达(P<0.05)。结论:川芎能降低PM2.5对内皮细胞的损伤。
- 张一凡张林
- 关键词：血管内皮细胞损伤PM2.5川芎MAPK通路
