刘斌
- 作品数：19 被引量：72H指数：5
- 供职机构：中国科学院海洋研究所更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金国家高技术研究发展计划中国科学院“百人计划”更多>>
- 相关领域：医药卫生生物学农业科学天文地球更多>>
- SARS相关病毒(BJ01株)的全序列及其比较分析被引量：23
- 2003年
- 严重急性呼吸综合征(SARS)是一种新发现的急性传染病。对一株已确认为SARS病原体的冠状病毒(BJ01)进行了全基因组序列测定,并与其他已知病毒进行了比较分析。该病毒基因组全长为29.725kb,含11个可读框(ORFs),由1个稳定区和1个可变区组成,其中稳定区编码RNA依赖性RNA聚合酶,包括两个ORFs;可变区含有4个蛋白质编码序列(CDSs),分别编码病毒的4个结构蛋白(S,E,M,N蛋白)。此外,可变区还包括5个非典型的预测蛋白(PUPs)。此病毒基因的排列顺序与其他已知的冠状病毒一致。通过与已知RNA病毒的序列比对,可以确认该病毒属于冠状病毒科(Coronaviridae)。与GenBank中已知的5个SARS相关病毒全基因组序列的比较分析显示,已在30个核苷酸位置上检出序列差异,总体突变率为0.1％,其中15个变异位点在编码区,可能会导致蛋白质的氨基酸改变(异义突变)。S蛋白中已发现3处可能引起该蛋白质物化特征变化的变异,而该蛋白质可能参与病毒与宿主间的免疫反应.与病毒包膜形成相关的M蛋白中则已发现两处氨基酸变化。进化分析表明,SARS病毒可能不是来源于人类,但没有证据证明是人为制造的。为了阐明SARS相关病毒的病因学以及排除其他可能的SARS病原体的存在,仍需进行更深入的研究。
- 秦鄂德祝庆余于曼范宝昌常国辉司炳银杨保安彭文明姜涛刘伯华邓永强刘洪张雨王翠娥李豫川甘永华李晓萸吕富双谭刚曹务春杨瑞馥汪建李蔚徐祖元李彦吴清发林伟陈维军唐琳邓亚军韩玉军李昌峰雷蒙李国庆
- 关键词：冠状病毒基因组系统发生学
- 一种制备感受态细胞的YENB培养基的应用
- 本发明涉及一种制备高效电转化感受态细胞的培养基，每升YENB培养基中含有，用于细胞培养的酵母提取物6～9g，用于细胞培养的营养肉汤6～9g，余量为水。本发明采用特殊配方的培养基，控制细胞一次培养和二次培养的生长时间、制备...
- 相建海张洋刘斌张晓军李富花
- 文献传递
- 伴有mtDNA14484位点突变的Leber病一大家系
- 2008年
- 目的研究Leber病一大家系的遗传因素，探讨其外显率、遗传早现、自发视力恢复，以及与mtDNA的关联性。方法对家系中18例患者进行调查，并行视力、眼底等常规检查；5例患者作了视觉诱发电位（visual evoked potential，VEP）及视野检查；应用聚合酶链反应对6例患者外周血液进行mtDNA11778、3460及144843个位点检查。结果（1）本家系第1代娶二妻，前妻后代皆无明显诱因出现双眼视力下降，经眼底镜检查符合视神经萎缩诊断。后妻无眼病，其后代均无眼病。（2）6例患者的mtDNA检查显示11778、3460位点未发现突变，而在14484位点出现同质性突变。结论该家系Leber病呈典型母系遗传，该病的临床表现可能与mtDNA14484位点突变密切关联。
- 童绎王影姜枫刘斌张守康杨薇
- 关键词：LEBER遗传性视神经病变MTDNA母系遗传
- 南极磷虾(Euphausia superba)线粒体基因组特征及其分子标记应用被引量：5
- 2008年
- 为揭示南极磷虾(Eupahusia superba)(甲壳动物:软甲纲:磷虾目)线粒体基因组特征,及通过比较不同海域南极磷虾的线粒体基因组探讨潜在的分子标记,采用Long PCR扩增技术获得采自普里兹湾(Prydz Bay)南极磷虾线粒体基因组DNA,综合Primers-walking和Shotgun方法进行测序;通过生物信息学软件(DOGMA、tRNAscan-SE1.21和DnaSP4.10.7等)进行基因预测及序列分析。南极磷虾线粒体基因组全长15498 bp以上(部分非编码区未测定),包含13个蛋白编码基因、2个核糖体RNA基因和23个转运RNA基因。与后生动物线粒体基因组标准的基因组成相比,存在1个trnN基因的重复。南极磷虾线粒体基因组的基因排列与泛甲壳动物线粒体基因组的原始排列相比,出现4个转运RNA基因的易位:trnL1、trnL2、trnW和trnI以及1个trnN的重复。比较采自普里兹湾(Prydz Bay)和威德尔海(Weddell Sea)南极磷虾的线粒体基因组,作者发现在南极磷虾线粒体基因组的主编码基因中,变异最大的是nad2基因,差异位点高达61个,其次是nad5基因,差异位点有12个;而cox1基因的变异位点仅有3个。Nad2基因和nad5基因可作为cox1基因辅助的分子标记,用于分析南极磷虾不同地理种群之间的遗传多样性,为合理利用南极磷虾生物资源提供保障。
- 申欣孙松王海青王敏晓任建峰张光涛刘斌
- 关键词：南极磷虾线粒体基因组海洋生态浮游动物分子标记
- 一种制备高效电转化感受态细胞的培养基及其应用
- 本发明涉及一种制备高效电转化感受态细胞的培养基，每升YENB培养基中含有，用于细胞培养的酵母提取物6～9g，用于细胞培养的营养肉汤6～9g，余量为水。本发明采用特殊配方的培养基，控制细胞一次培养和二次培养的生长时间、制备...
- 相建海张洋刘斌张晓军李富花
- 文献传递
- 代谢型谷氨酸受体mGluR7的基因组结构及其家族蛋白胞外区的基因组结构比较被引量：2
- 2002年
- L-谷氨酸是哺乳动物中枢神经系统中的神经递质,其代谢型谷氨酸受体mGluR7在正常中枢神经功能和多种神经退行性疾病的病理发生中起着重要作用.为了研究mGluR7基因相关疾病的生物和遗传基础,通过从BAC文库中筛选种子克隆和对酶切指纹图谱数据库查询等方法,构建了覆盖mGluR7全长基因的基因组物理图谱,并采用鸟枪法策略对图中BAC克隆进行测序与拼接组装,最终得到准确度为万分之一的完整的基因组序列.序列分析表明:mGluR7基因是长达880 kb的超大基因;其基因组 GC含量为 38％,重复序列含量为 37.5％;由 11个外显子和 10个内含子组成,其中5个内含子长度超过100 kb,内含子1长达285 kb;存在2个替换剪接转录本mGluR7a和mGluR7b.通过比较mGluR基因家族3组8个亚型受体蛋白胞外区的基因组结构,发现它们对应的基因组结构分为3组,组内各成员的基因组结构较为保守,而组间各成员的基因组结构保守性较差.这种基因组水平的组内保守和组间差异是和蛋白质水平上的保守和差异一致的,提示这些受体的基本功能在进化的过程中有明显的分化.在含mGluR7的组内,尽管组内各成员的基因组结构趋于保守,但大部分内含子长度变化幅度很大,揭示基因组结构变化的程度高于蛋白质水平的变化,这种变化预期是在基因表达的调控上体现其生物属性的.
- 吴清发董伟包维东牛宇欣张以琳张海清杨焕明齐晓华陈冲刘斌胡松年汪建
- 关键词：基因组家族蛋白胞外区
- 慢性进行性眼外肌麻痹1例线粒体遗传突变分析
- 2010年
- 目的探讨慢性进行性眼外肌麻痹的病理分子机制。方法对1例病因不明的进行性眼外肌麻痹患者进行基因分析。结果该患者携带大片段异质性3533碱基对的缺失,缺失点位于核苷酸5307位点至8840位点。另外对线粒体基因组的3243、4298、5628三个位点和共有缺失(Common Deletion)进行检测,未发现该患者携带此类突变。结论该患者线粒体基因组携带大片段缺失突变,呈异质性表现,预测将对此疾病的发病与病理进程产生严重后果。该患者的相同的缺失情况尚未见诸文献报告。
- 童绎杨薇刘斌张淑春姜枫
- 关键词：慢性进行性眼外肌麻痹线粒体
- 凡纳滨对虾肠道微生物宏基因组Solexa测序及其初步分析被引量：3
- 2012年
- CTAB-酚/氯仿法提取新鲜凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)肠道微生物宏基因组DNA。结果表明:CTAB-酚/氯仿法提取总DNA的浓度达到92.5 ng/μL,半定量PCR法检测微生物基因组相对含量为69.9%。凡纳滨对虾肠道微生物宏基因组用于Solexa测序,生物信息学分析结果显示宏基因数据中64.1%的数据属于未知序列,35.5%属于真核生物,而已知的微生物和病毒序列所占比例仅有0.4%。
- 严雪平袁剑波刘斌
- 关键词：CTAB
- 基因组研究的关键平台--大片段文库被引量：5
- 2008年
- 张洋张晓军刘斌李富花相建海
- 关键词：基因组文库全基因组测序图位克隆克隆载体
- Leber遗传性视神经病变家系线粒体DNA突变检测被引量：5
- 2005年
- 目的:探讨Leber遗传性视神经病变(LHON)患者的线粒体DNA(mtDNA)突变。方法:运用聚合酶链反应-单链构象多态性分析(PCR-SSCP)和DNA序列测定方法,设计4对引物,扩增出含11778、14484、3460三个已知原发突变位点和3394、4136、4160、4216、11696、14459、14482、14498八个已知继发突变位点的4对mtDNA片段,对3个LHON家系30位母系成员的血样进行检测。32份无视力障碍的正常人血样作对照。参照mtDNA序列为剑桥标准mtDNA序列。结果:30位母系成员均含11778位点突变,其中1人合并4164位点突变(A→G)。与剑桥标准mtDNA序列对比,30位LHON母系成员和32位正常对照均含有11719位点突变。结论:11778是LHON患者常见的突变位点,4164位点突变可能是新的继发突变或正常人单核苷酸位点多态性。11719位点突变可能是中国人存在的单核苷酸位点多态性。
- 金学民王珮胡宏阁刘斌李晓文姜枫
- 关键词：LEBER遗传性视神经病变线粒体DNA单链构象多态性DNA序列测定
