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丙型肝炎病毒感染分子溯源技术研究进展被引量：2: 2014年; 丙型肝炎病毒（hepatitis C virus,HCV）感染主要经血液和母婴垂直传播,还可能经性传播.依据美国疾病预防控制中心的有关指南,对HCV职业暴露感染的鉴定依赖于文件记录和定期的随访检测结果.对于没有完整记录和随访检测结果的职业暴露感染、医源性感染等,比如近年来多次在我国发现的聚集性丙肝疫情,单纯依靠传统流行病学调查难以确认真正的传染源和传播途径,这就需要利用更精细的分子溯源技术获得更直接的证据.本文对HCV分子溯源技术的原理、方法和应用作一综述.; 赵琦时丽丽邱茂锋; 关键词：丙型肝炎病毒分子流行病学准种聚合酶链反应

HIV暴露后感染分子溯源技术的研究进展被引量：4: 2015年; 艾滋病病毒(HIV)暴露后的感染溯源调查,依赖于传统流行病学资料与分子流行病学证据的结合使用。目前HIV分子溯源技术已被成功地应用于职业暴露后感染的鉴定、医源性感染调查、司法调查等方面。文章介绍了该技术的原理、方法、应用、影响因素和应用前景。HIV分子溯源研究中可采用不同实验室的数据对结果进行验证,但这并不是一种常规做法。要保证鉴定结果的准确性和可靠性,实验室内部质量管理更为重要。; 时丽丽赵琦温玉洁邱茂锋; 关键词：艾滋病病毒荧光定量聚合酶链反应准种

HIV暴露后感染溯源技术的研究: 背景HIV等血源性职业暴露感染和医源性感染是广大医务人员、公安司法干警和公众最关心的问题之一。传统的HIV暴露后感染溯源主要依赖于流行病学调查。国外有报道将分子流行病学技术用于HIV暴露后感染溯源调查,通过对可疑传播链上...; 时丽丽; 关键词：HIV 克隆分子流行病学疾病传播; 文献传递

Miseq高通量测序平台用于一起疑似经性传播HIV的溯源调查被引量：13: 2014年; 目的建立分析HIV准种的Miseq高通量测序（简称Miseq测序）技术,并尝试用于一起疑似经性传播HIV的溯源调查.方法采集疑似有传播关系的2例HIV感染者（编号P1、P2）血液样本,并以同一城市与他们无直接传播关系的2例HIV感染者（编号P3、P4）为对照.提取血浆中RNA,逆转录后进行HIV基因亚型分析和Miseq测序.根据测序结果分析样本中HIV的准种分布,比较使用优势准种数目由少到多（5、20、100、500、全部）时所得的基因离散率及系统进化树.结果 4份样本中HIV的基因亚型相同,均为HIV-1重组亚型（CRF） 01 _AE.采用Miseq测序,每份样本获得23 788～37 397条有效核酸序列,代表1 229～1 412个独特准种.P2与P1间的平均基因离散率（3.5％～4.5％）远小于与对照样本间（10.3％～ 19.6％,P＜0.01）.系统进化树结果显示,P1和P2的准种聚集在一起,而P3和P4的各自单独聚为一簇;当所用的优势准种数目为20或更多时,P1对P2存在并系关系,提示HIV的传播方向是从P1到P2.结论 Miseq测序在HIV感染溯源调查中可以推断传播关系和传播方向,其操作较简便、检测成本较低,具有较高的实用价值.; 赵琦时丽丽蒋岩温玉洁潘品良张桂云邱茂锋; 关键词：HIV 分子流行病学疾病传播准种

一起疑似输血传播HIV的分子流行病学研究被引量：11: 2013年; 目的采用基于准种分析的HIV暴露后感染溯源检测技术调查一起疑似输血传播HIV案件。方法采集可疑传播链上3例HIV感染者（编号T1～T3）及作为对照的13例已知HIV感染者或艾滋病患者（编号c1～C13）的血样，共计16份血样。提取血浆RNA后，进行逆转录套式PCR扩增，对扩增成功的PCR产物进行克隆、测序。利用BioEdit6．0．7和MEGA4．0软件分析基因序列，计算基因离散率、构建系统进化树。结果成功获得了13份样品的核酸序列，T1、T2和耶样品中毒株为CRF07-BC重组亚型，与12和r乃来自同一城市的6份对照样品中有5份毒株为CRF07-BC重组亚型，而与T1来自同一城市的4份对照样品中毒株全部为CRF01-AE重组亚型。T1与T2间的平均基因离散率最小（2．O％），随后依次为C12（2．8％）和乃（2．9％）等。系统进化树分析显示，T1、他、仍和C12的所有克隆聚为一簇，并提示HIV的传播方向是从T3经T2到T1。结论实验结果支持HIV从乃经12传播到T1的流行病学调查线索，显示分子流行病学技术可以为HIV暴露后感染溯源调查提供更直接的证据。; 时丽丽赵琦蒋岩潘品良张桂云邱茂锋; 关键词：HIV 疾病传播输血分子流行病学

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时丽丽