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13种观赏竹EST-SSR标记遗传多样性分析被引量：5: 2012年; 为给竹子分类、竹种新品种登记及种质资源保护提供一定的科学依据,从已开发的25对毛竹EST-SSR引物中筛选出13对引物,对13份常用观赏竹种进行遗传多样性分析。共检测到123个位点,获得121个多态性位点。采用UPGMA法进行聚类分析,在相似系数0.18水平下可将13个竹种分为Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ、Ⅴ5类。利用Popgen32软件对其进行遗传多样性分析,结果表明,各类群等位基因观察数(Na)平均为1.342 2,有效等位基因数(Ne)平均为1.234 5,基因多样性指数(H)平均为0.152 8,Shannon信息指数(I)平均为0.180 4。5个类群间遗传多样性趋势为:Ⅱ>Ⅴ>Ⅰ>Ⅲ>Ⅳ。; 余利黄少勇张智俊管雨; 关键词：竹种 EST-SSR

毛竹EST资源SSR标记分析与筛选被引量：13: 2011年; 对来源于NCBI公共数据库的非冗余3087条毛竹(Phyllostachys edulis)EST序进行简单重复序列SSR搜索发现:在401条毛竹EST序列中共查找到408个SSR位点,平均6.8kb EST序列中含有1个SSR。其中二核苷酸和三核苷酸重复是毛竹EST-SSR的主要重复类型,分别占SSR总数的43.14%和49.75%。SSR的不同重复基序中,最常见的重复基序是:(AG)n,占37.01%,其余出现频率较高的依次为(TC)n、(AGC)n、(GAG)n和(CGC)n。根据搜索结果设计了182条毛竹EST-SSR引物,以12个不同种属的竹子DNA为模板,对引物进行了稳定性、通用性的验证与评价。结果表明有42对引物有较清晰且稳定的目标扩增产物,其中39对引物的产物存在多态性,说明设计开发的毛竹的EST-SSR标记是可行且有效的。; 张智俊管雨杨丽余利罗淑萍; 关键词：毛竹 EST-SSR 分子标记

毛竹大片段双元细菌人工染色体基因组文库的构建被引量：2: 2011年; 从毛竹Phyllostachys pubescens幼嫩叶片中提取纯化得到高质量的基因组DNA,经限制性内切酶BamH I对它们进行梯度酶切,脉冲场电泳选择合适酶切DNA片段,与脱磷酸化处理过的质粒载体pCLD04541按质量比3∶1相互连接,转化大肠杆菌Escherichia coli DH10B感受态细胞进行蓝白斑筛选,挑取白色克隆,获得重组率较高的阳性克隆,构建了含有104个克隆的双元细菌人工染色体(BIBAC)基因组文库,并通过脉冲场电泳检测分析后确定,所构建的毛竹BIBAC文库平均插入片段为105 kb,约覆盖5倍毛竹基因组。该文库的构建为毛竹基因组研究做好了前期的基础工作。; 管雨杨洋张智俊罗淑萍汤定钦; 关键词：分子生物学毛竹基因组文库

铁皮石斛微卫星SSR设计与应用被引量：9: 2012年; 通过Websat对来源于NCBI公共数据库的2 447条石斛属(Dendrobium)核苷酸序列进行简单重复序列SSR的搜索,剔除冗余序列后,找到124个SSR位点。利用primer3.0软件设计引物75对,并通过改良的方法提取铁皮石斛DNA作为模板,对铁皮石斛(Dendrobium officinaleKimuraetMigo)的SSR引物进行筛选,选出21对有较清晰且稳定的目标扩增产物的引物,对8个种源的铁皮石斛进行多态性分析和聚类分析,得到8个种源的铁皮石斛进行遗传多样性和亲缘关系。; 肖冬长张智俊管雨; 关键词：铁皮石斛微卫星 SSR 多态性

芦笋EST资源的SSR信息分析被引量：3: 2012年; 为了在芦笋中开发EST-SSR功能性标记,对来源于NCBI公共数据库的8590条芦笋(AsparagusofficinalisL.)EST序列进行简单重复序列SSR搜索。剔除冗余序列,得到非冗余序列8377条。在非冗余序列中共挖掘出469个EST-SSR,平均相隔14.80kb出现1个SSR。在所有的重复基序中,二核苷酸重复基序的SSR所占比例最高40.51%(190/469),其次是三核苷酸34.97%(164/469),六核苷酸21.11%(99/469)。在所有基序里,CT/AG出现的频率最高有62次,占全部重复基序的13.22%(62/469)。选取含SSR的EST序列30条,并利用primer5软件设计引物,进行SSR位点的扩增,其中27对引物扩增产物,24对有较清晰可靠的目标扩增条带,占引物数的80%,且所检测出的芦笋等位基因数量较丰富,平均4.93个/对。这些EST-SSR标记的开发将有助于芦笋群体遗传多样性、遗传图谱构建、基因定位、分子标记和系谱分析等方面的研究。; 吴建霞李亚玲张智俊管雨; 关键词：芦笋引物

均匀设计优化毛竹EST-SSR PCR反应体系被引量：5: 2010年; 本研究以毛竹叶片DNA为模板,利用均匀设计U10(54)表,对毛竹EST-SSRPCR反应体系的TaqDNA聚合酶、Mg2+、dNTPs及引物浓度4因素5个水平进行优化筛选。优化实验结果表明,毛竹EST-SSRPCR的25μL优化反应体系为:10×PCRBuffer(含Mg2+)2.5μL、TaqDNA聚合酶1.5U,Mg2+、dNTPs及引物的最适浓度分别是1.0mmol/L、0.1mmol/L、0.48μmol/L;通过梯度PCR试验筛选得到相应引物的最佳退火温度为52.4℃。对优化出的EST-SSRPCR反应体系进行稳定性检测,结果均能获得丰富、稳定、清晰可辨的DNA谱带。该优化体系为利用EST-SSR分子标记对毛竹进行遗传多样性等相关研究工作提供了基础条件。; 管雨杨丽张智俊; 关键词：毛竹均匀设计

木瓜花粉生活力测定及储藏特性被引量：13: 2012年; 以木瓜Chaenomeles sinensis新鲜花粉为试材,通过培养基萌发试验法、氯化三苯基四氮唑(TTC)染色法、碘-碘化钾(I-KI)染色法对花粉生活力进行测定,并研究了不同储藏条件及时间对木瓜花粉萌发的影响。结果表明:木瓜花粉萌发的最佳培养基为100 mg·L-1蔗糖+30 mg·L-1硼酸+8 g·L-1琼脂,萌发率达75.09%;TTC染色法的染色率为60.64%,适宜作为木瓜花粉生活力的测定;I-KI染色法的染色率仅为17.94%,不宜于其生活力的测定;适宜木瓜花粉储藏的条件依次为-80℃,4℃,-23℃和常温;花粉在-80℃储藏16 d后,花粉萌发率仍达到22.9%。; 管雨贾文庆刘会超张智俊; 关键词：植物学木瓜生活力储藏条件

簕竹属和牡竹属遗传多样性的EST-SSR和SRAP分析: 本研究利用EST-SSR和SRAP两种分子标记技术,对我国簕竹属和牡竹属的45个竹种或变型进行基因组多态性分析,在DPS9.5软件中,统计扩增产物来计算Jaccard遗传距离,以NeiLi最短距离法建立聚类分析图,主要结...; 管雨; 关键词：SRAP分子标记种间关系; 文献传递

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管雨