周虹
- 作品数：3 被引量：8H指数：1
- 供职机构：西南交通大学生命科学与工程学院更多>>
- 发文基金：中央高校基本科研业务费专项资金国家级大学生创新创业训练计划国家自然科学基金更多>>
- 相关领域：生物学更多>>
- 植物甜菜碱醛脱氢酶的生物信息学分析被引量：6
- 2012年
- 运用生物信息学的方法,对已在GenBank数据库中注册的甜菜、菠菜、山菠菜、玉米、辽宁碱蓬等植物甜菜碱醛脱氢酶(BADH)的氨基酸序列进行分析。结果表明:植物BADH属于稳定蛋白质,含有较丰富的丙氨酸和谷氨酸;不同植物BADH的氨基酸序列具有较高的同源性,含有与酶功能相关的十肽保守序列及半胱氨酸残基;不同植物的BADH具有不同的亚细胞定位;分子进化研究表明,BADH可作为植物遗传分化和分子进化研究的重要依据;氨基酸序列中不存在信号肽;分子中不存在跨膜结构域,可能受蛋白激酶的磷酸化;α?螺旋是多肽链中的主要结构元件;蛋白质保守区域包含典型的醛脱氢酶功能结构域。该研究结果为开展BADH的酶学特性及植物抗逆的分子机理研究提供理论参考。
- 弄庆媛麦秀英周虹冯潜陈劲松廖海周嘉裕
- 关键词：甜菜碱醛脱氢酶生物信息学GENBANK抗逆
- 决明查尔酮合成酶的同源模建和分子模拟对接被引量：1
- 2013年
- 查尔酮合成酶(chalcone synthase,CHS)是植物中类黄酮生物合成途径的关键酶,其催化对-香豆酰辅酶A和丙二酸单酰辅酶A发生缩合反应。本研究以苜蓿CHS的晶体为模板,利用同源建模构建决明CHS的三维模型。经过动力学优化后,决明CHS的三维模型与苜蓿CHS的结构极为相似,主要由α-螺旋和β-折叠构成,其中有13个α螺旋,占32.82%,15个β折叠,占19.23%,无规则卷曲占47.95%。模型验证结果表明决明CHS的三维模型具有合理的立体化学性质与氨基酸相容性。决明CHS含有两个重要的结构域:对-香豆酰辅酶A结合域与丙二酸单酰辅酶A结合域。决明CHS与对-香豆酰辅酶A、丙二酸单酰辅酶A的结合主要通过氢键与范德华力。决明CHS中Cys164、His303与活性中心的H_2O能够形成电子传递体系,参与对-香豆酰辅酶A形成CHS-对-香豆酰基中间产物。本研究结果为利用此类CHS三维模型研究其催化机理和分子工程改造奠定基础。
- 李云双周虹钟德馨方袁梦梦王万军廖海周嘉裕
- 关键词：查尔酮合成酶同源模建分子对接决明类黄酮
- 植物胆碱单氧化酶的生物信息学分析被引量：1
- 2012年
- 为了研究胆碱单氧化物酶的抗逆机理,运用NCBI、Expasy、Psort、NetPhosK、TMHMM、NPSA网站和MEGA5、DNAman软件,对已在GenBank数据库中注册中的甜菜、菠菜、四翅滨藜草、山菠菜、苋菜等植物胆碱单氧化酶的氨基酸序列进行生物信息学分析。结果表明:植物胆碱单氧化酶中Ala、Ser、Leu等氨基酸含量较丰富,属于稳定蛋白;不同植物胆碱单氧化酶的氨基酸序列具有较高的同源性(81.52%),均含有转运肽区、2Fe-S中心区和非血红素Fe离子结合区;分子进化树揭示胆碱单氧化酶有较强的保守性,可作为植物遗传分化和分子进化研究的重要依据;分子中不存在跨膜结构域,与疏水区域预测结果一致;可能受蛋白激酶C磷酸化,位点为Ser326;无规卷曲是多肽链中大量的结构元件;包含2个功能结构域,分属于Rieske家族与SRPBCC家族。本研究结果为开展胆碱单氧化酶的酶学特性及甘氨酸甜菜碱生物合成的分子机理研究提供理论参考。
- 冯潜弄庆媛麦秀英周虹陈劲松周嘉裕廖海
- 关键词：生物信息学GENBANK抗逆
