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猪ACACA基因及其编码蛋白质的生物信息学分析被引量：3: 2014年; 为从分子水平研究猪脂肪合成过程,对脂肪合成关键酶乙酰辅酶A羧化酶-α基因(ACACA)进行分析。采用生物信息学的方法,查找猪ACACA基因的ORF框,对基因CDS序列的限制性酶切位点进行分析,并对其编码蛋白质的理化性质、二级结构、三级结构、拓扑结构、结构功能域进行预测分析。结果表明,猪ACACA基因CDS区全长7 041 bp,其编码蛋白质含2 346个氨基酸。二级结构以α螺旋与无规则卷曲为主,局部出现β转角,三级结构显示结果与二级结构预测结果相符。该蛋白质为亲水性蛋白质,N端无信号肽,为非分泌蛋白质;不含跨膜结构区,未定位于膜内,预测其为膜外区蛋白质;亚细胞定位结果显示该蛋白质为非细胞器蛋白质,是胞质蛋白质的可能性最大;功能域分析发现该蛋白质序列含有BC结构域、CT结构域、CPSase大亚基N端结构域、ATP-grasp折叠结构域、生物素基/硫辛酰基结合域等及一些蛋白质基序。该结果将为进一步研究猪ACACA基因与脂肪合成的关系提供基础资料。; 陶隽贾青魏星灿胡慧艳邢增喜; 关键词：蛋白质生物信息学

猪MyoD1基因多态性与肉质性状的相关分析被引量：12: 2012年; MyoD基因家族能促使肌肉转化,影响着肉质品质。为了研究MyoD1与肉质性状间的关系,采用PCR-SSCP技术分析杜长大三元杂交猪MyoD1基因第1外显子的单核苷酸多态性。为了将第1外显子(长630bp)全部扩出,故将第1对引物设在MyoD1基因的5′UTR上。结果显示:MyoD1基因5′UTR的119bp处发现G>A的突变,第1外显子387bp处发现C>T突变,经检测这2个突变均为AA和AB基因型,2个变异位点在群体中都是AA型为优势基因型,且都处于Hardy-Weinberg平衡状态。在5′UTR上的突变对猪肌肉的肌内脂肪和pH的影响差异显著(P<0.05),而在第1外显子上突变对本试验所研究的肉质性状影响均不显著(P>0.05)。; 赵广珍贾青张翠翠雷娜冯安学邢增喜; 关键词：肉质性状 PCR-SSCP

HIF-1α基因12外显子序列生物信息学分析: 为了探讨不同物种的HIF-1α基因遗传多样性，使用生物信息学方法分析人、家鼠、猪、牛及猕猴等10个物种的HIF-1α基因的12外显子序列。结果显示，选取的10个物种44条序列中共筛查到130个多态位点，生成13种单倍型。...; 张翠翠贾青邢增喜魏星灿陶隽; 关键词：HIF-1Α基因物种多样性生物信息学

山羊PCNP基因启动子的克隆及序列分析: 2013年; 对山羊PCNP基因的启动子及其核心调控区进行预测,探讨PCNP基因表达的转录调控特点并分析其特异性转录位点。根据GenBank数据库提供牛的PCNP基因5UTR序列,应用PCR方法从山羊DNA中扩增分离出山羊PCNP基因5UTR片段,将PCR产物克隆入T载体,经琼脂糖凝胶电泳及直接测序鉴定,并对所获得的序列进行生物信息学分析。成功克隆PCNP基因5UTR片段,长度为1 436bp。所得碱基序列与GenBank数据库中牛PCNP基因5UTR同源性为93%。经启动子的生物信息学分析软件分析,推测所得的5UTR为PCNP基因的启动子序列。本试验成功克隆了PCNP基因启动子,为研究PCNP基因的转录调控机制奠定基础。; 邢增喜贾青刘伟兰陶隽魏星灿胡慧艳; 关键词：山羊启动子

PLIN1第2、4外显子多态性与猪脂肪沉积性状的相关性分析被引量：2: 2012年; 为探索编码脂滴包被蛋白的PLIN1基因对猪脂肪沉积的作用,随机选择190头杜×长×大三元商品杂交猪屠宰,采用常规方法测定部分脂肪沉积性状,同时采集样品提取DNA;运用PCR-SSCP技术对猪PLIN1基因第2、4外显子进行SNP筛查;采用一般线性模型分析所得基因型对各脂肪沉积性状的影响作用。在猪PLIN1基因第2、4外显子分别发现一处碱基替换突变。第2外显子的AA型背膘厚高于AB和BB型(P<0.01),AA型剪切力值低于AB型和BB型(P<0.01);第4外显子的CD型背膘厚高于CC型(P<0.05),CD型肌内脂肪含量高于CC型(P<0.01)。结果表明,PLIN1基因的第2、4外显子SNP对猪脂肪沉积相关性状有显著作用。; 雷娜贾青赵广珍张翠翠冯安学邢增喜; 关键词：PCR-SSCP 脂肪沉积

山羊pcnp基因启动子克隆与结构分析: PCNP是定位于细胞核的一类富含PEST的蛋白。PCNP蛋白与细胞周期相关，但尚不清楚PCNP蛋白的具体功能，研究发现PCNP的过表达能显著促进小鼠骨骼肌细胞系C2C12细胞生长，PCNP可能参与了肌细胞的周期调控，对肌...; 邢增喜; 关键词：山羊启动子荧光素酶

家猪TBP蛋白结构与理化性质的生物信息学分析被引量：5: 2014年; TBP是真核生物的通用转录因子,在转录过程中扮演着重要的角色。采用生物信息学方法鉴定了家猪TBP蛋白家族成员,对家猪TBP蛋白进行染色体定位、理化性质和系统进化分析,并对其二级和三级结构进行预测。结果显示,家猪TBP蛋白家族包含3个成员,染色体定位发现其中2个TBP基因分布在第1染色体上,另1个位于骨架上;3个TBP蛋白家族成员的氨基酸数目分别为188、273、376,其中1个为疏水性蛋白、2个为亲水性蛋白;TBP蛋白二级结构以α-螺旋和无规则卷曲为主要组成部分,其家族成员的三级结构基本相似。; 胡慧艳贾青陶隽魏星灿陶文欢墨锋涛邢增喜; 关键词：家猪 TBP 蛋白家族生物信息学分析

HIF-1α基因第12外显子序列生物信息学分析被引量：1: 2013年; 低氧诱导因子（Hypoxia—inducible factor-1，HIF-1）是细胞缺氧后产生的一种适应性的DNA结合蛋白，由α亚基和β亚基组成，α亚基受低氧诱导，既是HIF-1的活性亚基又是调节亚基。; 张翠翠贾青邢增喜魏星灿陶隽; 关键词：生物信息低氧诱导因子 DNA结合蛋白学分基因 HIF-1

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邢增喜