滕晓坤
- 作品数：11 被引量：84H指数：4
- 供职机构：国家工程研究中心更多>>
- 发文基金：国家教育部博士点基金长江学者和创新团队发展计划四川省教育厅青年基金更多>>
- 相关领域：生物学农业科学医药卫生更多>>
- 生物芯片数据处理和分析方法
- 2011年
- 生物芯片的广泛应用产生大量的数据,如何处理和分析这些数据以得到有意义的结果,是生物信息学重要的研究课题之一。本文简单介绍了常用的数据预处理、差异基因筛选,聚类分析方法和数据的网络存储。
- 高杨滕晓坤肖华胜
- 关键词：生物芯片数据预处理聚类分析
- 长白猪和太湖猪不同生长阶段脂肪中肉质和胴体性状相关基因的表达谱分析被引量：4
- 2008年
- 动物个体的皮下脂肪厚度(subcutaneous fat thickness,SFT)和肌内脂肪(intramuscular fat,IMF)含量取决于活体内脂肪酸合成与氧化竞争的动态平衡点.利用包含140个与猪脂肪沉积、代谢和肌肉生长密切相关基因的Oligo功能分类基因芯片检测了脂肪型的太湖猪和瘦肉型的长白猪在1,2,3,4和5月龄间背部皮下脂肪中这些基因的动态表达变化,发现长白猪有25个基因在月龄间的表达差异达显著水平(P<0.05),且包含23个基因的"参与脂肪或类固醇代谢的酶和调节蛋白"基因分组在品种间具有极显著意义(P<0.01).提示两猪种脂肪沉积能力的巨大表型差异可能与这些基因的差异表达规律密切相关.STEM聚类分析显示长白猪和太湖猪各有两个表达模式分别具有极显著(P<0.01)和显著性意义(P<0.05),但太湖猪基因表达谱比较分散,占主导优势的表达模式没有长白猪明显.提示太湖猪脂肪细胞内参与相关代谢活动的基因间的调控关系较长白猪复杂.基于动态贝叶斯模型构建的基因调控网络从一定程度上反映了两猪种在脂肪沉积代谢相关生理生化活动方面存在的明显差异,可从中挖掘相关性状潜在的关键特征基因.此外,对5个差异表达基因的荧光定量RT-PCR验证显示两种实验方法结果的相关系数平均高达0.874±0.071.以上结果筛选出了对于猪脂肪相关性状可能具有重要影响并值得深入研究的一些基因,初步揭示了生长发育过程中脂肪细胞基因表达调控的分子互作机制.
- 李明洲朱砺李学伟帅素容滕晓坤肖华胜李强陈磊郭玉姣王金勇
- 关键词：脂肪基因差异表达
- 雌性藏猪不同生长发育阶段肌肉生长和脂肪沉积相关基因的表达模式被引量：7
- 2008年
- 本研究利用包含140个与猪肌肉生长和脂肪沉积密切相关基因的Oligo功能分类基因芯片检测了藏猪在2、4、6和8月龄间背最长肌中这些基因的表达量变化,并在2月龄时与脂肪型的太湖猪和瘦肉型的长白猪进行比较。ANOVA分析结果表明:2-8月龄间藏猪分别有10和7个基因的表达差异达极显著(P<0.01)和显著水平(P<0.05);2月龄时藏猪体重极显著低于长白猪(P<0.01)和显著低于太湖猪(P<0.05),而藏猪肌纤维面积却为最大,但品种间差异未达显著水平(P>0.05);2月龄时3个品种间分别有15和13个基因的表达差异达极显著(P<0.01)和显著水平(P<0.05)。STEM聚类分析结果表明:直线下降和上升是藏猪在2-8月龄间最具代表性的基因表达模式(P<0.01)。另外,5个差异表达基因的荧光定量RT-PCR验证结果与基因芯片结果的Person相关系数平均高达0.856±0.109。提示:藏猪在2-8月龄间骨骼肌生长发育强度较肌内脂肪合成沉积占优势,2月龄时藏猪脂肪酸合成相关基因的表达水平较其他两品种低,而脂肪酸β氧化和肌纤维生长相关基因的表达水平较高,与其在高原独特的自然生态环境和全放牧散养的饲喂方式下长期形成的品种特性相符。
- 李明洲李学伟帅素容朱砺刘海峰王金勇蒋忠荣滕晓坤
- 关键词：藏猪肌内脂肪
- 脂肪型和瘦肉型猪肌肉生长和脂肪沉积相关基因的差异表达分析和调控网络构建被引量：8
- 2008年
- 骨骼肌细胞和脂肪细胞在生长发育过程中受到的微效多基因间的互作调控机制是决定猪胴体和肉质等相关数量性状的分子基础.利用包含140个与猪肌肉生长和脂肪沉积密切相关基因的Oligo功能分类芯片检测了脂肪型的太湖猪和瘦肉型的长白猪在初生及生后5月龄间背最长肌中这些基因的动态表达变化,发现长白猪分别有18和22个基因,太湖猪分别有3和7个基因在月龄间的表达差异达极显著(P<0.01)和显著水平(P<0.05).聚类结果显示先降后升、逐渐上升和逐渐下降、逐渐上升分别是长白猪和太湖猪在初生至5月龄间最具代表性的基因表达模式(P<0.01),其中正调控肌纤维生长和脂肪酸合成的基因主要表现为逐渐上调,而抑制细胞增殖和正调控脂肪酸β氧化的基因则主要表现为逐渐下降.基于动态Bayes模型构建的基因调控网络从一定程度上揭示了两品种在肌肉生长和脂肪沉积等生理生化活动方面的明显差异,可从中挖掘相关性状潜在的关键特征基因.此外,对5个差异表达基因的荧光定量RT-PCR验证显示两种检测方法所获结果的相关系数平均高达0.876±0.095.以上结果筛选出了对于猪胴体和肉质性状可能具有重要影响和具有深入研究价值的基因,为阐明肌肉生长和脂肪沉积的分子互作机制奠定了基础.
- 李明洲李学伟朱砺滕晓坤肖华胜帅素容陈磊李强郭玉姣
- 关键词：肌肉生长脂肪沉积基因差异表达基因调控网络
- 猪背最长肌中肌肉生长和脂肪沉积相关基因的差异表达和主成分分析被引量：11
- 2008年
- 骨骼肌细胞和脂肪细胞在分化生长速度上相对竞争的平衡点是猪肉质和胴体性状的决定因素.利用Oligo功能分类芯片检测了瘦肉型的长白猪和脂肪型的太湖猪在初生、1、2、3、4和5月龄间背最长肌中肌肉生长和脂肪沉积相关基因的动态表达变化.差异表达分析结果显示,在初生至5月龄的品种间分别有15、16、11、13、18和20个基因的表达差异倍数大于2倍.品种内的方差分析表明,长白猪分别有18和22个基因,太湖猪分别有3和7个基因在月龄间的表达差异达极显著(P<0.01)和显著水平(P<0.05).主成分分析结果显示,先降后升是两品种内最具代表性的基因表达模式,且长白猪和太湖猪分别有7和6个基因的表达模式明显偏离其他基因,提示其可能受到了重要的调控.此外,5个差异表达基因的荧光定量RT-PCR验证结果均与芯片结果呈正相关趋势.以上结果筛选出了对于猪肉质和胴体性状可能具有重要影响,值得深入研究的一些候选基因,为深入研究生长发育过程中参与肌纤维生长和脂肪酸合成关键基因的表达变化规律和互作调控机制提供了基础数据.
- 李明洲李学伟朱砺滕晓坤肖华胜李强陈磊
- 关键词：基因芯片基因差异表达主成分分析
- 基因芯片与高通量DNA测序技术前景分析被引量：56
- 2008年
- 基因芯片与第二代DNA测序是两种重要的高通量基因组学研究技术,对于揭示基因组的结构与功能已经并正在发挥重要的推动作用.基因芯片技术建立了10多年,技术日渐成熟,在功能基因组、系统生物学、药物基因组的研究中已经得到了广泛的应用.2003年,454公司首先建立了高通量的第二代测序技术,其他公司相继推出了Solexa和Solid测序技术.虽然第二代测序技术建立的时间不长,但发展非常快,已经应用于基因组,包括测序和表观基因组学以及功能基因组学研究的许多方面.本文简要综述了基因芯片和第二代测序技术及其应用进展,并分析了这两种高通量基因组学技术的前景.
- 滕晓坤肖华胜
- 关键词：基因芯片基因组
- 利用人和鼠Rhor基因及其编码产物诊断和治疗秃发的方法
- 本发明提供了一种新的秃发相关蛋白－Rhor蛋白，编码Rhor蛋白的多核苷酸和经重组技术产生Rhor蛋白的方法。本发明还公开了编码Rhor蛋白的多核苷酸的用途。本发明还公开了此Rhor蛋白用于治疗多种疾病的方法，如用于秃发...
- 孔祥银李善如胡兰靛史耀舟滕晓坤
- 文献传递
- 导致小鼠无毛突变的关键基因的定位和克隆以及在小鼠毛发发育中作用的研究
- 脱发或称秃发是一种常见的人类疾病，在人群中发病率为20％-24％。脱发既有先天遗传性又受后天因素影响，例如：压力，饮食，自律神经失调等。但引起脱发的具体原因仍所知甚少。所以无毛和稀毛突变小鼠成为研究毛发生长的良好实验室模...
- 滕晓坤
- 关键词：基因表达
- 利用人和鼠Rhor基因及其编码产物诊断和治疗秃发的方法
- 本发明提供了一种新的秃发相关蛋白-Rhor蛋白，编码Rhor蛋白的多核苷酸和经重组技术产生Rhor蛋白的方法。本发明还公开了编码Rhor蛋白的多核苷酸的用途。本发明还公开了此Rhor蛋白用于治疗多种疾病的方法，如用于秃发...
- 孔祥银李善如胡兰靛史耀舟滕晓坤
- 文献传递
- 利用人Rhbdl5基因及其编码产物诊断和治疗秃发的方法
- 本发明提供了一种新的人秃发相关蛋白－Rhbd15蛋白，编码Rhbd15蛋白的多核苷酸和经重组技术产生Rhbd15蛋白的方法。本发明还公开了Rhbd15蛋白和多核苷酸的用途。
- 孔祥银滕晓坤胡兰靛
- 文献传递
