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Studies on the Extraction Methods of Metagenomic DNA from Mud Volcano in Xinjiang被引量：5: 2010年; [Objective]To seek one effective extraction method of metagenomic DNA from mud volcano.[Method]The metagenomic DNA from mud volcano was extracted by CTAB extraction method,SDS-enzyme method,improved method,reagent kit method.The extraction of four kinds of methods were compared.[Result]The extracted rate in reagent sets method was the highest,next was improved method,the extracted quantity in SDS-enzyme method was maximum.DNA extracted by the improved method was diluted ten times for PCR.[Conclusion]Considering economy and purity,the improved method can be used as one effective extraction method of metagenomic DNA from mud volcano.; 李建辉路盼盼张亚平; 关键词：XINJIANG

一株动性杆菌的生理学特性研究及其鉴定被引量：1: 2010年; 从新疆泥火山样品中分离得到1株细菌ljh-5,经过16SrDNA分子鉴定,该菌株与动性杆菌属(Planomicrobium)的相似度最高为90%,结合菌株、菌落特征及其生理生化特性,初步鉴定该菌为动性杆菌属新种。并对该菌株生长特性进行研究。; 李建辉路盼盼张亚平; 关键词：泥火山生理生化

新疆泥火山中度嗜盐菌WS1的16S rDNA分析被引量：4: 2010年; [目的]了解在新疆泥火山群这一特殊生境条件下一株中度嗜盐菌种属关系。[方法]从新疆泥火山分离得到中度嗜盐菌WS1,测定其生理生化指标,并采用真细菌16SrDNA通用引物PCR扩增WS1菌株的16SrDNA,将得到的片段在NCBI Genbank数据库中通过Blast软件对其进行同源性检索,使用PHYLIP3.65软件构建系统发育树。[结果]该菌能够在浓度0～15%NaCl的条件下生长;PCR扩增得到的片段长度为1 423 bp;同源性比对表明,该菌株与多种涅斯捷连科氏菌的16S rDNA序列同源性高达99%;系统发育树显示WS1菌株与涅斯捷连科氏菌的亲缘关系最近。[结论]结合生理生化指标,初步确定WS1菌株可能是耐盐涅斯捷连科氏菌属的一个亚种。; 李建辉路盼盼张亚平; 关键词：泥火山 RDNA 同源性分析

新疆泥火山群土壤细菌群落的DGGE分析被引量：1: 2010年; 采用变性梯度凝胶电泳(DGGE)指纹图谱技术,对新疆乌苏泥火山区土壤细菌群落的16S rDNA V3区进行电泳分离,并用Quantity one软件对图谱进行聚类分析,对主要条带进行回收测序.DGGE图谱显示,各土样细菌的组成有显著差异.聚类分析表明,相同月份、不同深度土样细菌组成相近.特异条带的回收测序结果表明,假单胞菌属是泥火山土壤优势菌群.新疆泥火山区土壤细菌多态性明显,并容易受生态、气候等因素影响,但优势菌群受此影响较小.; 李建辉路盼盼张亚平; 关键词：泥火山 RDNA

基于形态特征和ITS序列对新疆博乐蘑菇的分类鉴定被引量：2: 2009年; 在新疆博乐90团,20～40 cm地下采得一株伞菌(BL)。首先采用形态学分类法对其进行了宏观和微观的描述,根据生境和形态学特征与大型真菌图鉴对照找到两种相似菌株Agaricus bisporus(双胞蘑菇),Agaricus gennadii(圆孢蘑菇)。然后对该伞菌进行了菌丝体培养,获得了两株生长势不同的菌丝。为了进一步确定分类学地位,采用PCR技术,以rDNA-ITS为分子指标,对子实体和菌丝进行了ITS序列测定与分析。结果表明:生长势强的菌丝(J1)为实验室污染菌,生长势弱的菌丝(J2)为BL的纯菌丝。系统进化树显示BL归为Agaricus bitorquis(双环蘑菇)较为合理。; 刘伟李建辉张亚平

新疆泥火山细菌多样性的PCR-DGGE条带克隆测序分析被引量：1: 2011年; 为了进一步了解新疆泥火山细菌的多样性,在泥火山土样细菌总DNA16S rDNA的PCR-DGGE电泳图谱分析的基础上,对变性胶上的13个特异性条带进行回收,并进行克隆与转化。克隆测序结果表明:不同深度梯度的土样和不同泥口水样中的真细菌主要优势菌群是未命名假单胞菌属(uncultured Pseudomonas sp.)和假单胞菌属(Pseud-omonas sp.),受生态和气候因素的影响较小。5、7、9月的微生物丰富度递减,而且微生物的多样性随着土壤深度的加深而减少,其中5月份土样微生物多样性最为丰富,且存在稀有菌,受生态和气候环境的影响较大。; 路盼盼李建辉张亚平; 关键词：泥火山细菌多样性 PCR-DGGE 克隆测序

新疆泥火山群土壤真菌群落的DGGE分析被引量：1: 2014年; 采用DGGE指纹图谱技术对新疆乌苏的泥火山区的土壤真菌群落18SrDNA进行电泳分离,通过Quantity one软件对图谱进行聚类分析,并对主要条带进行回收测序。DGGE图谱聚类分析显示,五月份表层土真菌的种类和数量丰富。群落结构在相同季节垂直分布上相似性较高,聚集到一个分支上;而不同季节土样真菌组成差异较大。特异条带的回收测序结果表明,泥火山真菌优势菌群为链格孢属真菌和多枝横梗霉属。新疆泥火山土壤真菌的多样性较高但数量偏少,受气候环境因素的影响较大,优势菌群受此影响较小。; 张亚平曹小妮路盼盼余鹏李建辉; 关键词：泥火山 DGGE

新疆泥火山土壤宏基因组DNA的提取方法研究被引量：1: 2010年; [目的]寻找一种有效的泥火山土壤宏基因组DNA的提取方法。[方法]分别采用CTAB法、SDS加酶法、实验室改进法、试剂盒法提取泥火山土壤宏基因组,比较4种方法的提取效果。[结果]试剂盒法的提取效率最高、纯度最好;实验室改进法次之;SDS加酶法提取量最多。实验室改进法获得的DNA稀释10倍可直接用于PCR扩增。[结论]从经济和DNA质量的角度考虑,实验室改进法可作为新疆泥火山土壤宏基因组DNA提取最有效的方法。; 李建辉路盼盼张亚平; 关键词：泥火山

新疆泥火山细菌群落PCR-SSCP分析被引量：3: 2011年; 采用单链构象多态性(SSCP)技术,以16S rDNA基因的V3区为靶对象,分析泥火山细菌多样性及其群落结构。通过对泥火山不同月份的不同深度土样DNA提取后,针对16S rDNA进行PCR扩增出236 bp大小片段,通过SSCP电泳对泥火山细菌进行季节性多样性分析,并对主要条带进行克隆分析。结果显示:新疆泥火山细菌不同季节多态性明显,而且这种多态性容易受生态和气候的影响;假单胞菌属是泥火山土壤优势菌群,在泥火山区土壤中广泛分布,受生态和气候环境影响较小。; 路盼盼李建辉张亚平; 关键词：泥火山 PCR-SSCP RDNA

新疆泥火山可培养细菌系统发育分析被引量：1: 2011年; 为了解新疆泥火山可培养细菌的多样性,2009年8月从新疆乌苏泥火山群采集土壤样品,经稀释涂布和划线分离得到31株纯培养菌株,对分离的所有菌株均提取基因组DNA,利用真菌、细菌通用引物扩增得到16S rDNA的序列并测序。将序列在NCBI GenBank数据库中通过Blast软件对其进行同源性检索,使用PHYLIP 3.65软件构建系统发育树。结果表明:31株菌分别归属于13个属,其中15株属于变形菌门(Proteobacteria)、12株属于放线菌门(Acti-nobacteria)、2株属于厚壁菌门(Firmicutes)、2株属于微球菌门(Micrococci)。新疆泥火山细菌多样性丰富,优势菌群为盐单胞菌(Halomonas),4号和16号菌株为新种或属。; 李建辉路盼盼张亚平; 关键词：泥火山细菌系统发育

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李建辉