吴正常
- 作品数：36 被引量：112H指数：6
- 供职机构：扬州大学动物科学与技术学院更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金江苏省科技支撑计划项目江苏高校优势学科建设工程资助项目更多>>
- 相关领域：农业科学生物学文化科学轻工技术与工程更多>>
- FUT2基因对断奶仔猪E.coli F18感染抗性的表观遗传调控机制分析
- 吴正常吴嘉韵赵呈祥吴圣龙包文斌
- 奶牛IL-8基因结构和功能的生物信息学分析被引量：6
- 2013年
- 以奶牛IL-8基因为研究对象,运用生物信息学方法,对其编码的蛋白质结构、理化性质、信号肽、跨膜结构、亚细胞定位、二级结构以及高级结构进行生物信息学分析,并推测与其他物种的进化关系。结果表明:奶牛IL-8蛋白为稳定亲水性跨膜蛋白,定位于细胞外。二级结构以α螺旋和无规则卷曲为主,有2个Ser和2个Thr,可能成为蛋白激酶磷酸化位点,此外还有12个糖基化位点。保守结构域分析表明,奶牛IL-8蛋白有一个SCY锌指保守结构域。IL-8蛋白氨基酸邻接系统树分析表明,奶牛IL-8基因与绵羊的亲缘关系最近,具有较高的同源性。
- 刘贤慧杨章平吴正常甘宗辉刘姗
- 关键词：奶牛IL-8基因生物信息学
- 13个物种BPI基因编码区生物信息学分析被引量：6
- 2013年
- 本研究采用生物信息学的方法比较不同物种BPI基因编码区CDS序列,分析人、小家鼠、褐家鼠、牛、白颊长臂猿、原鸡、家兔、野猪、猕猴、家马、非洲爪蟾、毛猩猩、犬13个物种BPI基因编码区的遗传多样性,且对BPI氨基酸序列组成、信号肽、疏水性/亲水性、跨膜结构、二级结构及保守结构域进行预测分析。结果表明,在13个物种的29条BPI基因CDS序列中,共检测到532个多态位点,生成了15种单倍型,BPI基因在种群间及种群内均存在较大的遗传变异,BPI基因具有较强的密码子偏爱性。BPI蛋白理论等电点均大于7,呈碱性,N端大都有信号肽,肽链表现为亲水性,基本属于跨膜蛋白和分泌蛋白。BPI蛋白主要二级结构元件为α螺旋、β折叠和无规则卷曲,有2个保守结构域BPI1和BPI2。
- 吴正常苏先敏王瑾郑先瑞吴圣龙包文斌
- 关键词：编码区生物信息学
- 猪miR-192/-215的组织表达谱及其关键靶基因分析被引量：5
- 2015年
- 【目的】在前期通过Illumina Solexa高通量测序技术并结合荧光定量验证筛选出断奶仔猪E.coliF18菌株感染下表达量极显著上调的micro RNAs—miR-192和miR-215的基础上,为了解miR-192和miR-215的组织表达情况,进一步筛选确定miR-192和miR-215靶向调控E.coli F18菌株感染的关键靶基因,为探讨miR-192和miR-215调控断奶仔猪E.coli F18感染的分子调控机制奠定基础。【方法】试验采用Real-time PCR方法检测miR-192和miR-215在35日龄梅山仔猪各个组织中的分布情况,同时利用MEGA 5.0分析了其保守性,Target Scan预测miR-192和miR-215的靶基因,并对靶基因分别进行Gene Ontology和Pathway通路的富集分析,进一步利用DAVID对靶基因蛋白进行功能分类,最后将预测的靶基因与课题组前期筛选出的断奶仔猪E.coli F18感染抗性相关的调控基因取交集。【结果】miR-192和miR-215在35日龄梅山仔猪十二指肠和空肠中均高度表达,二者成熟序列在脊椎动物中高度保守。miR-192和miR-215对应的靶基因相同,具有156个靶基因,只在轴突导向通路(axon guidance pathway)显著富集(P-value<0.05)以及25个GO功能中显著富集(P-value<0.05)。靶基因蛋白按功能分为12类,其中信号转导功能的磷蛋白(phosphoprotein)和DNA结合蛋白(dna-binding)占主要部分。靶基因与前期筛选的E.coli F18感染抗性相关的调控基因(GEO登录号:GSE26854)取交集,发现DLG5、ALCAM、FRMD4B、MIPOL1和ZFHX3等5个基因为miR-192和miR-215的重要靶基因,其中DLG5为维持小肠上皮细胞结构完整性的重要因子。【结论】miR-192与miR-215是参与维持断奶仔猪肠道正常功能与抗F18大肠杆菌感染的重要因子,DLG5可能是miR-192和miR-215靶向调控E.coli F18菌株感染中关键的靶基因,今后需要进一步验证其能否作为梅山猪抗F18大肠杆菌的有效遗传标记。
- 吴正常殷学梅孙丽夏日炜霍永久吴圣龙包文斌
- 关键词：组织表达谱靶基因E.COLI
- 长链非编码RNA-FUT3as对断奶仔猪大肠杆菌F18抗性的作用及其调控机制分析
- 引言仔猪细菌性腹泻是目前规模化养猪生产中最常见的一类肠道疾病,给生猪养殖业带来了极其严重的经济损失,其中大肠杆菌F18 (E.coli F18)是引起断奶仔猪细菌性腹泻的主要病原菌,地方品种猪对其抗性的调控机制有待深入阐...
- 吴正常侍笑如王海飞吴圣龙包文斌
- 关键词：仔猪大肠杆菌断奶仔猪
- 丹系大白母猪背膘厚性状的全基因组关联分析被引量：1
- 2022年
- 背膘厚影响生猪育肥效果、脂肪沉积能力及母猪繁殖性能,是大白猪选育的重要指标之一。为寻找与丹系大白母猪背膘厚性状相关的分子标记,利用55K SNP芯片对695头大白母猪群体进行基因分型,并对背膘厚性状进行全基因组关联分析(GWAS),筛选显著影响背膘厚性状的单核苷酸多态性(SNP)位点及候选基因。结果表明:丹系大白母猪平均背膘厚为9.33 mm,经质控后共获得64812个SNP位点,GWAS分析筛选出2个与背膘厚显著相关的SNPs(rs332580652、rs336799903);群体遗传多样性分析显示,仅rs336799903多态性分布处于Hardy-Weinberg平衡,且该位点在丹系大白猪群体中呈中度多态;对关联显著的SNPs上下游200 kb内编码基因进行筛查,共发现4个候选基因(ENSSSCG00000021336、THEG、ENSSSCG00000020950、ENSSSCG00000026639);对关联显著的SNPs与染色质修饰关系进行注释,发现rs332580652仅仅在肝脏组织中存在H3K27me3修饰,而rs336799903在猪的不同组织中存在H3K27me3和ATAC修饰。综上,利用GWAS筛选出丹系大白母猪背膘厚相关SNPs及候选基因,为后续通过分子育种手段降低丹系大白母猪背膘厚进而改善猪肉品质,为生猪绿色健康养殖提供一定的理论依据和借鉴。
- 吴正常单祎祎黄小国吴圣龙包文斌
- 关键词：大白猪背膘厚全基因组关联分析SNP候选基因
- 动物科学专业大学生创新思维培养探究被引量：1
- 2021年
- 动物科学专业大学生创新思维能力培养对于畜牧业创新驱动发展至关重要。文章分析了当前我国高校动物科学专业大学生创新思维能力培养中存在的问题,并就培养路径进行了探讨,旨在为高校动物科学专业大学生创新思维能力培养提供参考。
- 张涛王小龙张跟喜谢恺舟吴正常
- 关键词：动物科学专业大学生创新思维
- 梅山猪PBD-1基因CDS区克隆、组织表达及生物信息学分析
- 2018年
- 为系统探究猪β防御素-1(PBD-1)基因的结构和功能,以梅山猪为试验材料,扩增PBD-1基因CDS区,应用生物信息学分析猪PBD-1基因编码蛋白的特性和功能,运用DnaSP和MEGA分析猪PBD-1基因与其他物种进化关系,同时利用实时荧光定量方法检测PBD-1基因在梅山猪不同组织中的表达水平。结果表明:猪PBD-1基因CDS区长195bp,编码64个氨基酸,为脂溶性疏水性、不稳定的分泌型蛋白,无跨膜结构,存在信号肽区域(第1～22位氨基酸);该蛋白存在3个特异性蛋白质激酶的结合位点(PKC、PKA、UNSP),二级结构以α螺旋和无规则卷曲为主;包含defensin-beta保守结构域(第28～62位氨基酸),且该蛋白可能与PBD-2、CCR6、NPG1、PAMP-23、ZCCHC3等蛋白存在相互作用关系。进化分析显示,猪PBD-1基因与驴、驯鹿具有较高的同源性,可聚为一类。组织表达谱显示,PBD-1基因在梅山猪不同组织中均有表达,尤其在胃、免疫组织(胸腺、淋巴)及肠道组织(空肠、回肠)中呈现高表达。这一研究为今后深入研究PBD-1基因功能提供了理论参考。
- 冯海悦曹越郜重丞吴正常包文斌吴圣龙
- 关键词：梅山猪克隆生物信息学
- 荷斯坦牛二酰基甘油酰基转移酶1基因外显子8的单核苷酸多态性位点对蛋白质结构和功能的影响及其进化分析被引量：2
- 2013年
- 为了检测荷斯坦牛二酰基甘油酰基转移酶1(diacylglycerol acyltransferase 1,DGAT1)基因外显子8的单核苷酸多态性(SNPs)位点,预测分析碱基突变对蛋白质结构和功能的影响,并讨论不同物种间DGAT1的进化关系。本研究利用PCR-SSCP综合测序方法检测DGAT1基因外显子8的SNPs位点,用生物信息学方法分析DGAT1蛋白的基本性质和结构功能,并分析不同物种间DGAT1氨基酸同源性及构建其进化树。PCR-SSCP分析结果显示,DGAT1基因外显子8存在1个双突变位点,即M694和M695;蛋白质结构和功能预测结果显示,该双突变不影响蛋白质的理化性质和结构,但能引起蛋白质功能域组成发生改变;进化分析结果显示,荷斯坦牛DGAT1氨基酸序列与绵羊同源性最高(99.1%),与黑猩猩同源性最低(65.3%)。
- 刘贤慧常玲玲吴正常李蕊朱怡慧毛永江倪海球郭娉婷杨章平
- 关键词：荷斯坦牛单核苷酸多态性生物信息学
- 猪m^6A去甲基化酶FTO、ALKBH5基因表达水平与大肠杆菌F18感染抗性的关系分析被引量：2
- 2020年
- 为了探讨猪6-甲基腺嘌呤(m^6A)去甲基化酶mRNA表达水平与仔猪大肠杆菌F18抗性的关系,本研究运用实时荧光定量PCR方法检测m^6A去甲基化酶FTO和ALKBH5基因在35日龄苏太猪断奶仔猪大肠杆菌F18抗性型和敏感型个体十二指肠和空肠组织中的mRNA表达差异,同时分别利用F18ab、F18ac大肠杆菌菌体刺激和内毒素LPS诱导猪小肠上皮细胞(IPEC-J2),检测FTO、ALKBH5基因表达变化。结果表明,FTO、ALKBH5基因在抗性型个体十二指肠和空肠中的表达量均极显著或显著高于敏感型个体(P<0.01,P<0.05);不同F18大肠杆菌菌体刺激IPEC-J2细胞后,FTO基因表达水平均无显著变化(P>0.05),而ALKBH5基因在F18ac刺激后表达量显著上调(P<0.05);LPS诱导4 h时,FTO和ALKBH5基因表达量均显著上调(P<0.05)。本研究在细胞和个体水平上初步验证并发现了m^6A去甲基化酶FTO和ALKBH5基因表达水平与大肠杆菌感染仔猪密切相关,为今后深入研究RNA去甲基化修饰在仔猪细菌性腹泻调控中的作用机制提供了理论基础。
- 齐晓艺杨荔吴正常包文斌吴圣龙
- 关键词：大肠杆菌
