李稚锋
- 作品数：19 被引量：57H指数：5
- 供职机构：军事医学科学院放射与辐射医学研究所蛋白质组学国家重点实验室更多>>
- 发文基金：国家重点基础研究发展计划国家自然科学基金国家高技术研究发展计划更多>>
- 相关领域：生物学自动化与计算机技术医药卫生自然科学总论更多>>
- 大规模EST序列聚类的并行算法研究进展被引量：2
- 2006年
- EST是携带有表达基因部分遗传信息的cDNA片段,EST聚类是将来自同一个基因的具有重叠部分的EST整合到单一的类中,是进行后续基因表达数据分析的必要步骤。传统的串行聚类方法的计算复杂度高,对内存要求大,不适于进行大规模聚类计算。本文主要介绍了EST聚类的并行处理方式、软硬件支持环境,适用于大规模EST聚类的并行算法和软件,比较了几种现有软件的算法、计算速度和内存要求等,并讨论了现有大规模聚类算法的优缺点。
- 毛逸清赵东升李稚锋杭兴宜骆志刚张成岗
- 关键词：EST序列聚类分析
- 军事医学科学院生物医学超级计算中心的计算资源与应用被引量：8
- 2005年
- 生物信息学是生命科学和信息科学的有机结合,其发展和应用离不开高性能计算资源、技术和方法的支持。本文介绍了我院生物医学超级计算中心的主要计算资源———星盈万亿次超级刀片计算机、支撑软件和生物信息学应用软件,以及我们利用该系统进行大规模生物信息学数据分析的实际计算效果,旨在探讨如何充分挖掘我院生物医学计算资源的潜力,为深入规划我院生物医学研究需要的高性能计算方向提供重要参考。
- 赵东升杭兴宜李稚锋张成岗
- 关键词：生物信息学蛋白质结构预测计算生物学
- 秀丽线虫缺氧相关剪接调节因子的筛查
- 2010年
- 【目的】基于RNA干涉文库,寻找与秀丽线虫缺氧损伤表型相关的剪接调节因子。【方法】利用喂饲RNA干涉(RNA interference,RNAi)文库筛选技术,对秀丽线虫基因组中的351个RNA结合蛋白(RNA bindingprotein,RBP)基因进行筛选。【结果】经过2次筛选共得到5个与缺氧相关的RBP编码基因,其中剪接因子1个,参与mRNA翻译过程的基因4个。【结论】剪接调节因子可能在mRNA的剪接和翻译水平上参与低氧应答。
- 张继业任长虹庞剑会李稚锋刘虎岐张成岗
- 关键词：秀丽线虫缺氧RNA结合蛋白
- 动物体内microRNAs与转录因子及剪接因子之间的相互调控被引量：5
- 2009年
- microRNA(miRNA)是一类长约22nt的非编码RNA,能通过与靶mRNA3′UTR结合而调控基因表达.动物体内的miRNA介导了一种新的基因表达调控模式,可在基因转录后水平负调控靶mRNA的转录或翻译.动物体内至少将近30%的基因表达受miRNA调节.随着对miRNA功能研究的逐渐深入,发现转录因子(transcription factor,TF)和剪接因子(splicing factor,SF)这两种基因表达的重要调节因子与miRNA之间存在着直接或间接的相互调控作用,为人们了解miRNA参与的复杂基因调控网络提供了新内容,同时也可为miRNA相关疾病的治疗提供重要线索.
- 庞剑会任长虹李稚锋刘虎岐张成岗
- 关键词：MIRNA剪接因子转录因子
- 真核基因剪接机制相关特征研究
- 真核基因普遍具有外显子被内含子分隔的割裂结构。基因转录过程中的剪接加工是基因表达调控的重要机制,而可变剪接是转录组复杂多样性的重要来源,在机体发育、组织特异性表达、疾病发生和发展等方面起重要作用,因此真核基因剪接机制的研...
- 李稚锋
- 关键词：可变剪接图论
- 文献传递
- TPM:基于Taverna的PCR引物设计与评估工作流系统被引量：2
- 2009年
- PCR引物设计是PCR实验中关键而重要的一步,而引物的特异性情况直接影响着PCR实验的成败.首先,设计了基于多因素(序列相似性,引物3′末端自由能,Tm等)的PCR引物特异性评估工具-MFEprimer;其次,在MFEprimer的基础上,结合引物设计软件primer3,在Taverna工作流平台上构建了PCR引物设计(primer3)与评估(MFEprimer)一体的工作流系统-TPM(Taverna-Primer3-MFEprimer),实现了从引物设计到评估的自动化分析流程,使用简单方便.
- 屈武斌杭兴宜申志勇李稚锋张成岗杨毅
- 关键词：TPMPCR引物设计工作流系统工作流平台自由能
- 从基因可变剪接理解真核生物基因功能的复杂性与多样性
- mRNA前体(pre-mRNA)的可变剪接是控制基因表达和产生蛋白质多样性的重要机制，是功能基因组时代的研究重点之一。生物信息学在识别可变剪接基因及其结构、分析可变剪接的功能和调控方式等方面具有举足轻重的作用。除了费时费...
- 张成岗李稚锋
- 关键词：可变剪接生物信息学功能基因组
- 文献传递
- PCR引物特异性核查系统(PSC)的构建与应用被引量：3
- 2010年
- 聚合酶链式反应(PCR)虽已广泛用于分子生物学研究中,然而PCR实验中的非特异性产物问题将直接影响PCR的效率,在多重PCR实验中更是如此。为了最大限度地降低非特异性产物的出现率,同时避免用户频繁使用Blast比对检查非特异性,我们开发了基于NCBI-Blast的引物评估和模板DNA特异性结合能力评估的核查系统PSC(Primer Specificity Checking,http://biocompute.bmi.ac.cn/PSC),并基于虚拟PCR实验确定了用于引物质量核查计算的多种参数,能够在线提供多个物种的引物特异性核查结果。该系统可以有效地对引物序列可能产生的所有非特异性扩增进行预测,有助于实验前引物优化或者对非特异扩增结果进行解释,最终达到提高PCR效率的目的。
- 申志勇屈武斌李稚锋杭兴宜张成岗
- 关键词：引物多重PCR
- 利用MATLAB识别视频信号中数字仪表显示值的方法及应用被引量：2
- 2009年
- 目的:建立视频信号中数字显示的温度值的识别方法,为电磁辐射热效应研究提供定量依据。方法:采用MATLAB视频图像分析工具实现交互式的视频信号中数字区域的定位与分割、形态学操作预处理以及七段码规则数字识别分析,获得温度数据并绘制实验期间动物体表温度变化曲线。结果:使用交互式数字区域定位分割、形态学操作预处理以及七段码规则可有效识别视频中的温度显示数字,多次抽样检测的正确识别率为100%。识别过程中出现被高帧率的视频记录到的发光二极管动态显示变化过程发光滞留所形成的奇异点,可通过采用邻域中值替换法予以解决。结论:利用MATLAB识别此类视频信号中的数字具有方法简单、可靠,实用性强的优点,为促进电磁辐射热效应的研究提供了参考方案。
- 李稚锋徐志伟高艳任长虹吴永红张成岗
- 关键词：视频信号MATLAB高功率毫米波热效应
- 神经系统特异性剪接因子NOVA研究进展被引量：6
- 2008年
- 神经-肿瘤腹侧抗原(NOVA)是第一个在哺乳动物中发现的组织特异性剪接因子,广泛分布于中枢神经系统,通过其KH结构域(KH domain)与靶基因mRNA前体中的YCAY基序(YCAY motif)结合,调控可变剪接过程。根据其与靶标结合位置的不同,NOVA作为剪接调节因子具有双重作用,既可以增强剪接,也可以抑制剪接。NOVA作为剪接因子特异性地调控了神经突触中一组功能密切相关的基因。
- 韩冷李稚锋任长虹孟祥勋张成岗
- 关键词：神经系统突触剪接因子可变剪接
