郭燕
- 作品数：21 被引量：73H指数：5
- 供职机构：西安交通大学生命科学与技术学院更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金陕西省自然科学基金中国博士后科学基金更多>>
- 相关领域：医药卫生文化科学生物学理学更多>>
- 基于数据挖掘找寻冠心病靶向中西药物被引量：3
- 2018年
- 目的基于数据挖掘分析冠心病及其并发症中显著差异表达的基因,整合中西药靶点数据库,筛选出联合用药的靶点及靶向的中西药,为临床治疗奠定基础。方法 (1)从GEO数据库搜集冠心病、心肌梗死及动脉粥样硬化的表达数据,采用python软件scipy模块单因素方差分析找寻在三种表型中表达显著差异的基因;(2)KEGG通路富集分析找到关键差异基因,用STRING网站和Cytoscape软件构建蛋白-蛋白互作(protein protein interaction,PPI)网络;(3)整合中西药数据库,筛选出联合用药的靶点及其药物。结果通过差异表达分析确认18个在三种表型中表达趋势一致且显著差异的基因,通路富集分析发现TLR4、CLEC4E、LAMP2显著富集在炎症相关的肺结核信号通路中(P=0.0195)。互作蛋白靶向药物分析结果表明,在Drug bank中共找到22种西药,其中2种药物作用于2个靶点,在TCMSP中共找到23味中药,其中11味中药作用于2个靶点。结论 TLR4,CLEC4E,LAMP2可作为冠心病及其并发症联合用药的靶点,研究结果将为药物作用效率的提高及临床上联合中西药治疗冠心病及并发症奠定基础。
- 卢冰婕荣誉宋兰兰杨铁林魏霞蓁郭燕
- 关键词：冠心病心肌梗死数据挖掘联合用药
- 结合吸烟与遗传因素交互作用鉴定骨质疏松症易感基因被引量：8
- 2018年
- 目的系统分析吸烟与骨质疏松症间的交互作用,挖掘互作基因,阐明吸烟影响骨质疏松症的功能机制。方法整合基因表达谱数据,通过双因素方差分析挖掘吸烟和骨质疏松症遗传因素互作基因,并结合通路富集分析挖掘功能性骨相关代谢通路。利用GWAS芯片,通过基因环境互作分析验证功能通路内互作基因,最后利用蛋白网络分析发掘互作基因参与的核心调控网络。结果表达谱分析鉴定了441个同时与吸烟和骨质疏松症密切相关的风险基因;通路富集分析揭示了吸烟调控骨质疏松症的潜在关键代谢通路—间隙连接;通过全基因组基因环境互作分析,我们验证了多个潜在关键风险基因,并且通过蛋白网络分析揭示了1个包含13个蛋白的潜在吸烟骨质疏松症互作核心调控网络。结论本研究发现了1个潜在的吸烟影响骨质疏松症的分子调控模型,对于相关疾病机制认识及后续药物靶点开发提供了新思路。
- 杨波陈晓峰段媛媛郭燕
- 关键词：骨质疏松吸烟基因表达谱双因素方差分析
- 骨质疏松症易感基因BDNF的遗传学关联分析及功能研究被引量：6
- 2017年
- 为探索脑源性神经营养因子BDNF基因与中国汉族人群骨密度(bone mineral density,BMD)的关系,解析该基因调节骨质疏松症的功能机制,进而为中国汉族人群的骨质疏松症的防治提供依据。本研究从我国陕西地区征集了1300例汉族样本,并测量髋部/脊椎骨密度。选取BDNF基因上的14个标签SNPs进行基因分型,与1300例样本BMD进行关联分析,发现8个SNPs与髋部/脊椎BMD显著关联(P<0.05)。其中,SNP rs16917237同时与髋部和脊椎骨密度关联,经Bonferroni校正后仍表现出显著性(0.05/14=0.0036)。整合连锁不平衡和单体型分析、表观功能注释、表达数量基因座分析、代谢通路分析进一步探索BDNF基因调节骨质疏松症的机制。构建小鼠前成骨细胞系(MC3T3-E1)人骨形态形成蛋白(rh BMP-2)诱导分化模型,利用小干扰RNA(si RNA)敲除BDNF。结果显示:14个SNPs位于同一单体型内;rs16917237在成骨细胞中表现出较强的激活型组蛋白H3K4me1、H3K4me3、H3K27ac修饰信号以及P300结合信号,表明其在成骨细胞中可能具有调控活性;rs16917237在11个组织中均能显著影响BDNF基因表达;BDNF基因位于与成骨细胞增殖分化相关的MAPK通路中;BDNF敲低能够显著降低MAPK通路中与成骨分化相关的CREB基因m RNA和蛋白表达水平,提示其可能通过调控CREB表达进而影响成骨分化。生物信息学分析和功能实验结果一致,表明BDNF基因可能是影响骨质疏松症的重要功能基因。
- 杨熳卢冰婕段媛媛陈晓峰马建岗郭燕
- 关键词：单核苷酸多态性BDNF骨质疏松症成骨分化
- Hi-C技术在三维基因组学和疾病致病机理研究中的应用
- 2023年
- 三维基因组学在基因组序列、基因结构及其调控元件的基础上对细胞核内的染色质的三维空间结构进行研究。染色体的空间交互作用是基因表达调控的重要因素,随着高通量染色体构象捕获(high-throughput chromosome conformation capture,Hi-C)技术及其衍生技术的出现和快速发展,借助Hi-C技术获取高通量三维基因组学数据,对基因表达调控等生物过程进行研究,已成为揭示细胞深层机制、阐明疾病致病机理的重要手段。本文在介绍三维基因组的发展历程和研究技术的基础上,重点总结了近年来Hi-C技术在多种疾病研究、特别是致病机理阐释方面的应用和成果,为深入理解三维基因组学在构建全局基因调控图谱、挖掘疾病致病机理方面的应用提供参考和借鉴。
- 王舜泽江丰朱东丽杨铁林郭燕
- 关键词：染色质结构基因表达调控
- SOX6基因3'UTR区野生型和突变型重组质粒的构建与鉴定
- 2016年
- 目的:构建含单核苷酸多态性(SNP)位点rs1065024的SOX6基因3'UTR双荧光素酶报告基因载体,并用生物信息学软件预测与rs1065024位点区域相结合的mi RNA,为进一步研究此SNP位点的功能及mi RNA与SOX6基因3'UTR区之间的关系奠定基础。方法:提取人全血基因组DNA,以基因组DNA为模板,通过PCR扩增含SNP位点在内的SOX6基因3'UTR片段,经过胶回收纯化后,将回收的目的片段插入双荧光素酶报告基因载体p MIR-REPORT中,再经DH5a转化扩增,挑单克隆进行菌落PCR并进行质粒提取,对质粒进行双酶切鉴定,最后进行DNA测序鉴定。针对SNP进行定点突变,构建出野生型和突变型重组质粒,并用生物信息学软件预测出与SNP位点相结合的mi RNA。结果:经单菌落质粒测序验证显示带有T碱基的SOX6基因3'UTR重组质粒p MIR-REPORT-3'UTR-T构建成功;经定点突变,成功将p MIR-REPORT-3'UTR-T质粒转变为p MIR-REPORT-3'UTR-C,经比对未引入任何其他突变;生物信息学预测显示,rs1065024位点位于mi R-190b、mi R-190a-5p、mi R-451b、mi R-4791与SOX6基因3'UTR的结合区域,其多态的改变可以影响mi RNA与m RNA的结合效率。结论:本研究成功构建了含SNP位点rs1065024的p MIR-REPORT-SOX6-3'UTR野生型和突变型重组质粒,为今后SOX6基因3'UTR的SNP位点的功能及mi RNA与SOX6基因3'UTR区之间的关系研究奠定基础。
- 郭燕朱东丽张燕闫菡杨铁林
- 关键词：SO
- 骨质疏松症易感区域1p36.12非编码SNP通过远距离成环调控LINC00339的机制研究
- 全基因组关联分析（genome-wide association studies, GWAS）已成功鉴定数百个与骨质疏松症相关的风险易感变异,其中基因座1p36.12存在多个骨质疏松症相关易感变异,已被多项独立研究重复验...
- 杨铁林陈晓峰段媛媛朱东丽郭燕
- 关键词：骨质疏松症非编码增强子CRISPR
- 文献传递
- 大学生科研创新能力培养的实践及效果分析被引量：9
- 2015年
- 大学生科研创新能力培养在目前国内外教学中受到普遍重视。文章针对大学生科研创新能力培养的现状及存在问题,提出大学生科研创新能力培养的途径及措施,包括提倡课题设计在内的教学方式,学生与教师的科研团队实行双向选择,实施学科交叉人才培养计划,采用课堂教学新模式,进一步改革考核标准并实行奖励制度,等。西安交通大学第一附属医院通过大学生教学实践改革新举措,不断完善大学生科研创新能力培养体系,探索新型教育模式,已取得显著教学成果和科研业绩。
- 魏永长宋安齐陈雪峰常建同郭燕路晨阳苏丹胡艳超李磊张勇杨铁林周芙玲
- 关键词：大学生
- 基于改进SIR模型的新型冠状病毒肺炎疫情预测及防控对疫情发展的影响被引量：14
- 2020年
- 基于约翰·霍普金斯大学系统科学与工程中心获取的2020年3月4日至4月4日期间意大利、韩国、英国、美国、法国、西班牙、德国等7个疫情比较严重国家的新型冠状病毒肺炎(COVID-19)确诊、死亡、治愈病例数据,以SIR模型为基础,通过添加新的参数表征感染系数随时间的变化,并利用回归分析进行参数估计,对7个国家疫情的发展情况进行模拟和预测,并分析各国控制接触率等防治措施对于疫情发展的影响。结果表明:改进的SIR模型对COVID-19疫情发展趋势的分析基本可靠;除英国和美国以外,其他5个国家的疫情现阶段已经得到初步控制,而英国和美国还需要加强防控,以减少疫情带来的损失。研究结果证实了在COVID-19疫情防控中,采取减少集会、避免接触、集中收治等降低人群接触率措施的重要性,以期为后续疫情防控提供参考。
- 朱仁杰唐仕浩刘彤彤郭燕董珊珊成瀛杨铁林
- 关键词：SIR模型疫情分析防控措施
- 骨质疏松诊断标志物的筛选及其与免疫浸润的关系
- 2023年
- 目的寻找潜在的骨质疏松(OP)诊断标志物,并分析免疫浸润在OP发展中的作用。方法使用源自基因表达综合数据库(GEO)的基因表达谱数据集来鉴定OP的差异表达基因(DEGs),并通过富集分析揭示DEGs的潜在机制;采用最小绝对值收敛和选择算法(LASSO)逻辑回归分析和支持向量机递归特征剔除算法(SVM-RFE)筛选和验证OP的诊断标志物;使用CIBERSORT评价OP组织中免疫细胞的浸润情况,分析诊断标志物与免疫细胞浸润的相关性。结果本研究共筛选出5个诊断相关基因为关键基因:SKAP2、SLC30A3、TDRD12、RPL10和CSPP1。SKAP2、SLC30A3、TDRD12、RPL10和CSPP1被确定为OP的诊断标志物。SKAP2、SLC30A3、TDRD12、RPL10联合CSPP1诊断OP的效能较高。22种免疫细胞的相关热图显示,活化的肥大细胞与浆细胞呈正相关,静息肥大细胞与嗜酸性粒细胞呈正相关。此外,活化的CD4记忆T细胞与调节性T细胞呈负相关,巨噬细胞与记忆B细胞呈负相关。结论免疫细胞浸润在OP的发生和发展中至关重要,静息CD4记忆T细胞和M2巨噬细胞可能参与了OP的发病机制,这些结果有助于为OP的诊断和治疗提供新的思路。
- 计超陈一霄刘凯苏啸尘滕梦豪郭燕姬文晨李萌
- 关键词：骨质疏松生物信息学诊断标志物免疫细胞关键基因
- 基于网络药理学探讨扶正抗癌方治疗肝癌的作用机制被引量：3
- 2022年
- 目的基于网络药理学方法研究扶正抗癌方治疗肝癌的有效成分、作用靶点及可能作用机制。方法利用中药系统药理学数据库和分析平台(TCMSP)筛选扶正抗癌方的生物活性成分,并预测其靶点,构建药效分子-靶点网络,进行蛋白相互作用分析,进一步寻找潜在靶点,最后通过KEGG通路、GO富集分析可能的分子机制。结果从TCMSP中获得有效活性成分214种以及260个药效分子靶点基因。PPI分析进一步得到了4875个间接靶点,与检索到的534个肝癌靶点取交集,得到111个共同靶点。KEGG富集分析结果显示,扶正抗癌方作用靶点富集在肝癌发生发展的相关通路上,如癌症通路、细胞周期增殖、DNA合成等通路。GO功能分析表明,这些靶点主要参与细胞增殖、DNA合成和损伤修复与基因表达等过程,同时这些靶点作用主要分布在胞质和膜上,便于蛋白和ATP结合,是良好的潜在药物作用靶点。结论扶正抗癌方可能主要是通过与PTGS2、NCOA2、ESR1、MAPK1/3、TP53、TNF等关键靶蛋白的作用,抑制炎症反应,调控免疫逃逸,抑制肝癌细胞增殖及转移,阻滞细胞增殖周期和诱导凋亡来治疗肝癌。
- 赵培西唐仕浩赵斌袁彬韩乐陈文娟郭燕张一力
- 关键词：扶正抗癌方肝癌网络药理学
