王清
- 作品数：4 被引量：8H指数：2
- 供职机构：杭州电子科技大学生命信息与仪器工程学院更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金浙江省自然科学基金更多>>
- 相关领域：医药卫生自动化与计算机技术更多>>
- 一种生物相关性优先的两步卵巢癌化疗疗效敏感基因选取方法
- 2012年
- 作为卵巢癌主要诊疗手段之一的化疗,费用昂贵,副作用大,且患者反应的个体差异很大。本文提出一种首先依据诊断结果(卵巢癌化疗疗效)相关性进行特征选择,然后利用蒙特卡洛方法对特征基因排序,最终建立预测化疗反应模型的方法,克服了过度依赖分类率的弊端。首先利用奇异值分解,基于散点图和Kolmogorov-Smirnovtest(K-S test)的定性和定量分析非生物因素对基因表达谱的影响,结合化疗反应样本的聚类图进行基因筛选;然后采用基于信息增益的随机森林方法精选基因,得到与化疗相关的敏感基因。实验结果表明,此方法与经典方法(SVMRFE、T-test)相比,所选取出的特征基因具有较好的分类能力且保持稳定;从生物学角度分析显示,此方法所得到的敏感基因与化疗疗效的联系更加紧密,50个基因中,有4个(NR2F2、CLDN3、PURA、C1ORF38)直接与卵巢癌相关;17个(USO1、TCF7L2、NR2F2等)与肿瘤或癌症直接相关,或与肿瘤密切相关的生物过程(例细胞生长与繁殖、新陈代谢、细胞循环、DNA修复等)相关。
- 韩斌王清解瑞飞厉力华祝磊
- 关键词：特征选取决策树
- 基于filter-wrapper的两步特征变量提取方法被引量：5
- 2010年
- 特征变量选择是高维数据分类问题的核心,主要有过滤法和缠绕法两种特征变量选择方法。针对"过滤法与分类算法相互独立,不利于对分类性能优化,而缠绕法依赖于分类算法,在高维高噪的数据中容易过拟合"这个问题,为了能有效提取特征变量,提出了一种新的特征提取方法,即filter-wrapper两步法,先通过有监督奇异值分解方法降维去噪,粗选出一部分备选变量;再应用MonteCarlo决策树策略从备选变量中精选出重要的特征变量。通过以典型的高维高噪数据为例验证了该方法,实验结果表明了上述方法的可行性和有效性。
- 陈岩来海锋王清王卫伟
- 关键词：信息增益决策树特征提取
- 基因芯片技术在卵巢癌化疗疗效相关基因筛选中的应用被引量：2
- 2011年
- 卵巢癌是妇科常见恶性肿瘤,其发病率居第3位,而病死率高居第1位.手术后辅助化疗是治疗卵巢癌的主要手段,患者的预后很大程度上取决于对化疗的反应,但由于化疗耐药的出现,半数以上的患者化疗后疗效不佳.目前,还没有有效的手段预测化疗的效果.基因芯片技术的发展为人类从基因的角度,全面研究和分析化疗疗效相关基因提供了条件.本研究采用基因芯片技术对133例原发性卵巢癌患者进行化疗疗效相关基因的筛选,为卵巢癌患者的个体化治疗提供理论依据.
- 王清韩斌苏丹应南娇厉力华祝磊
- 关键词：相关基因筛选基因芯片技术卵巢癌患者化疗疗效个体化治疗
- 卵巢癌化疗反应敏感基因辨识研究
- 化疗作为卵巢癌主要诊疗手段之一,费用昂贵,副作用大,并且患者化疗反应的个体差异很大,因此迫切需要一种能有效辨别化疗反应的方法。微阵列技术的发展为人类从基因的角度,全面研究和分析化疗疗效相关基因提供了条件。
在这...
- 王清
- 关键词：微阵列
- 文献传递
