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刘夫锋: 作品数：25 被引量：70H指数：6; 供职机构：天津大学更多>>; 发文基金：国家自然科学基金国家重点基础研究发展计划中国博士后科学基金更多>>; 相关领域：理学生物学医药卫生化学工程更多>>

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基于蛋白A亲和模型构建免疫球蛋白G的亲和配基多肽库及设计方法的应用: 本发明公开了一种基于蛋白A亲和模型构建免疫球蛋白G的新型亲和配基多肽库及设计方法的应用。根据分子力学/泊松-波尔兹曼溶剂可及表面积方法，在已有的人IgG-蛋白A复合物结构的基础上解析获得与人IgG具有较高亲和作用的蛋白A...; 孙彦赵韦韦刘夫锋史清洪; 文献传递

裙带菜吸附水溶液中镍离子的特性及吸附平衡模型: 2005年; 本文实验研究了裙带菜对废水中重金属镍离子的吸附特性和吸附平衡模型。实验表明裙带菜对镍离子的吸附能力最高达0.76m m ol/g(干裙带菜)。在恒定pH条件下,Langm uir方程可用来描述吸附容量与平衡浓度的关系。但吸附容量受溶液pH值影响很大,在pH2.0～6.0范围内p,H值越低吸附量越小,pH在5.5～6.0时有较大吸附容量。竞争吸附模型可以很好地描述溶液中pH值和离子浓度对吸附的影响,可以预测再生条件。; 王文华冯咏梅刘夫锋常秀莲孙彦; 关键词：裙带菜镍离子 LANGMUIR方程水溶液溶液PH值离子浓度

裙带菜吸附水溶液中镉离子的吸附特性和吸附平衡模型: 2005年; 研究了裙带菜从水溶液中对重金属镉离子的吸附特性和吸附平衡模型.实验表明,在pH值为6.0时裙带菜(干)对镉离子的最大吸附量达1.0 mmol/g;在恒定pH条件下,Langmu ir方程可用来描述吸附量与平衡浓度的关系,但吸附量受溶液pH值影响很大:在pH 2.0~6.0范围内,pH值越低吸附量越小,pH在5.5~6.0时吸附量最大.竞争吸附模型可以很好地描述溶液中pH值和离子平衡浓度对吸附的影响,可以预测再生条件.; 王文华冯咏梅刘夫锋; 关键词：裙带菜镉

p53突变体Y220C小分子稳定剂的虚拟筛选被引量：3: 2016年; 为了获得p53突变体的稳定剂,依次利用利宾斯基五原则,通过2次分子对接和全原子分子动力学(MD)模拟从Drug Bank 4.0数据库中筛选获得了潜在的稳定剂他克林.利用MD模拟进一步验证他克林和目标蛋白质之间的亲和作用.结果表明,他克林能够紧密结合到Y220C突变所形成的疏水空腔之中;他克林和目标蛋白质之间的主要作用力为疏水和静电相互作用,其中疏水相互作用占主导地位.此外,他克林分别与目标蛋白质的残基Leu145,Val147和Asp228形成3个氢键.基于MD模拟轨迹分析了他克林与p53CY220C的结合过程.由硫黄素T荧光光谱进一步证明他克林能够提高p53C-Y220C突变体的稳定性.; 丁吉勇沈洪辰刘夫锋; 关键词：癌症分子对接分子动力学模拟 P53 他克林

渗透剂的分子体积和极性表面积分率对胰凝乳蛋白酶抑制剂2热稳定性的影响被引量：6: 2010年; 渗透剂对蛋白质的稳定能力不仅与其极性表面积分率(fpSA)有关,而且也与其分子体积(V)密切相关.因此对于渗透剂稳定蛋白质能力的分析,需要同时考虑渗透剂的fpSA和V.为了考察渗透剂的fpSA和V对稳定蛋白质能力的影响,本文以胰凝乳蛋白酶抑制剂2(CI2)为模型蛋白,首先利用分子动力学模拟,考察了数种典型渗透剂对CI2热稳定性的影响;并根据模拟数据计算得到了渗透剂影响蛋白质热稳定性的一维结构参数;然后利用统计学双参数拟合,同时引入渗透剂的fpSA和V,建立了用于分析渗透剂稳定蛋白质能力的模型;最后利用模型分析了渗透剂的fpSA和V与其稳定蛋白质能力的关系.研究发现:利用分子动力学模拟结果定义并计算得到的一维结构参数能够较好地描述在热变性条件下渗透剂对CI2的稳定能力;所建立的模型能够很好地分析渗透剂对蛋白质的稳定能力;并且由于V和fpSA二次项的引入,可大大提高仅以fpSA为参数的模型的精度;另外,渗透剂对蛋白质的热稳定能力与其V成正比;由于拟合公式中引入了fpSA二次项,在fpSA小于0.7时,fpSA与渗透剂的稳定能力呈现负相关,但当fpSA大于0.7时,其与渗透剂的稳定能力反而呈现正相关.; 刘夫锋纪络董晓燕; 关键词：分子动力学模拟蛋白质稳定性渗透剂分子体积

Y220C突变体影响p53C蛋白质构象转换的分子动力学模拟被引量：4: 2016年; p53是迄今发现突变频率最高的一种肿瘤抑制蛋白质,突变会导致p53抑癌功能丧失并诱导癌症的发生。绝大多数的突变发生在p53的核心DNA结合区域(p53C),其中Y220C是研究较多的一种突变体。虽然已有研究表明该突变能够降低p53C的结构稳定性,但其影响p53C构象转换的分子机制尚不清晰。本文利用分子动力学(MD)模拟方法研究了p53C突变体Y220C(p53C-Y220C)的结构变化,发现Y220C突变主要影响Y220C cluster区域(包括残基138-164和215-238),且Y220C突变减少了Y220C cluster的β-折叠含量。进一步分析发现,Y220C突变不仅直接破坏突变氨基酸与周围氨基酸Leu145和Thr155之间的氢键,而且降低了Y220C cluster区域的折叠片S3和S8之间的氢键数量,使Y220C突变所形成的亲水性空腔变大,加速了水分子进入该蛋白质内部,并最终导致了p53C-Y220C变性。MD模拟结果揭示了Y220C突变影响p53C结构转换的分子机制,该研究对p53C-Y220C突变体高效稳定剂的筛选和设计具有重要意义。; 沈洪辰丁吉勇李丽刘夫锋; 关键词：癌症 P53 构象转换分子动力学模拟

巴西木素在制备抑制β-淀粉样蛋白聚集的药物或保健品的用途: 本发明公开了巴西木素在制备抑制β-淀粉样蛋白聚集的药物或保健品的用途。多种实验手段证明，巴西木素能够有效抑制Aβ42的聚集；并能改变Aβ42聚集体的形貌，阻止并减缓其向纤维状形貌的转化；减慢Aβ42的二级结构向β-she...; 董晓燕都文婕刘夫锋孙彦史清洪; 文献传递

肽配基的理性设计和海藻糖影响多肽构象转变的分子机制: 本文以分子模拟在蛋白质分离和稳定性研究中的应用为核心，研究了蛋白质配基设计和蛋白质结构转换。在蛋白质配基理性设计方面，研究了利用分子对接和分子动力学模拟方法设计蛋白质的短肽配基的方法，利用α-淀粉酶和组织型纤...; 刘夫锋; 关键词：分子模拟海藻糖蛋白质折叠分子对接; 文献传递

胰蛋白酶定向固定化亲和配基的理性设计被引量：6: 2013年; 在胰蛋白酶三维(3D)结构的基础上,首先利用分子对接从ZINC数据库中筛选获得了与胰蛋白酶具有较高亲和性的小分子配基2-硝基苯基-β-D-葡糖苷,并分析了该配基与蛋白质之间的相互作用力主要为范德华和氢键相互作用.并利用分子动力学模拟进一步验证了2-硝基苯基-β-D-葡糖苷与胰蛋白酶之间具有较强的亲和作用.分子动力学(MD)模拟结果表明,配基-目标蛋白质之间形成稳定的复合物且它们之间的距离基本没有变化.此外,一个水分子通过氢键在配基和目标蛋白质的结合腔之间架桥.最后制备了偶联有该配基的亲和载体,进行了胰蛋白酶的定向固定化,并考察了该固定化酶的活性.研究结果表明,利用修饰2-硝基苯基-β-D-葡糖苷配基的亲和载体固定化胰蛋白酶的酶活达到340.8 U·g^(-1),比活达到300.3 U·mg^(-1),分别是未修饰亲和配基载体的10倍和5倍,具有明显的优势.上述结论证明了结合分子对接和分子动力学模拟理性设计定向固定化亲和配基的方法是可行的,具有一定的理论和实用价值.; 白姝周荣刘夫锋; 关键词：酶催化分子对接分子动力学模拟

三磷酸腺苷结合盒式转运体的分子模拟: 2013年; 三磷酸腺苷结合盒式(ATP binding cassete,ABC)转运体是一类与生物体的生理过程和疾病密切相关的膜蛋白,它们利用水解ATP释放的能量实现底物的跨膜转运。虽然研究者已对ABC转运体进行了广泛而深入的研究,但是由于ABC转运体结构的复杂性,导致许多实验技术在ABC转运体的研究中受到较大限制。分子模拟技术可以弥补实验技术的不足,已成为不可或缺的研究工具。本文综述了近年来分子模拟技术同源模建、分子对接和分子动力学模拟在ABC转运体的三维结构模建,底物结合位点确定以及构象转换分子机理的解析等研究领域的最新进展。最后总结了分子模拟技术在ABC转运体研究中所遇到的挑战和拟解决办法。; 常姗燕刘夫锋; 关键词：ABC转运体 P-糖蛋白同源模建

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